Bei einem brutalen Monsterduell zwischen Yugis Großvater und dem Geschäftsmann Kaiba, um die Karte des „Weißen Drachen mit dem eiskalten Blick“ stirbt der Alte. Der Junge schwört Rache und verwandelt sich mit Hilfe der Macht des Millennium-Puzzles in den Kämpfer Yami Yugi. Bei einer erneuten Auseinandersetzung mit Kaiba hat dieser das Nachsehen: Yami Yugi hat Exodia, das unbesiegbare Supermonster heraufbeschworen.

Weevil gewinnt mit Hilfe seiner Insektenkarte gegen Rex Raptor. Pegasus entführt Yugi in eine andere Dimension und erreicht trotz seines magischen Millenniumsauges nur ein Unentschieden gegen Yugi. Um ihn zu einem weiterem Duell zu zwingen entführt Pegasus die Seele von Yugis Großvater.

Yugi erhält von Pegasus eine Einladung zu einem Duell im Königreich der Duellanten. Dies ist eine Insel, und nur speziell geladene Gäste werden an Bord eines Luxusliners dorthin gebracht. Joey, Tea und Tristan schleichen sich heimlich mit an Bord. Einer der Kursteilnehmer, Weevil, schmeißt Yugis Karten zu Beschwörung der Exodia über Bord. Joey springt hinterher.

Weevil lockt Yugi während des Duells in einen Hinterhalt, übersieht aber, dass Yugi eine Fallenkarte aufgebaut hat, die seinen eigenen Angriff wie ein Spiegel reflektiert. Der clevere Weevil gibt sich nicht geschlagen. Er spielt seinen letzten Triumph aus.

Der Kampf zwischen Weevil und Yugi nimmt kein Ende. Damit sich das Blatt wendet, erschafft Weevil die Unbesiegbare Riesenmotte. Yugi hat ebenfalls einen Trumpf bereit: Makiu, den teuflischen Sprühregen.

Joey nimmt die Duellforderung von Mai an, hat aber wenig Chancen gegen ihre Harpyie und die Zauberkarten. Gerade noch rechtzeitig fällt ihm der Zauberer der Zeit ein. Dieser mutiert seinen Babydrachen zu einem tausendjährigen Drachen und lässt Mais Harpyien um tausend Jahre altern.

Yugi trifft auf Mako, den Fischer, der ihn zum Duell herausfordert. Doch gegen das Monster der Meere scheint er keine Chance zu haben. Bis die Mondkarte ins Spiel kommt.

Mokuba, Kaibas kleiner Bruder, befreit sich aus Pegasus’ Gefangenschaft und will unbedingt gegen Yugi kämpfen. Die fünf Geschäftsführer der Kaiba Corporation machen mit Pegasus einen Deal: Er soll Kaiba aus dem Weg räumen, seinen kleinen Bruder gefangen halten und Yugi schlagen. Im Gegenzug dazu erhält er Einblick in die Firmengeheimnisse.

Nachdem Pegasus’ Schergen sicher sind, dass Kaiba tot ist, setzt Pegasus einen von ihm kreierten Geist Kaibas ein, um mit Yugi zu kämpfen. Doch dieser besitzt Kaibas Deck, inklusive der fast unbesiegbaren Karte, Weißer Drache mit dem eiskalten Blick. Und während dessen bricht der wahre Kaiba mit Hilfe seines Computers in Pegasus’ Großrechner ein, um Yugi bei seinem Duell zu unterstützen.

Kaiba mischt sich durch seinen Computer ins Duell zwischen Yugi und Kaibas Geist ein. Erfolgreich gelingt es ihm zwei Mal, Yugi vor der Vernichtung zu retten.

Mai ist sauer über ihre Niederlage gegen Joey. Sie verspricht Rex Reptor, ein Duell mit ihm zu bestreiten. Einzige Voraussetzung: Erst muss er gegen Joey antreten und ihn besiegen. Joey nimmt die Herausforderung von Rex an.

