La nave de Kaiba es atraída hacia una fortaleza acuática, donde un niño llamado Noah y los ejecutivos que Kaiba despidió quieren vengarse de Seto Kaiba, llevándolos a un mundo virtual donde buscan derrotar a Kaiba, Yugi y los demás para regresar al mundo real con sus cuerpos.

Yugi y sus amigos son separados en el mundo virtual para que los cinco grandes tengan más facilidad al enfrentarlos. Gansley, uno de los Cinco Grandes, adopta la forma del Monstruo de Duelo "Guerrero del Mar Profndo" para enfrentar a Yugi, quien usa a "Kuriboh" como su carta maestra.

Noah se encarga de mostrarle a Seto y Mokuba su pasado y cómo fueron adoptados por Gozaburo Kaiba. Por otra parte, Yugi continúa su Duelo contra Gansley, quien está muy cerca de la victoria y de obtener el cuerpo de Yugi.

Con la ayuda de "Kuriboh", Yugi logra derrotar a Gansley y parte en búsqueda de sus amigos. Gracias a un extraño pingüino, Téa escapa de un grupo de varios "Gigante Hitotsu-Me", los cuales la tenían prisionera.

Téa es guiada por un grupo de pingüinos hacia Crump, uno de los Cinco Grandes, quien ha adoptado la forma del monstruo "Pingüino de Pesadilla". Téa elige a "Chica Maga Oscura" como su carta maestra e inicia un Duelo contra Crump

Seto y Mokuba siguen recordando su pasado junto a Gozaburo Kaiba. Gracias a la ayuda de "Chica Maga Oscura", "Mago Oscuro" se transporta desde el Deck de Yugi al de Tèa quien de esta forma logra derrotar a Crump y reunirse con Yugi.

Joey tiene que enfrentarse contra Johnson, uno de los Cinco Grandes, quien adopta la forma de su carta maestra, "Juez". Por su parte, Joey elige a "Espadachín de la Llama" como su carta maestra. Yugi y Téa llegan al lugar donde Joey mantiene su Duelo contra Johnson, pero las cosas no lucen muy favorables para Joey.

Durante el Duelo, Johnson altera el programa virtual para hacer trampa a Joey. Al darse cuenta de esto, Noah interviene y trata de deshacerse de Johnson, pero Joey decide que quiere derrotarlo y, finalmente, lo logra. Al enterarse de que su hermana Serenity puede estar en peligro, Joey corre a buscarla.

Tristán, Duke y Serenity se enfrentan a Nezbitt, uno de los Cinco Grandes, que toma la forma de "Caballero Robótico", y muestra sus habilidades usando monstruos Máquina. Para proteger a Serenity, Tristán Sacrifica a su carta maestra y es derrotado, cayendo hacia un mar de lava.

Yugi, Joey y Téa llegan para brindarle apoyo a Duke y Serenity, quienes, gracias a la última carta que Tristán dejó boca abajo, logran derrotar a Nezbitt. Sin embargo, éste se apodera del cuerpo de Tristán y se marcha. Mientras tanto, un misterioso mono ha sido creado por la base de datos del programa virtual.

Utilizando el cuerpo de Tristán, Nezbitt ataca a Seto Kaiba pero, gracias a la ayuda de Tristán en el cuerpo de un pequeño mono, no logra su cometido. Sin embargo, Nezbitt toma a Mokuba y lo lleva con Noah. Seto lo persigue pero su camino es bloqueado por Leichter, el último de los Cinco Grandes, quien ha adoptado la forma de "Jinzo" para enfrentar a Kaiba.

Leichter cuenta cómo Seto Kaiba, con ayuda de los Cinco Grandes y Mokuba, logró apoderarse de la compañía de Gozaburo Kaiba. Seto logra Invocar a "Dragón Blanco de Ojos Azules" para destruir el "Cañón Satélite" de Leichter y ganar el Duelo, mientras que Noah planea enseñarle a Mokuba lo que es una verdadera familia.

