遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れたときの話を聞く。

　王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐりぬけて奥に進んだが、案内人の裏切りによってピンチにおちいった。そこへ、ファラオの幻影があらわれ、双六をすくう。そして双六が目をさますと、手もとには千年パズルがあったのだ…。

　ときは現在にもどり、遊戯はもうひとりの遊戯の記憶さがしのため、エジプトに行く決意をする。出発前夜に、おたがいのきずなをたしかめ合うふたりの遊戯。だが、３枚の神のカードと千年アイテムがぬすまれてしまい…。

　遊戯は、待ちかまえていた闇人格のバクラから、冥界のとびらを開けばもうひとりの遊戯の魂を返すことができると知る。いっぽう、海馬のもとにもバクラがあらわれて、闇のゲームをしかけていた。

　海馬とバクラのデュエル。バクラは今回のキーポイント「ドップラーディアバウンド」を召喚。その特殊能力は、モンスターにとりついてディアバウンドの攻撃力のぶんだけそモンスターの攻撃力を下げるというもの。海馬がブルーアイズを召還すると、ディアバウンドはそれにとりついた。バクラのねらいは、ゲームに勝つことではなかったが…。

もうひとりの遊戯は、エジプトのピラミッドで石版に３枚の神のカードをかざして、記憶の世界へと旅立つ。そして、意識をとりもどすと、遊戯は古代エジプトの王（ファラオ）になっていた。まわりには海馬や双六ににている６人の神官のすがたが。神官たちは千年アイテムを使って、罪人の心にすむ邪悪な魔物を見とおし、ひき出して、石版に封じこめるのだった。

いっぽう、バクラも古代エジプトで盗賊王として意識をとりもどしていたが…。

　遊戯ファラオの前にあらわれた盗賊バクラは、千年アイテムをうばおうとする。バクラのディアバウンドを石版に封印しようとする神官たちだったが、ディアバウンドは強大すぎるため、失敗してしまう。そこで神官たちは、古代デュエルディスクとカードを使って、ウェジュの神殿よりカーを召還するが、バクラも前王のカーを召還させて反撃するのだった。

　いっぽう、残された遊戯たちは、もうひとりの遊戯が見つけることができなかった真実の扉をさがすために、千年パズルの中の心の迷宮に入っていたが…。

　ファラオＶＳバクラの戦いは、ブルーアイズホワイトドラゴンの攻撃技をコピーしたディアバウンドの反撃により、引き分けとなった。

　バクラは、かつて海馬と戦ったときにワザをコピーしていた。一度は引き返したバクラが、また王墓をおそう可能性は高い。魔術師で警護隊長の神官マハードは、ファラオに対する忠誠心が特に強く、ひとりでバクラをたおそうとする。マハードの魔術の弟子である少女マナは、心配するが…。

　神殿内でついに対決することとなるバクラとマハード。バクラは進化したディアバウンドを、マハードは魔力「ヘカ」を開放して「幻想の魔術師」を召喚。ディアバウンドの毒牙連撃波をかわした幻想の魔術師は、光のエネルギー弾で相手を圧倒する。さらにマハードは、伏兵のカー「シャドーグール」をくり出した。シャドーグールの特殊能力「壁ぬけ」にふり回され、ピンチにおちいるディアバウンドだったが、すぐに形勢を逆転させ、シャドーグールを撃破。たおしたカーの力をぬすみ出すことが特殊能力であるディアバウンドは、「壁ぬけ」を使って幻想の魔術師をも追いこみ…。

　心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどりついた。この世界では遊戯たちは存在していないため、他人からは見えず、物にさわることもできない。そして遊戯たちは、同じくこの世界には存在していないボバサに出会う。

　いっぽう神官セトは、千年錠で民衆の心を見きわめて、強力なカーを秘めている人間を連行する「カー狩り」をおこなっていた。白い肌の女・キサラは、特に強力なカーを持っていたが…。

　その昔、古代エジプトでは、神官アクナディンがクル・エルナ村の人間をいけにえにして、闇の錬金術により７つの千年アイテムを誕生させた。その時にアクナディンは、息子セトとの関係も断ち切る。

　そして15年後、村の生き残りである盗賊バクラがアクナディンをおそった。逃げるバクラとディアバウンドを、白馬に乗ったファラオとオシリスの天空竜が追う。しかし、ディアバウンドが村を無差別に攻撃してきたため、オシリスは攻撃を受け止めることで精いっぱいとなり…。

　ファラオＶＳバクラの戦いはつづく。デュオスをしたがえたセトをはじめとする神官たちが、ファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅してしまった。

　またしてもピンチになるファラオ。しかし、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こした。覚醒したファラオは、ラーの翼神竜を召還する。そして、ゴッドフェニックスでバクラにとどめをさすが…。

　アクナディンは、地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとする。囚人たちのカーがキサラをおそうが、キサラは抵抗しない。それを見たセトは、キサラに興味を持ち、中止させようとする。だがそれによりセトは囚人の怒りを買い、おそわれてしまうことに。ピンチのセトとキサラだったが、その時キサラの体から光が放たれ、青眼の白龍が出現する。

　一方、谷底に落ちたファラオは、父である前王の夢を見ていたが…。

　ファラオと再会し、束の間の休息をとる遊戯たち。そして神官シャダがかけつけ、ファラオとマナとともにバクラを追ってクル・エルナ村へ向かう。そこは、かつてアクナディンが千年アイテムを生み出すために生けにえにした、のろわれた村だ。シャダたちは、おそいかかってくる骸骨兵士と戦うことに。

　地下神殿でバクラと対面するファラオ。だが、千年錘を失ったファラオは、神を召還できない。ディアバウンドにおそわれるファラオ。それを救ったのは…!?