Das Duell zwischen Rex und Joey wird fortgesetzt. Joey glaubt mit Schlangendrache die stärkste Karte von Rex zerstört zu haben. Doch da spielt dieser den Schwarzen Rotaugendrachen. Mit einer List will Rex ihm den Zauberer der Zeit abluchsen. Ob ihm das gelingt?

Yami-Yugi spielt mit dem bösen Bakura im Reich der Finsternis um die Seelen von Yugis Freunden. Bakuras oberstes Ziel ist es, Yugis Millenniumspuzzle zu gewinnen, um die Macht zu besitzen. Als er zum vernichtenden Schlag ausholen will, gelingt Yami-Yugi ein Gegenschlag.

Yugi und Co. eilen Mai zu Hilfe, da Panik sie bei einen Spiel reingelegt hatte. Yami-Yugi fordert den fiesen Panik heraus und verlangt die Sternchips von Mai zurück. Aber nur mit einer List kann er in der dritten Runde punkten.

Nachdem Yugi die erste Runde gewonnen hat, versucht er, Panik mit seinen eigenen Waffen zu schlagen. Der Gegner zieht sich immer mehr in die Verteidigung zurück.

Joey gerät mit Kaiba in einen Streit und fordert ihn zu einer Partie Duel Monsters heraus. Kaiba nimmt unter der Bedingung an, dass sie mit seinem neuen Duell-Disk-System den Kampf bestreiten. Er lässt Joey nicht die geringste Chance.

Bonz, Sid und Zigor folgen bedingungslos ihrem Boss Keith. Die drei Gauner sind auf der Suche nach Opfern für ein Duell. Sie entführen Joey und zwingen ihn zu einer Runde Duel Monsters auf einem Friedhofsfeld. Joey glaubt sich überlegen und tappt blind in eine Falle.

Joey scheint das Spiel gegen Bonz zu verlieren. Da tauchen seine Freunde auf. Yugi gibt ihm den entscheidenden Hinweis auf eine Karte, die den Angriffs- und Verteidigungsmodus umkehrt. So gewinnt Joey doch noch das Duell.

Die Gebrüder Para und Dox fordern Joey und Yugi zu einem Duell in einem unterirdischem Labyrinth heraus. Dabei erweist sich Joey als ausgezeichneter Teampartner. Es scheint fast, als wenn die beiden gewinnen können.

Kaiba sucht auf einer Insel in einem Tunnel nach seinem Bruder Mokuba. Derweil erschaffen die Gebrüder Para und Dox das Dreifachmonster, Kraft von Donner, Wasser und Wind. Es sieht fast so aus, dass Joey und Yugi verlieren.

Kaiba gelangt bis zur Zelle seines Bruders Mokuba und wird dort von Pegasus gestellt. Dieser hat die Seele des Kleinen in einer Spielkarte und erpresst Kaiba, sich mit Yugi zu duellieren. Joey und Yugi gewinnen das Duell gegen die Gebrüder Para-Dox.

Pegasus hat die Seele von Mokuba in einer Karte eingeschlossen. Damit zwingt er Kaiba zu einem Duell mit Yugi. Der Kampf scheint ziemlich ausgeglichen. Yugi ahnt nicht, dass Kaiba drei Weiße Drachen sammeln will, um das ultimative Monster der Zerstörung zu schaffen.

Kaiba lenkt während des Duells Yugi von seinem eigentlichen Vorhaben ab: Drei Weiße Drachen mit dem eiskalten Blick zu sammeln, und mit Hilfe einer Fusionskarte ein ultimatives Monster zu schaffen: den blauäugigen Ultradrachen. Yugi steht kurz vor dem Aus und zieht eine letzte Karte.

Da es Yugi gelingt, den Ultradrachen zu schwächen, steht er kurz vor seinem Sieg. Da stellt sich Kaiba auf die Zinne eines Turms, und überlässt Yugi die Entscheidung, ihn durch die Druckwelle seines nächsten Zuges zu vernichten. Yugi kämpft gegen Yami Yugi um die richtige Entscheidung und lässt schließlich Kaiba gewinnen. Jetzt kann Kaiba in die Burg und gegen Pegasus antreten.