El plan de Noah da comienzo para poner a Mokuba en contra de su hermano Seto, y revela ser el hijo legítimo de Gozaburo Kaiba y hermanastro de Seto y Mokuba. Por otra parte, cuatro de los Cinco Grandes tratan de tomar los cuerpos de Joey, Serenity y Duke a la fuerza, pero Noah se deshace de ellos.

Los Cinco Grandes se reúnen dentro del cuerpo de Tristán para tener un Duelo contra Yugi y Joey, donde los cinco van rotando sus turnos. Por otra parte, Seto Kaiba anda en busca de su hermano Mokuba y se cuestiona si realmente Noah es quien dice ser, ya que tiene el mismo aspecto que hace seis años.

El Duelo de Yugi y Joey contra los cinco grandes en el cuerpo de Tristán continúa. Yugi y Joey parecen recuperarse y tomar el control del Duelo, pero las cosas parecen estar a punto de tomar otra giro, ya que Leichter, quien domina el cuerpo de Tristán en el momento, ha sacado una Carta de Ritual que parece ser la más poderosa de todo su Deck.

Los Cinco Grandes combinan sus cinco cartas maestras creando a "Dragón de Cinco Cabezas", pero Yugi y Joey juntan sus dos cartas maestras para usar a "Caballero del Espejismo" con el cual derrotan a "Dragón de Cinco Cabezas." Sin embargo, una vez éste es destruido, aparece "Dragón Berserker" con el cual parece que los Cinco Grandes ganarán el Duelo. Joey otorga el poder necesario a "Mago Oscuro" de Yugi y lo convierte en "Caballero Oscuro", lo suficientemente poderoso para ganar el Duelo. Noah, molesto con los cinco grandes, se deshace de ellos de una vez por todas y planea hacerse cargo él mismo.

Noah, finalmente, aparece frente a Seto Kaiba y le revela que hace tiempo fue víctima de un accidente, el cual dejó su cuerpo totalmente inservible. Debido a esto, su padre conectó su mente a una computadora. Noa quiere obtener el cuerpo de Seto y apoderarse de su compañía, para lo que debe derrotarlo en un Duelo.

Durante su Duelo con Seto Kaiba, Noa recuerda cómo su padre lo mantuvo vivo mediante un programa virtual, en un mundo donde todo parecía real pero no lo era. Seto toma el control del Duelo y está listo para ganar, pero Mokuba aparece y se pone frente a Kaiba para proteger a Noah.

Con la ayuda de Yugi y Kaiba, Mokuba logra romper el control mental que tenía Noah sobre él. Kaiba usa a su "Dragón Blanco de Ojos Azules" para destruir "El Arca de Shinato" de Noah, pero, tras destruirse, aparece "Shinato, Rey de un Plano Superior", con el que Noah se Fusiona y convierte en piedra a Seto y Mokuba. Yugi decide tomar el lugar de Kaiba en el Duelo, con los pocos LP que le quedan, y enfrentarse a Noah.

Yugi muestra una pequeña recuperación, a tal punto que Noah tiene que separarse de Shinato. Sin embargo, Noah continúa aumentando sus LP ante los pocos LP que le quedan a Yugi. Noah se molesta debido al apoyo de los amigos de Yugi y decide comenzar a convertirlos en piedra en cada uno de sus turnos.

Conforme avanza el Duelo, Noa convierte en piedra a todos los amigos de Yugi, quien sólo tiene 100 LP contra los 10000 de Noah. Sin embargo, al entrar en una de las habitaciones de su mente, Yugi encuentra el apoyo de todos sus amigos, quienes le brindan una carta cada uno para que Yugi realice la última jugada. Gracias a esto, Yugi logra usar a los tres "Dragón Blanco de Ojos Azules" de Seto Kaiba para atacar directamente a los LP de Noah y obtener la victoria.

