Yugi Mutō insegna ai suoi compagni di scuola (Joey Wheeler, Téa Gardner e Tristan Taylor) il gioco del Duel Monster, mostrando poi loro (nel negozio di giochi di suo nonno Solomon) la rara carta del Drago Bianco Occhi Blu. Il ricco Seto Kaiba fa visita al locale e, notata la carta, cerca di acquistarla ma Solomon rifiuta per il valore affettivo. Kaiba fa così rapire l'anziano e lo sconfigge a duello, per poi strappare la carta (davanti a Yugi e i suoi amici) per evitare che qualcuno potesse usarla contro di lui. Yugi si trasforma nel suo alter-ego e affronta Kaiba in un'arena speciale, che riproduce dal vivo i mostri delle carte. Seto ha nel suo mazzo ben 3 esemplari del Drago Bianco, ma Yugi ricompone il leggendario Exodia grazie al quale vince la sfida. Dopo l'incontro, Kaiba cade in un apparente coma mentre Maximilion Pegasus, un magnate, viene informato del fatto.

A casa di Yugi, i ragazzi seguono la finale del campionato regionale in cui Brukido Haga sconfigge Rex Raptor. Viene poi recapitato un pacco a Yugi da parte di Pegasus che contiene un guanto, due stelline e una videocassetta. Pegasus appare nel filmato e sfida Yugi, trasportandolo in un'altra dimensione grazie ai poteri dell'Occhio del millennio. Il duello si svolge a tempo, ma il magnate - con i poteri derivati dall'oggetto - legge la mente di Yugi e prevede le sue mosse: il ragazzo riesce però a contrattaccare ma, mentre sta sferrando l'attacco decisivo, il tempo scade. Pegasus vince l'incontro e ruba l'anima del nonno, obbligando Yugi a partecipare ad un torneo per tentare di salvarlo.

Costretto a partecipare al torneo (su un'isola chiamata Regno dei duellanti) Yugi si imbarca sulla nave, insieme ai suoi amici. Joey decide di partecipare perché con i soldi del premio potrebbe pagare l'intervento alla sorella Serenity, affetta da una rara cecità. Non essendo stato invitato, Yugi gli dona una stellina con cui iscriversi al torneo. Durante il viaggio, il gruppo conosce alcuni campioni di Duel Monster: Mai Valentine, Rex e Brukido che getta in mare le carte di Exodia.

Giunti sull'isola, i partecipanti al torneo conoscono l'organizzatore Pegasus. La competizione ha inizio, con la formula del tutti contro tutti per 48 ore: i 4 giocatori che avranno ottenuto più stelle (almeno 10, messe in palio durante i duelli) potranno accedere al castello di Pegasus, dove ha luogo la fase finale. Yugi combatte con Brukido, mettendo in palio la sua unica stella e il deck contro le due stelle del campione regionale. Il terreno di gioco - che riproduce una foresta - favorisce Brukido, il cui deck è imperniato sugli insetti: grazie ad una carta magia, Yugi riesce però a distruggerli tutti in un colpo solo.

L'ultimo mostro di cui Brukido dispone è una larva, che tramite un bozzolo, si evolve in una falena nel giro di cinque turni. Usando un attacco incentrato sul fuoco, Yugi brucia la foresta danneggiando il mostro avversario: una scarica elettrica combinata al terreno bagnato distrugge poi la falena, dando la vittoria al ragazzo. Brukido è fuori dal torneo, con Joey che gli sottrae il guanto.

Mai Valentine, che ha già vinto alcune stelle, sfida Joey che disputa così il suo primo incontro ufficiale. La donna, che riconosce le carte senza guardarle (avendo sparso un profumo diverso su ciascuna di esse), mette in difficoltà Joey: l'aiuto di Yugi, che gli permette di ritrovare fiducia, consente però all'amico di vincere lo scontro con un solo attacco.

Dopo aver mangiato del pesce di cui non conoscevano il proprietario, Yugi e i suoi amici conoscono Mako Tsunami (terzo classificato al campionato regionale) che - per ripicca - sfida il ragazzo. L'arena di gioco, situata sopra l'oceano, favorisce Mako il cui deck è costruito sulle creature marine; Yugi riesce però a prosciugare l'acqua, vincendo poi il duello con un'unica mossa.