Mai will dem depremierten Yugi ihre restlichen Sternchips schenken. Nur will Tea gegen Mai in einem Duell um eben diese Sternchips antreten. Tea spielt die Karte „Freundschaft“ und wider Erwarten gewinnt die Anfängerin gegen den Profi.

Joey, Tristan, Yugi, Tea, Mai und Bakura schauen sich in dem Haus von Pegasus das Duell „Kaiba gegen Pegasus“ an. Pegasus spielt den Unterlegenen. Da er aber mit Hilfe des Millenniumsauges in die Karten seines Gegners sehen kann, ist er ihm immer einen Zug voraus. Kaiba liegt mit 1000 Punkten zurück.

Mitten im Duell zieht Pegasus Kaibas Drachen auf seine Seite und infiziert das gesamte Deck. Nachdem er das Spiel verloren hat, wird Kaibas Seele wie die seines Bruders mit Hilfe einer Karte in einer anderen Dimension gefangen gehalten.

Pegasus’ Computer entscheidet, dass Yugi gegen Mai, und Bandit Keith gegen Joey spielen soll. In der Nacht vor der großen Entscheidung erkunden Tristan, Bakura und Tea einen mysteriösen Turm, in dem sie nach Beweisen für Pegasus’ Falschspiel suchen. Dort werden sie von ihm überrascht.

Yugi tritt im Duell gegen Mai an. Da er sie eigentlich mag, versucht er sein Millenniumspuzzle und damit Yami Yugi unter Kontrolle zu halten. Aber so kann er sich kaum auf den Kampf konzentrieren.

Da Yugi die rechte Kampfentschlossenheit fehlt, ist Mai auf dem besten Wege ihn zu besiegen. Ihm bleiben nur noch wenige Lebenspunkte. Mit Hilfe des Millenniumspuzzles findet er einen Ausweg.

In der nächsten Partie der Endrunde treffen Joey und Bandit Keith aufeinander. Als sich Joey ausweisen soll, findet er seine Karte nicht und hat nur fünf Minuten Zeit, sie zu suchen. Keith kann sich locker zurücklehnen, da er sie gestohlen hat. Mai steckt Joey ihre Karte zu. Das Duell kann beginnen.

Es kommt zum Gleichstand zwischen Keith und Joey. Da Keith die Karten von Joey in einem anderen Duell studiert hat, schafft er es erneut, seinen Rivalen in eine Falle zu locken.

Im Finale wollen Yugi und Joey ihr Bestes geben und auch anschließend Freunde bleiben. Beim Spiel bringt Joey Yugi mit der Fusionskarte und dem Grabräuber in Bedrängnis. Pegasus ergötzt sich daran, dass zwei gute Freunde sich nun als Gegner gegenüberstehen.

Joey scheint immer zu ahnen, welche Monsterkarte Yugi ins Spiel bringt. Aber dann zieht Yugi die Zauberkarte Zauberhüte. Das setzt Joey außer Gefecht, denn von Zauberkarten hat er keine Erfahrung.

Yugi hat es geschafft, auf Pegasus zu treffen. Er will ihn unbedingt besiegen, damit er Großvater und die anderen befreien kann. Doch Pegasus sieht seine Gedanken und weiß immer, welche Karten er spielen wird.

Pegasus spielt die Toon World Karte. Da Yugi mit dieser Karte nicht vertraut ist, bringt deren Wirkung ihn ziemlich durcheinander. Er versucht, eine neue Angriffsstrategie zu entwickeln. Aber Pegasus durchschaut wie gewohnt jeden seiner Züge.

Yugi und Pegasus setzen ihr Duell fort. Yugi spielt den Schwarzen Magier und die Zauberhüte in Kombination. Einen Zug, den Pegasus schnell durchschaut.

Tristan nimmt Yami Bakura den Millenniumsring ab und rettet so Bakura und Mokuba. Pegasus und Yugi setzen derweil ihr Duell im Reich der Schatten fort. Yugi ist dieser Belastung nicht gewachsen, aber seine Freunde können nichts für ihn tun. Yami Yugi muss nun allein kämpfen.