Tras la derrota de Noah, los amigos de Yugi regresan a la normalidad. Sin embargo, el rostro de Gozaburo Kaiba aparece en el cielo virtual y revela ser quien está detrás de todo. Noa lleva a Yugi y los demás hacia la salida del mundo virtual, pero todo resulta ser una farsa y, tomando el cuerpo de Mokuba, regresa al mundo real.

Noa programa un satélite para destruir el mundo virtual donde están Yugi y los demás, pero, al recordar el vínculo creado con Mokuba, se arrepiente y trata de detener el satélite. Sin embargo, la computadora ha sido destruida por Marik y no puede detenerlo. Por otra parte, Seto Kaiba se enfrenta a Gozaburo Kaiba, quien Invoca a su poderoso monstruo, llamada "Exodia Necross", que parece ser invencible gracias a sus efectos.

Con la ayuda de Noah, los amigos de Yugi logran regresar al mundo real, pero, en el mundo virtual, Gozaburo Kaiba ha sido derrotado por Seto. Debido a esto, trata de tomar su cuerpo por la fuerza. Sin embargo, Seto es ayudado por Yugi y juntos logran regresar al mundo real, mientras que Noah le devuelve su cuerpo a Mokuba y regresa al mundo virtual para evitar que Gozaburo escape de este mundo, que, finalmente, es destruido. Seto decide que este incidente ha sido una pérdida de tiempo y pone su nave en marcha hacia el lugar donde se realizarán las finales del torneo de Ciudad Batallas.

La nave Kaiba llega a la isla donde se encuentra la torre en la que se realizarán las finales. Para decidir los Duelos de la semifinal, Kaiba, Marik, Yugi y Joey tienen un Duelo entre los cuatro, donde los dos primeros en perder sus LP se enfrentarán, al igual que lo harán quienes queden con puntos. Inmediatamente, Kaiba lanza un ataque directo a Joey, pero Yugi uSa una de sus cartas para protegerlo.

Seto Kaiba cuestiona las habilidades de Joey, diciendo que está en las finales sólo gracias a que Yugi lo ha protegido, por lo que Joey le pide a Yugi que no lo ayude. Joey se asegura de mantener sus puntos equilibrados con los de Marik para poder enfrentarlo y recuperar la mente de Mai, mientras que Kaiba también busca la forma de enfrentar a Yugi.

Joey realiza una estrategia para lograr quitarle todos los LP a Marik, y luego se asegura de ser el siguiente perdedor; de esta forma, el primer Duelo de las semifinales será entre Joey y Marik, mientras que el otro Duelo semifinal será entre Yugi y Seto Kaiba.

El primer Duelo de semifinales es entre Joey y Marik. Rápidamente, Marik lo convierte en un Duelo de las Sombras, en el que ambos Duelistas son conectados a sus monstruos para sentir el daño que reciben y perder energía a medida que sus monstruos son atacados; sin embargo, Joey no está dispuesto a retroceder, ya que desea recuperar a Mai.

Marik crea una estrategia para quitarle LP y cartas a Joey conforme avanza el Duelo, pero Joey logra recuperarse y romper la estrategia de Marik. Sin embargo, todo cambia y se vuelve confuso para todos cuando Marik Invoca a un poderoso monstruo llamado "Golem de Lava" del lado de los monstruos de Joey.

Cuando Joey logra revertir la situación del Duelo, Marik logra Invocar a "El Dragón Alado de Ra" en el Campo y usa su efecto para transformarlo en su "Modo Fénix", con el cual, a pesar de tener 0 ATK y DEF, puede desintegrar a cualquier monstruo; mientras tanto, Ishizu se ofrece a cuidar a Mai para que Serenity vaya a apoyar a su hermano.

