5 kinderen ontvangen vreemde berichten op hun mobiele telefoon die hen naar een trein leiden die hen naar de 'Digitale Wereld' brengt; een vreemde wereld vol bizarre wezens genaamd 'Digimon'. Deze kinderen zijn daarheen gestuurd om te voorkomen dat een kwaadaardige Digimon genaamd Cherubimon de planeet en al haar bewoners volledig vernietigt. Om dit te bereiken moeten de 5 kinderen hun 'geesten' lokaliseren, die hen zullen laten evolueren tot de legendarische krijger Digimon. Helaas voor hen heeft Cherubimon zijn bedienden de opdracht gegeven om te voorkomen dat de kinderen de missie voltooien; uiteindelijk zullen de kinderen de strijdkrachten van Cherubimon moeten bevechten om de planeet te redden.