Yugi Muto lleva a sus amigos, Joey, Téa y Tristán, a su casa para enseñarles la carta más rara de su abuelo: el "Dragón Blanco de Ojos Azules". Seto Kaiba, que escucha la conversación, intenta comprar la carta, pero el abuelo de Yugi declina su oferta.

Obsesionado con tener la carta de "Dragón Blanco de Ojos Azules", Kaiba reta al abuelo a un Duelo. Cuando su tecnología holográfica demuestra ser demasiado para el abuelo e incluso Kaiba rompe la carta que ganó, ahora es Yugi quien se enfrenta a Kaiba en un duelo para vengar a su abuelo.

Debido a su victoria sobre Seto Kaiba, Yugi obtuvo una gran reputación. Una noche Yugi recibe un paquete de parte del creador del Duelo de Monstruos, Maximillion Pegasus. Inesperadamente, ahora Yugi se ve forzado a jugar un Duelo con él con magia real. Por si fuese poco, Pegasus puede ver todas las cartas y las estrategias de Yugi con El Ojo del Milenio.

Después de lo ocurrido con su abuelo, Yugi recibe una invitación de Pegasus para participar en un torneo en el Reino de los Duelistas, donde los mejores Duelistas se reunirán para competir. Por otro lado Joey, al descubrir el primer premio para el ganador, también decide participar.

Yugi y sus amigos llegan al Reino de los Duelistas para participar en el torneo. Durante la ceremonia de apertura, todos los presentes tienen a Yugi como la persona a vencer, mientras que Pegasus sonríe al ver que este aceptó su invitación.

Buscando su revancha por la destrucción de sus cartas de Exodia, Yugi se enfrenta a Weevil Underwood como su primer adversario. Sin embargo, Weevil, mostrando ser un astuto tramposo, engaña a Yugi atrayéndolo a un Duelo en un campo donde todos sus monstruos de Tipo Insecto reciben un bono de poder de campo, empujando a Yugi a su límite.

Aprovechando la arrogancia y el exceso de confianza de Weevil, Yugi logra aplastar a la mayor parte de sus Insectos. Sin embargo, por desgracia, Weevil ha dejado a su mejor Insecto para el final: su "Capullo Evolutivo", que se vuelve cada vez más fuerte, hasta convertirse en la imparable "Gran Moth".

Aunque varios de los presentes creen que Weevil tiene el Duelo ganado, Yugi no deja de sonreír y prepara una sorpresa con la que borrará la sonrisa de Weevil.

Joey finalmente tendrá su primer Duelo en el torneo, pero su adversario es Mai Valentine, una Duelista profesional que usa a "Dama Arpía" como su monstruo insignia. Sin embargo, aún más peligroso que las "Arpías" de Mai, es su capacidad para predecir cada carta que robará. Joey busca la manera de vencerla, ya que él tiene algo verdaderamente importante por que pelear: su hermana Serenity.

Después de la primera victoria de Joey, el grupo comienza a sentir hambre y en busca de comida se encuentran con Mako Tsunami, uno de los mejores Duelistas del mundo. Tras darles de comer, Mako inmediatamente desafía en un Duelo a Yugi, donde deberá enfrentarlo a él y a sus monstruos marinos.

Cuando Yugi escucha que un Duelista ha sido expulsado del torneo después que su Deck y sus estrellas fueron robadas, él y sus amigos siguen la pista del ladrón, que resulta ser nada menos que Mokuba, el hermano menor de Seto Kaiba, que busca vengar a su hermano.

Yugi y sus amigos discuten con Kemo, quien tiene a Mokuba como prisionero. Para liberar a Mokuba, Yugi ahora debe enfrentarse en un Duelo con un doble de Kaiba, creado a partir de la codicia y el deseo de poder que Yugi había eliminado del alma de Kaiba. Sin embargo, con sus mejores cartas en el fondo del océano, Yugi debe descubrir una nueva estrategia para enfrentar a los "Dragones Blancos de Ojos Azules" del Kaiba falso.

Yugi y sus amigos discuten con Kemo, quien tiene a Mokuba como prisionero. Para liberar a Mokuba, Yugi ahora debe enfrentarse en un Duelo con un doble de Kaiba, creado a partir de la codicia y el deseo de poder que Yugi había eliminado del alma de Kaiba. Sin embargo, con sus mejores cartas en el fondo del océano, Yugi debe descubrir una nueva estrategia para enfrentar a los "Dragones Blancos de Ojos Azules" del Kaiba falso.