Joey recibe el ataque de "El Dragón Alado de Ra" y, aunque este monstruo no posee puntos de ATK, el daño físico que Joey recibe es muy grande. A pesar de esto, Joey se mantiene en pie y trata de dar su último ataque para obtener la victoria, pero no logra resistir mucho y pierde el conocimiento, por lo que Marik es declarado ganador. Por otra parte, Yugi y Kaiba se preparan para el siguiente Duelo semifinal.

Finalmente, el Duelo entre Yugi y Seto Kaiba da inicio. Con su tecnología, Kaiba crea un holograma de un antiguo coliseo romano para obtener su anhelado Duelo con Yugi. Desde el principio, Kaiba trata de Invocar a su carta de Dios Egipcio, pero Yugi no se lo permite y, utilizando las propias estrategias de Kaiba, Yugi logra poner su carta de Dios Egipcio en su mano.

Yugi logra Invocar a su trío de caballeros ("Escolta del Rey", "Escolta de la Reina" y "Escolta de la Sota"), que son Sacrificados para ser el primero en Invocar a su carta de Dios Egipcio, "Slifer el Dragón del Cielo". Sin embargo, Kaiba también logra completar su sacrificio de tres monstruos para Invocar a su propio Dios Egipcio, "Obelisco el Atormentador". La batalla de los dioses ha comenzado.

Un impresionante Duelo entre Yugi y Kaiba tiene lugar y es emitido a través del mundo. Ambos utilizan al máximo sus habilidades y estrategias para proteger a sus monstruos Dios Egipcio, pero, finalmente las dos bestias, que tienen el mismo poder, chocan sus poderosos ataques, los cuales hacen estremecer todo a su alrededor.

Tras el choque de los Dioses Egipcios, Yugi y Kaiba tienen una visión compartida de la batalla antigua que se libró entre el faraón y su hechicero hace 5000 años. De regreso al Duelo, los dos Dioses Egipcios se han destruido entre sí, pero Kaiba y Yugi continúan el Duelo, Onvocando a sus monstruos más fieles, "Dragón Blanco de Ojos Azules" y "Mago Oscuro". Sin embargo, Kaiba logra, además, revivir a su Dios Egipcio, "Obelisk el Atormentador", y está cerca de obtener la victoria.

Mientras Joey lucha en sus sueños, el Duelo entre Yugi y Kaiba continúa. Kaiba logra Invocar a sus tres "Dragón Blanco de Ojos Azules" y parece tener la batalla ganada, pero, gracias al apoyo de Joey, Yugi encuentra la forma de detenerlo, Invocando al "Dragón Negro de Ojos Rojos" que Joey le dio.

Joey despierta y se entera de lo sucedido al final de su Duelo con Marik, mientras que el Duelo entre Kaiba y Yugi está llegando a su final, cuando ambos Duelistas juegan con solo tres cartas de su elección en su Deck. Kaiba usa su última estrategia Fusionando a sus tres "Dragón Blanco de Ojos Azules", mientras que Yugi Fusiona a "Mago Oscuro" y "Buster Blader" para crear a "Paladín Oscuro" y, finalmente, anulando la Fusión de los tres Dragones de Kaiba, Yugi obtiene la victoria del Duelo.

Tras su derrota, Seto Kaiba le entrega su carta de Dios Egipcio a Yugi y trata de irse del lugar, pero Joey lo detiene y lo reta a un Duelo para decidir quién queda en tercer lugar en el torneo. Kaiba acepta, ya que quiere callar a Joey, y los dos comienzan su Duelo, mientras que el verdadero Marik, que se oculta en el cuerpo de Téa, ha decidido que es hora de intervenir en los planes de su parte malvada

La parte buena de Marik, que sobrevive en la mente de Téa, confronta al Marik malvado, pero no logra hacer mucho y está a punto de ser enviado al Reino de las Sombras, hasta que Ishizu y el faraón intervienen. A pesar de esto, la parte buena de Marik se encuentra muy débil y desaparece por completo. En el Duelo entre Kaiba y Joey, este logra demostrarle sus habilidades a Kaiba, pero todo cambia cuando Kaiba revive a su "Dragón Blanco de Ojos Azules".