Mokuba, fratello minore di Seto, ha rubato 5 stelle ad altri concorrenti e sfida Yugi; il giovane rivela che i soci di Seto, con l'aiuto di Pegasus, stanno tentando di ottenere la proprietà della Kaiba Corporation. Mokuba vuole eliminare Yugi dal torneo, per evitare che Pegasus lo batta: Joey e gli altri lo convincono però a fidarsi di loro, per restituire le stelle ai duellanti. Il gruppo viene tuttavia fermato da una guardia, che rapisce Mokuba e getta in mare le stelle; Yugi lo sfida a battersi, ma l'uomo fa gareggiare Seto al suo posto.

Il misterioso avversario afferma di essere Seto, accusando Yugi di averlo fatto morire; Joey e Mokuba nutrono però dubbi sulla sua identità. Intanto, il vero Seto - ripresosi dal coma in cui era caduto dopo la sconfitta con Yugi - sfugge alle guardie di Pegasus che volevano rapirlo: infilitratosi in un laboratorio segreto, cerca di monitorare l'andamento del duello. L'impostore si è comunque impossessato del suo deck, potendo disporre dei Draghi Bianchi Occhi Blu: Yugi, al contrario, non può più utilizzare Exodia (grazie al quale aveva vinto il primo duello con Kaiba).

Yugi distrugge il primo Drago Bianco Occhi Blu combinando il Mago Nero con delle carte Magia, mentre il secondo è indebolito con un virus che Kaiba immette dal computer: il piano ha successo subito prima che l'impostore attacchi, permettendo a Yugi di salvarsi. Il ragazzo riesce infine a vincere il duello, scoprendo che l'avversario era la metà malvagia di Kaiba (sconfitta nel precedente duello e resuscitata dai poteri di Pegasus): i poteri del puzzle lo rispediscono nel regno delle ombre, mentre Yugi recupera il deck di Seto. Mokuba è intanto sparito, rapito dalle guardie.

Rex sfida Mai Valentine, la quale ha già conquistato diverse stelle. La donna lo convince a battere prima Joey, promettendogli una sfida in caso di vittoria. Joey accetta la sfida, a condizione che Yugi non gli dia alcun suggerimento pena la squalifica. Il deck di Rex è imperniato su dinosauri e draghi, che Joey riesce però a sconfiggere grazie allo Spadaccino di fuoco (tali mostri sono infatti deboli alle fiamme) e ad una carta donatagli da Tristan.

Rex gioca il raro Drago Nero Occhi Rossi, mettendolo poi in palio per lo Stregone del tempo di Joey: il duello viene però vinto da quest'ultimo, che aggiunge così un'importante carta al proprio mazzo nonché le stelle. Prima che cali la notte il gruppo incontra Bakura Ryou, un loro compagno di classe imbarcatosi sulla nave. Bakura sfida Yugi all'infuori del torneo, permettendo all'amico di inserire nel deck le carte preferite degli amici. Bakura viene però posseduto dalla sua parte malvagia, che tramite un oggetto magico (Anello del millennio) trasporta tutti nel regno delle ombre per rubare il Puzzle di Yugi. Con i suoi amici svenuti, Yami Yugi si sveglia e affronta Bakura.

Bakura ha imprigionato le anime di Yugi, Joey, Téa e Tristan nelle loro carte preferite: se Yami dovesse perdere il duello, le loro anime sarebbero eliminate. Grazie alla collaborazione tra i ragazzi e all'aiuto del vero Bakura (la cui parte malvagia sta combattendo), il nemico viene battuto e confinato nell'altra dimensione. Al risveglio, i ragazzi credono di aver avuto un incubo ma l'urlo spaventato di Mai li riporta alla realtà.

Mai è stata sconfitta da Panik, un eliminator ingaggiato da Pegasus che le ha sottratto le stelle. Yugi affronta Panik, ma l'arena di gioco - situata nell'oscurità - favorisce il suo avversario.

Yugi sconfigge Panik, rendendo poi a Mai le stelle perse in combattimento. Panik tenta di uccidere Yugi con il fuoco, ma i poteri del Puzzle spediscono la sua anima nel regno delle ombre.