Después de ser derrotada por Joey, Mai ya no disfruta los duelos como antes y jura vengarse. Cuando Rex Raptor la desafía a un Duelo, ella acepta pero sólo si derrota a Joey primero. Mai organiza un Duelo entre Joey y Rex, pero si Yugi llegase a ayudarlo de nuevo, Joey será descalificado. ¿Joey tendrá lo que se necesita para ganar su segundo Duelo por su cuenta?

Rex le propone a Joey aumentar la apuesta en el Duelo poniendo sus cartas más raras en juego. Joey Invoca a su "Mago del Tiempo" contra el "Dragón de Ojos Rojos" de Rex. Finalmente, Joey logra derrotar a Rex, ganando sus estrellas y un nuevo monstruo poderoso en su Deck. Más tarde, Yugi y sus amigos se encuentran con Bakura, uno de sus compañeros de la secundaria, y deciden jugar utilizando sus cartas favoritas, pero el espíritu del Anillo Milenario se apodera del cuerpo de Bakura y envía a Yugi y los demás al Reino de las Sombras. Sin embargo, el espíritu del Puzzle de Yugi reta al espíritu maligno a un Duelo para rescatar a sus amigos

Yami Yugi y el espíritu maligno del Anillo Milenario mantienen un Duelo en el Reino de las Sombras, mientras que las almas de Yugi y los demás son usadas en el Duelo como el monstruo favorito de cada uno. Bakura logra interponerse contra el espíritu del Anillo y permite a Yami Yugi derrotarlo y enviar al espíritu al Cementerio

Mai ha perdido todas sus estrellas contra un eliminador de Duelistas al servicio de Pegasus llamado Panik, por lo cual Yugi decide enfrentarlo. Sin embargo, Panik decide que si Yugi pierde perderá algo más que sus estrellas, poniéndolo en peligro

Yugi encuentra la forma de derrotar a Panik y, gracias al poder del Puzzle Milenario, logra eludir sus ataques. Finalmente, Yugi recupera las estrellas de Mai y ambos prometen tener un Duelo honorable más adelante.

Seto Kaiba ha arribado al Reino de los Duelistas con la intención de derrotar a Pegasus y rescatar a su hermano, pero en su camino se encuentra con Yugi y sus amigos. Joey reta a Kaiba a un Duelo y éste acepta, pero no tarda mucho en derrotar a Joey.

Joey se siente mal por su derrota con Seto Kaiba, por lo que anda en busca de su próximo Duelo. Sin embargo, unos tipos lo noquean y lo llevan a una cueva donde Joey deberá tener su Duelo contra Bonz, un chico que usa cartas de Tipo Zombi y que lucha bajo los consejos del campeón inter-continental de Duelo de Monstruos, el Bandido Keith.

Joey tiene problemas en su Duelo contra Bonz, pero Yugi y los demás llegan para brindarle su apoyo, con lo que Joey logra encontrar la forma de derrotar a Bonz. Sin embargo, el Bandido Keith y sus ayudantes bloquean la salida de la cueva con una roca gigante, dejando atrapados a Yugi y sus amigos.

Gracias al Anillo Milenario de Bakura, Yugi y los demás logran salir de la cueva, pero se encuentran con un nuevo obstáculo. Yugi y Joey deben enfrentarse en un Duelo en Equipo contra los Hermanos Paradoja, los cuales son exterminadores de Duelistas al servicio de Pegasus.

El Duelo entre Yugi y Joey contra los Hermanos Paradoja continúa y las cosas lucen poco favorables cuando los hermanos logran Invocar a su monstruo más poderoso, conocido como "Guardián de la Puerta".

Con una gran combinación de sus monstruos más poderosos, Yugi y Joey logran derrotar a los Hermanos Paradoja y consiguen tener diez estrellas cada uno para calificar para las finales del campeonato. Mientras tanto, Seto Kaiba trata de rescatar a su hermano, pero Pegasus captura el alma de Mokuba en una carta y la única forma en que Kaiba puede rescatarlo es derrotando a Pegasus. Para eso, primero deberá derrotar a Yugi. Yugi logra descifrar la última prueba de los Hermanos Paradoja y, con Joey, se dirigen al castillo de Pegasus, pero alguien los espera en la entrada del castillo.

Seto Kaiba le bloquea a Yugi la entrada al castillo y lo reta a luchar en un Duelo en donde el ganador será el único que pueda enfrentar a Pegasus. Yugi no tiene alternativa y comienza una nueva batalla con Kaiba en lo alto del castillo.