Tea, Tristan und Joey halten Verbindung zum Reich der Schatten und verhindern so, dass Pegasus die Gedanken von Yami Yugi lesen kann. Dadurch kann der Junge unbemerkt die Mystische Box spielen und den sehr mächtigen Chaos Magier erschaffen.

Tea, Yugi, Tristan und Joey suchen Pegasus. Der hat inzwischen ein Duell gegen den bösen Bakura verloren und muss sein Millenniumsauge hergeben. Pegasus ist am Ende. Derweil findet Tea Pegasus Tagebuch.

Joey erhält den Siegerpreis: Drei Millionen Dollar. Yugi bekommt die einmalige „Bande-der-Freundschaft“-Karte überreicht. Nachdem Mokuba seinen Bruder Kaiba gefunden hat, verlassen alle die Insel. Großvater wird aus dem Krankenhaus entlassen.

Rebecca ist eine geschickte Duellantin. Die Kleine spielt so geschickt, weil sie die Enkelin von Großvaters alten Freund Arthur Hawkins ist. Sie will sich rächen, weil Großvater vor vielen Jahren angeblich den „Weißen Drachen“ von ihrem Opa gestohlen hat. Der alte Mann erzählt ihr die wahre Geschichte.

Kaiba entlässt seine Manager, weil sie gemeinsam mit Pegasus seine Firma übernehmen wollten. Ein Testlauf seiner neuen Vitua-Kapsel wird ihm zum Verhängnis, da sie von den Managern umprogrammiert wurde. Jetzt sitzt er in der Spielewelt fest.

Es stellt sich heraus, dass Joeys Gegnerin im Duell Mai ist. Gemeinsam fliehen Yugi und Mokuba in Richtung Wüste, aber nicht ohne vorher die Niwatori-Karte zu stehlen. Damit gelangen sie zu einem Labyrinth, in dem sie Adena treffen, die Prinzessin von Sin Lau. Sie soll als Opfergabe den Fünf-Götter-Drachen beschwichtigen. Hinter den Besuchern aus der realen Welt vermutet sie die Helden aus den alten Legenden.

Mit einer alten Flugmaschine gelangen Yami Yugi, Mai und Joey zur Burg der finsteren Illusionen. Dort gelingt es Mokuba, seinen Bruder Kaiba zu befreien. Die beiden treffen auf Yami Yugi und Co. Da die Manager von Kaiba Corporation das Spiel umprogrammiert haben, müssen sie jetzt einen Angriff des Fünf-Götter-Drachens abwehren. Sie kämpfen gemeinsam und siegen.

Duke Devlin, der Besitzer eines modernen Spieleladens, fordert Joey zum Duell heraus. Der Sieger soll bestimmen dürfen, was der Verlierer machen muss. Joey verliert und soll eine Woche lang als Hund verkleidet seinem „Herrn“ Duke gehorchen.

Yugi spielt die versprochene Partie Dungeon Dice Monsters gegen Duke und tappt dabei von einer Falle in die nächste. Wird Yugi seinen Titel verlieren?

In der dritten Partie der Partie Dungeon Dice Monsters erkennt Yugi endlich die Tricks von Duke. Als er auch noch den Monitor mit den Regeln und den Würfeleigenschaften richtig einsetzt, entwickelt Yugi sich zu einem ebenbürtigen Gegner.

Die Partie Dungeon Dice Monsters wird immer spannender: Zwar besitzt Yugi noch einen Herzpunkt mehr als Devlin, doch hat er keine starken Monster mehr, die ihn beschützen können. Devlin schafft es, Orgoth, den Unbarmherzigen durch den Warpwirbel auf Yugis Seite zu schleusen. Der Mächtige Magier und Donnerball können Dukes Monster nicht aufhalten. Yugi verliert einen Herzpunkt. Dann besinnt er sich auf die Spezialfähigkeiten vom Schwarzen Magier und setzt die Magische Box ein.