Seto atterra sull'isola e Yugi gli restituisce il deck, invitandolo a rimanere con loro: Kaiba rifiuta perché vuole cercare Pegasus e salvare Mokuba. La sua arroganza indispettisce Joey, che lo sfida a duello ma viene sconfitto facilmente. In quest'occasione, i due combattono usando il Dueling Disk di Seto che - al pari delle arene - riproduce gli ologrammi dei mostri. Dopo lo scontro, Kaiba racconta di quando - tempo prima - era presente al campionato intercontinentale: Pegasus sconfisse Bandit Keith, un abile duellante, prevedendo le sue mosse e facendo competere un bambino al suo posto. Yugi collega il fatto con il suo duello contro il magnate, scoprendo che la capacità di leggere i pensieri altrui deriva dall'occhio magico.

Joey si sveglia dopo un incubo in cui ha sognato Kaiba, e decide di impegnarsi maggiormente nei successivi duelli; le prime 24 ore della fase eliminatoria sono intanto trascorse. Bandit Keith, l'ex campione intercontinentale, vuole vendicarsi di Pegasus per l'umiliazione da lui subita nel torneo: non avendo intenzione di combattere in prima persona, ingaggia degli scagnozzi per accumulare stelle. Separato da Yugi e gli altri, Joey viene rapito e portato in una grotta dove è costretto a duellare. Bandit guida le mosse del suo scagnozzo, al quale ha consegnato un deck con mostri zombie: il tipo di arena, che riproduce un cimitero, e le capacità degli zombie (che, una volta distrutti, si rigenerano) mettono Joey alle corde.

Durante lo scontro, Joey viene raggiunto dai suoi amici nella grotta e grazie al loro incoraggiamento vince la sfida. Bandit Keith e i suoi scagnozzi intrappolano il gruppo dentro la caverna; l'ex campione ruba le stelle dei suoi aiutanti, raggiungendo il numero sufficiente per accedere al castello di Pegasus.

Mentre cercano di raggiungere l'uscita della caverna, Yugi e gli altri trovano un labirinto nel quale i fratelli Para e Dox sfidano lui e Joey ad una sfida in doppio. Intanto, Kaiba ha raggiunto il castello di Pegasus per tentare di salvare Mokuba.

Lo scontro prosegue, con i fratelli che riescono ad evocare la loro creatura più potente: il Guardiano del cancello, ottenuto dall'unione di tre elementi (acqua, elettricità e vento). Nel castello, invece, Kaiba ha raggiunto la cella di Mokuba ma deve ora confrontarsi con Pegasus.

Yugi e Joey riescono a vincere il duello, risolvendo poi l'indovinello dei fratelli per trovare l'uscita corretta. Al castello, Pegasus ruba l'anima di Mokuba e obbliga Seto a sconfiggere Yugi (dandogli le stelle che il fratello aveva sottratto ai concorrenti) per avere il diritto di battersi con lui.

Il gruppo si avvia verso il castello, mentre Tea pensa alla doppia personalità di Yugi trovando riscontro nella risposta dell'amico. Seto ferma i ragazzi e obbliga Yugi ad affrontarlo: lo scontro si svolge in cima alla torre, con il dueling disk di Kaiba. Le fasi iniziali del combattimento portano i duellanti ad avere 1 500 punti ciascuno; Kaiba intende fondere i suoi Draghi Bianchi Occhi Blu per dar vita ad una creatura più potente.

Seto utilizza la Polimerizzazione per fondere i tre Occhi Blu e creare il Drago Finale Occhi Blu, con un valore di attacco pari a 4 500 punti. Yugi, intanto, a causa di una trappola tesagli da Seto è costretto a giocare mostri che abbiano al massimo 1 500 punti d'attacco.

Di fronte al mostro più potente dell'avversario, Yugi riesce a creare una difesa imperforabile ed è a un passo dal vincere il duello. Seto minaccia di buttarsi dalla torre in caso di sconfitta: Yami sta per sferrare l'attacco decisivo, ma Yugi lo ferma e Kaiba contrattacca vincendo la sfida.

Sconvolto per aver quasi ucciso Kaiba, Yugi decide di non duellare più. Mai gli offre le stelle necessarie per entrare nel castello (Yugi ne aveva infatti perse 5 contro Seto) e Téa le vince in duello, grazie al ritiro della sua avversaria.