Continúa el Duelo entre Yugi y Kaiba. Las cosas lucen poco favorables para Yugi cuando Kaiba evita que pueda usar cartas con más de 1500 ATK, y se complican más cuando Kaiba logra Invocar a "Dragón Blanco Definitivo de Ojos Azules".

Yugi logra encontrar la forma de poder derrotar a Seto Kaiba, pero éste, como último recurso, se para sobre el borde del techo del castillo con el fin de manipular a Yugi para que no haga su último ataque. A pesar de esto, el espíritu del Puzzle ordena al monstruo que ataque. Yugi, a tiempo, le quita el control del Duelo al espíritu y detiene el ataque, dándole la oportunidad a Kaiba de ganar el Duelo.

Yugi ha perdido sus estrellas y la posibilidad de rescatar a su abuelo, pero Mai aparece y le ofrece algunas estrellas extra que ha ganado. Sin embargo, Yugi está muy perturbado tras lo sucedido en el Duelo con Kaiba. Téa decide batirse con Mai, quien le permite ganar las estrellas que le faltan a Yugi para entrar en las finales del torneo.

Seto Kaiba finalmente obtiene su Duelo contra Pegasus para poder rescatar a su hermano Mokuba, pero pronto se da cuenta de que Pegasus no es cualquier Duelista, ya que tiene la habilidad de saber qué cartas tiene Kaiba en su mano.

Kaiba no puede hacer nada contra las habilidades de Pegasus y el poder de su Ojo Milenario, siendo humillado y derrotado en el Duelo. Tras su victoria, Pegasus atrapa el alma de Kaiba en una carta.

Téa, Tristán y Bakura buscan en el castillo de Pegasus una explicación para el hecho de que pueda saber qué cartas tiene su adversario. Sin embargo, son descubiertos por Pegasus, quien, con su poder, los transporta al pasado en el antiguo Egipto, donde batallas entre monstruos tenían lugar. Gracias al poder del Anillo Milenario de Bakura, logran regresar, creyendo que había sido un sueño.

Comienzan las finales del torneo. El primer Duelo es entre Yugi y Mai Valentine. Mai muestra sus habilidades dándole a Yugi el Duelo honorable que le prometió; sin embargo, Yugi está frustrado por lo sucedido en el Duelo con Seto Kaiba y teme que Yami Yugi pueda lastimar a Mai, por lo que lucha contra sí mismo para no permitirle al espíritu del Puzzle interferir en el Duelo.

Mai domina todo el Duelo debido a la inseguridad de Yugi, pero el espíritu del Puzzle le promete no volver a hacer nada con lo que Yugi no esté de acuerdo, por lo que Yugi finalmente lo deja pelear y, gracias a esto, logra derrotar a Mai y pasar a la final.

El Bandido Keith ha robado la carta de clasificación que Yugi le había regalado a Joey, por lo que éste tiene cinco minutos para encontrar su carta o será descalificado. Mai le entrega su carta a Joey, quien finalmente se bate a Duelo contra Keith.

Durante el Duelo, el Bandido Keith hace trampa, pero ni así logra derrotar a Joey, el cual se lleva la victoria y clasifica a la final. Tras su derrota, Keith trata de atacar a Pegasus pero es lanzado al mar.

El Duelo final es entre Yugi y Joey. Ellos prometen dar lo mejor de sí mismos y buscar la forma de salvar a sus seres queridos, comenzando así un Duelo bastante parejo.

El Duelo entre Yugi y Joey continua y ninguno cede, pero, finalmente, Yugi logra derrotar a Joey y gana el torneo. Yugi ha ganado el dinero del torneo y promete dárselo a Joey para la operación de su hermana, pero ahora se prepara para enfrentar a Pegasus.

El Duelo final entre Yugi y Pegasus da inicio. Yugi busca rescatar el alma de su abuelo y de los hermanos Kaiba, mientras que Pegasus planea obtener el Puzzle Milenario de Yugi y atrapar su alma.

Pegasus parece invencible al poder leer la mente de Yugi y saber qué cartas va a utilizar. Esto perturba a Yugi, quien no encuentra la forma de enfrentarse a las cartas "Animadas" de Pegasus.

Yugi encuentra la forma de evitar que Pegasus entre en su mente, la cual es cambiando de mentes con el espíritu del rompecabezas y sustituirse de nuevo cada vez que juegan alguna carta de tal forma que Pegasus no pueda leer sus mentes, debido a que las dos mentes no saben qué carta jugó la otra pero confían en sí mismas para batallar en el Duelo. Tras notar el cambio y su desventaja, Pegasus decide continuar el Duelo en el Reino de las Sombras.