Seto Kaiba derrota a Joey y trata de abandonar la torre sin importarle nada más respecto al torneo, pero Ishizu y Mokuba logran interceder para que Kaiba le diga a Yugi la forma en la que puede derrotar a Marik. Finalmente, Kaiba deja de lado su obstinación y se dirige a la cima de la torre, donde le entrega a Yugi una carta con la cual cree que Yugi podrá derrotar a Marik.

Habiendo recibido la carta de Seto Kaiba, Yugi comienza su Duelo contra Marik, quien, rápidamente, lo convierte en un Duelo de las Sombras, en el que, a medida que Yami Yugi va perdiendo LP, Yugi va desapareciendo. Así mismo, cuando Marik pierde puntos, el verdadero Marik irá desapareciendo. Yami Yugi logra Invocar a "Slifer", pero Marik no tarda demasiado en Invocar a "El Dragón Alado de Ra".

"El Dragón Alado de Ra" destruye con facilidad a "Slifer el Dragón del Cielo" y Marik obtiene la oportunidad de terminar con el Duelo, pero, gracias a la carta "Santuario del Demonio" que Kaiba le dio a Yugi, este logra evitarlo y, al mismo tiempo, consigue Invocar a "Obelisco el Atormentador", con el cual lanza un ataque directo a los LP de Marik.

Marik crea un clon indestructible de "Obelisco el Atormentador" y, poco a poco, va quitándole LP a Yugi. Utilizando el cuerpo de Téa, el verdadero Marik le dice a Yugi que no se preocupe por él y destruya a su parte malvada. Sin embargo, el Marik malvado está a punto de resucitar a "El Dragón Alado de Ra". Mientras tanto, Odion finalmente despierta.

Marik Invoca a "El Dragón Alado de Ra" en "Modo Fénix", pero Yugi consigue Sacrificar al clon de "Obelisco" de Marik, para darle una infinidad de poder a su "Obelisco" real. Sin embargo, Marik realiza una última jugada para sobrevivir al ataque de "Obelisco". Yugi Sacrifica a "Obelisco" para poner en el Campo a "Mago Oscuro" y "Chica Maga Oscura" para poder usar la carta "Ragnarok", pero se ve frustrado al tener que acabar con la parte buena de Marik. En ese momento, Odion hace su aparición.

Gracias a la intervención de Odion, Marik logra retomar el control de su cuerpo cambiando de lugar con su parte maligna, mientras que Yugi usa "Ragnarok" logrando que todos sus monstruos destruyan a "El Dragón Alado de Ra". Finalmente, el Marik bueno renuncia al Duelo terminando con su último LP y con el Marik malvado. Yugi es declarado campeón del torneo y obtiene a "El Dragón Alado de Ra", por lo que logra tener en su poder a los tres Dioses Egipcios. Marik también le da a Yugi su Cetro y Anillo Milenarios, por lo que ya cuenta con cuatro de los siete Objetos Milenarios, tras el Collar que le dio Ishizu. Además de esto, las almas de Mai y Bakura son liberadas del Reino de las Sombras. Sin embargo, un nuevo problema aparece, ya que la torre está programada para ser detonada y la nave de Kaiba no funciona.

Queriendo dejar su pasado atrás, Kaiba destruye la isla donde se llevó a cabo la final del torneo, logrando Yugi y sus amigos escapar y regresar a casa. Yugi y sus amigos toman caminos distintos, pero Yugi y Joey todavía tienen una última prueba, en la que Joey buscará recuperar su "Dragón Negro de Ojos Rojos" enfrentándose a su amigo.

Téa y Serenity dan un paseo por Ciudad Domino recordando todos los sucesos ocurridos en el torneo de Ciudad Batallas. Episodio especial que resume la Saga de Ciudad Batallas.