Yugi, Joey, Mai e gli altri entrano nel castello dove assistono alla sfida tra Pegasus e Seto. Il magnate, grazie ai poteri dell'occhio magico, legge la mente di Kaiba e prevede le sue mosse.

Messo sempre più in difficoltà, Kaiba finisce per perdere quando il suo deck viene contagiato (dalla stessa strategia adottata con Yugi) e non ha più carte da giocare. Avendo vinto l'incontro, Pegasus ruba l'anima del suo avversario. Yugi giura vendetta nei suoi confronti, ma dovrà prima vincere il torneo.

Durante la cena, vengono spiegate le regole della fase finale: il sorteggio mette Joey di fronte a Bandit, mentre Yugi dovrà sfidare Mai. Essendo sprovvisto della carta necessaria per partecipare, Bandit ruba quella di Joey (che - non avendola a sua volta - l'aveva ricevuta dall'amico). Nel corso della notte, Tristan e Téa ispezionano l'arena perché convinti che Pegasus abbia barato nella sfida con Seto; insieme a Bakura, raggiungono una torre in cui cercano ulteriori prove. Pegasus li scopre e con l'occhio magico li trasporta nel regno delle ombre: Bakura viene posseduto nuovamente dalla metà malvagia, e con l'anello magico ferma il magnate per poi cancellare il ricordo dalle menti di Tristan e Téa. Al risveglio, Yugi è tormentato dal sogno in cui ha visto suo nonno, Seto e Mokuba implorarlo di salvare le loro anime.

La prima gara è tra Mai e Yugi, che ancora scosso dalla sfida con Kaiba del giorno precedente fatica a duellare al meglio. Pur avendo buone carte nel deck e strategie efficaci in mente, Yugi perde ben presto 1 700 Life Points.

Yugi e lo spirito del Faraone riescono finalmente a conciliarsi, combattendo poi al massimo: Mai si arrende dopo che il ragazzo ha compiuto una potente mossa, permettendogli di accedere alla finale.

Joey deve affrontare Bandit, il quale gli ha rubato la carta per l'accesso. Mai dona al ragazzo la sua, così che possa affrontare l'ex campione. Il deck di Bandit è basato su mostri che riproducono robot e macchine, rendendoli invulnerabili alla magia.

Nonostante gli imbrogli di Bandit, Joey riesce a vincere il duello. L'ex campione minaccia Pegasus (nella versione americana, la scena con la pistola è stata censurata) ma viene scaraventato in mare.

La finale del torneo è tra Yugi e Joey, che lottano al meglio delle proprie possibilità.

L'incontro viene vinto da Yugi, ma questi regala a Joey la carta del premio economico così da ottenere i soldi necessari a far curare Serenity.

Yugi comincia la sfida con Pegasus, il quale promette di liberare le anime rubate in caso di sconfitta: intanto, Bakura (posseduto dallo spirito maligno) e Tristan vanno alla ricerca dei corpi presi in ostaggio. Lo scontro si rivela alquanto duro per Yugi, poiché l'occhio magico fornisce a Pegasus un vantaggio spropositato.

Tristan e Bakura recuperano il corpo di Mokuba, ancora senza anima. Yugi intanto è messo sempre più alle corde da Pegasus, che usa la carta Mondo Animato grazie alla quale ha già sconfitto Seto.

Yugi pesca il Mago Nero e lo protegge con una carta magia, così che il primo attacco di Pegasus vada a vuoto. Usando i poteri del puzzle, il ragazzo scambia la sua mente con quella dell'alter-ego per neutralizzare la telepatia dell'avversario: quando il Mago Nero è costretto ad uscire allo scoperto, Yugi lo difende grazie ad una combinazione di carte che distrugge il Mondo Animato e gli dà un vantaggio in Life Points (900 a 600). Sempre più colpito dal potere del puzzle, Pegasus sposta il duello nel regno delle ombre.

Lo scontro di Yugi e Pegasus prosegue nel regno oscuro, mentre Joey e gli altri non riescono a mantenere il contatto col loro amico.

Con le ultime forze rimaste, Yugi posiziona una carta coperta sul terreno prima di svenire; Joey, Tristan e Téa impediscono a Pegasus di leggere la mente del Faraone, che può così attaccare e vincere l'incontro.

