在很久以前，獨立於地球之外的數碼寶貝世界由大量的數碼密碼組成，上面生活着人形、獸形兩種數碼獸。遠古時代，人形、獸形數碼獸之間總是發生衝突，數碼世界戰爭不斷。就在戰火紛飛的時候，光明獸以一己之力平息了數碼獸之間的戰爭，成為了數碼世界的統治者。但後來，他逐漸變得專制、獨裁，並開始不斷地虐待身邊的數碼獸，最終十鬥士挺身而出，將他封印在了數碼世界的黑暗區域。封印光明獸之後，古代十鬥士將鬥士之魂交付給數碼寶貝世界的三大天使掌管（熾天使獸、智天使獸、座天使獸），此後，數碼世界在三大天使的統治下得到和平。

被封印在黑暗區域的光明獸並沒有死心，他通過邪氣感染了三大天使中唯一的獸形智天使獸，並借智天使獸之手感染更多數碼獸使他們變得殘暴，在世界各地不斷吞食數碼密碼來傳給自己，以求復活。智天使獸被光明獸所謂“獸形數碼寶貝天生神力，不應該與人型數碼寶貝分享世界”的邪念蠱惑，不但攻擊同伴熾天使獸將其封印，而且對同伴座天使獸出手，將她軟禁了起來。之後，智天使獸將自己擁有的五個鬥士之魂（水、木、鋼、土、暗）變為邪惡鬥士為自己效力，其中暗系鬥士之魂總是找不到契合的數碼獸來容納，最後在一個人類的孩子（木村輝一）身上卻完美融合，智天使獸把他變為暗之鬥士，讓他們為自己收集數碼密碼。

面對數碼世界的災難，座天使獸通過神識向鄰近的人類世界發出了求救信號，一部分接到電話的孩子們進了數碼世界。 [1] 而在這些予以迴應的孩子們中，只有神原拓也、源輝二、冰見友樹、織本泉和柴山純平5位少年得以分別繼承炎、光、冰、風、雷系鬥士之魂。在座天使獸的引導下，五位少年不僅找到了屬於自己的鬥士之魂並進化成十鬥士，還打敗了邪惡鬥士，集合十鬥士的力量打敗了叛亂的智天使獸。打敗智天使獸後，孩子們才意識到毀滅數碼世界的始作俑者是光明獸。為了復活，光明獸利用君主獸、領主騎士獸收集數碼世界的數據。孩子們在一次次的冒險經歷後得以成長，集合了十鬥士的力量打敗了敵人，奪回了數碼世界。