　ファラオはブラックマジシャン、ブラックマジシャンガールとともに、バクラのディアバウンドと戦う。光の護封剣や岩石の巨兵なども使うファラオ。さらに神官団も加勢して、ディアバウンドを攻める。しかし、クル・エルナの地下神殿は、先王を憎む死霊たちがうずまいているためバクラに有利な状態。セトは千年秤でカーを融合させて、デュオスを強化させるが…。

　一方遊戯たちは、ファラオの名前を知ることが重要だと知り…。

　地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えてしまった。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。

　やがて目をさますもうひとりの遊戯。その目の前には、ジオラマのゲーム盤と、対面してすわるバクラのすがたが。そのゲーム盤は、ファラオとして生きていた３千年前のエジプトが再現された、究極の闇のRPGだった。

　７つの千年アイテムが冥界の石版におさめられ、ゲームは新たなステージへと入る。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になるが…。

　闇の大神官の攻撃からファラオたちを守ったのは、ハサンだった。ハサンは、歴代ファラオの化身だ。

　自分にも王家の血が流れていることを知るセト。そしてセトは、白き龍の力を得てファラオになるよう闇の大神官に誘惑され、とまどう。一方遊戯たちは、空腹のボバサのために食料をさがした。ボバサはそのお返しに、ファラオの本当の名がかくされている王家の谷に、遊戯たちを連れて行くのだった。

　盗賊王バクラとディアバウンドが復活して、ファラオたちの前に姿をあらわした。そして、アクナディンとセトは異空間に消えていく。ディアバウンドに攻撃されたファラオたちは、バラバラになってしまう。

　神官カリムとアイシスは、せまりくるカーを相手に、苦しい戦いを強いられていた。カリムの魂のバーは極度に減ってしまい、そしてアイシスの精霊スピリアは戦闘には向いていない。ファラオを思うカリムは、最後の力を神官シャダにたくすが…。

　アクナディンは、キサラを殺して白き龍の力を得て王になるようセトに告げる。それを拒否するセトだったが、そんな彼を守ったキサラは、命を落としてしまう。その後、ファラオがかけつけるが、その時セトはアクナディンに心をあやつられていた。

　ファラオと正気をなくしたセトの決闘がはじまった。白き龍が黒き魔術師をたおし、セトがとどめを刺そうとしたその時、キサラの声が聞こえてきて…。

　いっぽう、現世のゲームマスターの闇遊戯は、自分の名前がゾーク封印のカギであることに気づいていた。

　王墓で決闘を開始する遊戯とバクラ。遊戯は、はじめて闇遊戯のために戦うことになる。

　新しいデッキから、マシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚する遊戯。だがバクラは、デスカリバー・ナイト、死霊ゾーマなどをくり出し、優位に立つ。そこで遊戯は、魔法カード「時の飛躍」でダメージをかわし、サイレントソードマンのレベルを上げて反撃するのだった。

　いっぽうクルエルナでは、大邪神ゾークが復活し、神官団におそいかかっていた。

　ついにはじまった遊戯とバクラの決闘。LPは2400対1600で遊戯が優勢だ。遊戯は、ブロッケンやレンガードなど、数値があまり高くないモンスターで戦うが、特殊効果で大きなダメージをかわしている。するとバクラは、今回のキーポイントである「呪いの双子人形」をくり出してきた。それにより自分の墓地を消滅させたバクラは、死んだモンスターたちを浮遊霊のように不気味にさまよわせ…。

　いっぽう、神官団VSゾークの戦いでは、シモンがついにエクゾディアを召喚し、激闘がくり広げられていたが…。

　遊戯VSバクラのデュエルはつづく。バクラは今回のキーポイントである永続魔法「死札相殺」で、おたがいのフィールド上のモンスターと、おたがいの除外されたモンスターの数だけ、デッキからカードを墓地送りにして、遊戯のデッキを破壊する。ついに遊戯のデッキは、残り１枚になるが…。

　いっぽう街では、マナからうけとった千年パズルをたずさえて、ファラオがゾークと対面していた。三幻神を召喚させるファラオ。神の攻撃に、ゾークはたおされたかに見えたが…。

　遊戯とバクラのデュエルはつづく。遊戯は、ラストドローで今回のキーポイントである「破壊竜ガンドラ」を召喚する。ガンドラは、プレイヤーのライフを半分使い、フィールド上のすべてのモンスターをすべてゲームからとりのぞくことができるという強力な特殊魔法を持つ。遊戯がめずらしくこれほどに凶暴なカードを選んだのは、なにか理由があるのか…!?。

　いっぽう、ゾークの力の前にファラオの神もなすすべがない。神官セトは、白き龍を召喚して応戦するが、ゾークに敗れてしまい…。

　ファラオは記憶のエジプト世界でゾークと戦う。かけつけた遊戯や城之内たちは、ブラックマジシャンなどのモンスターを召喚してファラオをたすけた。

　遊戯たちはファラオに真実の名を伝えようとするが、古代文字を読むことができない。杏子は、ファラオに渡したカルトューシュを思い出すが…。