Pegasus è scomparso dall'arena, mentre le anime rubate sono tornate nei rispettivi corpi. Bakura, con i poteri dell'anello, sfida il magnate al gioco delle ombre: ancora indebolito dalla lotta con Yugi, Pegasus viene sconfitto facilmente e il suo occhio viene sottratto. Accedendo alla torre, Yugi e gli altri scoprono il diario di Pegasus dal quale apprendono informazioni sul suo passato: da adolescente si innamorò di Cecilia (il cui ritratto è presente nel castello) e, dopo un lungo fidanzamento, i due stavano per sposarsi. L'improvvisa malattia della ragazza fece saltare i piani, causando in seguito la sua morte. Disperato per la perdita, Pegasus si mise alla ricerca degli oggetti del millennio e durante un viaggio in Egitto ricevette l'occhio magico. Ispirato dalla tecnologia olografica dell'industria di Kaiba, aveva l'obiettivo di riportare in vita l'amata grazie al potere degli oggetti e per questa ragione organizzò il torneo.

Yugi viene ufficialmente proclamato vincitore del torneo e riceve il premio in denaro, che dona a Joey. Di ritorno a casa con il nonno, il ragazzo viene sfidato dalla giovane Rebecca che accusa Solomon di aver rubato il Drago Bianco Occhi Blu. Yugi e Rebecca duellano, ma lo svolgimento dello scontro ricorda al nonno un incontro che lui stesso disputò anni prima.

Solomon scopre che Rebecca è la nipote di Arthur Hawkins, un suo amico di lunga data. Yugi si arrende e lascia la vittoria alla ragazza, esattamente come fece il nonno anni addietro. Arthur raggiunge l'arena e si riconcilia con Solomon, mentre la nipote chiede di perdonare le sue precedenti accuse.

I membri dell'azienda di Kaiba tentano nuovamente di impossessarsi della compagnia, facendo provare a Seto un videogioco e intrappolandolo al suo interno. Mokuba chiede l'aiuto di Yugi e Joey, che entrano nel videogioco assieme al piccolo Kaiba. Nel corso del gioco, i tre sono chiamati a sfidare un duellante che si scopre essere donna.

Durante il duello, Joey scopre che l'avversaria è Mai Valentine la quale si unisce ai tre nel tentativo di salvare Seto. Nel mondo reale, intanto, Téa e Tristan cercano di impedire che i loro amici rimangano intrappolati nel videogioco.

Yugi e gli altri riescono a salvare Seto, facendo poi ritorno nel mondo reale dopo aver sconfitto i nemici.

Accanto al negozio del nonno di Yugi, ne viene aperto uno nuovo il cui proprietario è Duke Devlin. I ragazzi lo incontrano anche a scuola, dove il suo atteggiamento indispettisce Joey che lo sfida a Duel Monsters: Duke accetta, a patto che il duello si combatta con carte nuove (pescate casualmente dai pacchetti) e venga trasmesso in televisione. Lo scontro vede inizialmente Joey in vantaggio, ma Duke riesce poi a vincere: a causa dei patti stabiliti prima del match, Joey è obbligato a vestirsi da cane ed essere umiliato. Per salvarlo, Yugi sfida Duke che propone tuttavia di giocare a Dice Monsters.

La partita ha inizio, con Yugi che pur imparando in fretta le regole del gioco si trova in difficoltà: Duke rivela di aver creato lui stesso il gioco, ma il suo obiettivo è di umiliare Yugi per aver sconfitto Pegasus. Duke spiega infatti che aveva cercato di brevettare il suo gioco proponendolo a Pegasus, il quale si era detto interessato: la vittoria di Yugi nel torneo ha fatto però saltare tutto, in quanto il magnate non ha più dato sue notizie. Duke accusa inoltre l'avversario di aver vinto il torneo barando.

Yugi prosegue lo scontro con Duke, trovandosi in netto svantaggio.

Yugi riesce ad evocare il Mago Nero e vincere la partita, pur essendo la prima volta che partecipa al gioco. Duke stringe amicizia con il gruppo, ricevendo poi la notizia che i soci dell'Industrial Illusions hanno approvato il contratto per la diffusione del Dice Monsters.