Yugi no soporta realizar el cambio de mentes en el Reino de las Sombras, por lo que deja el Duelo al espíritu del Puzzle, pero antes deja una última carta en juego. El espíritu del Puzzle se ve acorralado una vez mas por el poder de Pegasus de leer su mente, y duda sobre cuando usar la carta que Yugi le dejó.

Gracias el apoyo de sus amigos, que bloquea el poder de Pegasus, el espíritu del Puzzle decide usar la carta que le dejó Yugi e Invocar al legendario "Mago del Caos Negro" para finalmente derrotar a Pegasus.

Yugi ha derrotado a Pegasus y le entrega el dinero del premio a Joey. Mientras tanto, Pegasus libera las almas del abuelo de Yugi y los hermanos Kaiba. Sin embargo, el espíritu maligno del Anillo Milenario de Bakura se apodera del Ojo Milenario de Pegasus. Por otra parte, un hombre misterioso, llamado Shadi, aparece frente a Yugi y entra en su mente con el fin de averiguar quién robó el Ojo, pero solo se encuentra con trampas puestas por el espíritu del Puzzle.

Una niña llamada Rebecca Hawkins acusa a Solomon Moto de haber robado su carta "Dragón Blanco de Ojos Azules", por lo cual lo reta a un Duelo. En nombre su abuelo, Yugi acepta el desafío de Rebecca y comienzan un Duelo que es muy familiar para el señor Moto.

Mientras el Duelo de Rebeca y Yugi continúa, el señor Moto cuenta cómo, hace varios años en una excavación arqueológica en Egipto, quedó atrapado en un derrumbe con su amigo Arthur Hawkins, y, para pasar el tiempo, mantuvieron un Duelo de Monstruos, que era exactamente el mismo Duelo que mantenían Rebecca y Yugi. Luego, tras ser rescatados, Arthur le dio su "Dragón Blanco de Ojos Azules" a Solomon como un símbolo de su amistad. Yugi decide rendirse en el Duelo y Rebecca reclama su carta, pero su abuelo Arthur aparece y le enseña a Rebeca que Yugi en realidad no había sido el perdedor. Yugi le regala su carta "Lazos de Amistad" a Rebecca como un nuevo símbolo de amistad.

Seto Kaiba prueba uno de sus nuevos juegos virtuales llevando su mente a un mundo virtual, pero los socios de su compañía han modificado el programa y Kaiba es raptado en el mundo virtual. Mokuba acude a Yugi por ayuda, quien, junto a Joey y Mokuba, viaja al mundo virtual.

En el mundo virtual, Yugi y los demás se encuentran con Mai y continúan la búsqueda de Seto Kaiba, llegando a un reino en donde la princesa les dice cómo llegar al castillo en donde se encuentra Kaiba.

Mokuba se infiltra en el castillo volador y rescata a su hermano Seto. Mientras tanto, Yugi, Mai y Joey llegan al castillo, pero el programa es modificado y "Dragón de Cinco Cabezas" aparece ante ellos y sólo pueden enfrentarlo con monstruos de Tipo Dragón. Mai, Mokuba y Joey son derrotados por el Dragón, pero Yugi y Seto Kaiba se combinan para derrotarlo.

Una nueva tienda de juegos es abierta por un chico popular entre las chicas llamado Duke Devlin, a quien Joey reta a un Duelo. Duke acepta el Duelo pero con la condición de usar cartas nuevas porque él no tiene una baraja propia. Joey acepta pero inesperadamente es derrotado y se convierte en el perro de Duke. Yugi reta a Duke para salvar a su amigo; Duke acepta, pero el duelo será uno de Dados de Monstruos

Yugi tiene que enfrentarse a Duke en el Duelo de Dados de Monstruos sin conocer bien las reglas, por lo que va siendo dominado en su totalidad por Duke Devlin. Si Duke gana, Yugi deberá dejar de batirse en Duelos.

Poco a poco, Yugi va aprendiendo a perfeccionar su forma de juego en el Duelo de Dados de Monstruos. Duke menciona que fue él quien creó este juego y no puede creer que alguien haya derrotado a Pegasus, por lo que considera que Yugi es un tramposo

Tras mucho esfuerzo, Yugi consigue Invocar a "Mago Oscuro" y logra derrotar a Duke Devlin en su propio juego, liberando a Joey de estar al servicio de Devlin. Duke se disculpa con Yugi y sus amigos por sus acciones, y comprende que Yugi sí derrotó a Pegasus