神原拓也，在他弟弟的生日那天，突然接到一个神秘的信息，让他在17点45分到自由之丘车站搭车到涉谷，在车上又收到请在涉谷站搭地下铁的信息。在坐电梯时，拓也见到了一个十分冷酷的男孩。而这时发生了奇怪的事情，电梯竟一直下到很深的地下！电梯打开时，面前是一个车站。拓也上了车后，发现又有3个人在同一辆车上。他们分别是柴山纯平、织本泉和冰见友树。列车到站后，4人已经来到了数码世界。突然，沙路比兽出现到处破坏。突然拓也发现了传说中的炎系斗士精神，并与斗士精神合为一体，用“武装进化”进化成传说中的十斗士代表炎系的火神兽，将沙路比兽打败并将其的黑暗灵魂净化。然而，退化回来的拓也却不知道发生了什么事。

拓也放出打败沙路比兽的数码密码使消失的大地复原，而拓也见到的那个名叫源辉二的冷酷男孩也来到了数码世界。波高兽和问答兽告诉他们数码世界正被基路比兽破坏。纯平想和友树回现实世界，于是用巧克力作诱饵来柏帕古兽回去的方法。却被一大群帕古兽追着要巧克力而掉下一地下迷宫。此时辉二和拓也、小泉也分别进入地下迷宫。辉二见到被帕古兽们缠住的纯平和友树，就上前打败了柏古兽，但其中一只柏古兽却进化成烂泥兽。拓也此时赶到，进化成火神兽与烂泥兽战斗，却突然就变回来了。但这时辉二突然遇到他的代表光系斗士精神，进化成野狼兽，将烂泥兽打败。然后辉二就独自离去了。

纯平和友树决定不回数码世界而和大家一起。拓也又接到信息要去森林终点站。他们在某个地方见到有关十斗士的记号和光明兽的雕刻图样，并听波哥兽说了有关十斗士和光明兽的传说。突然许多蜡烛兽出现，原来这是蜡烛兽的村庄。波哥兽告诉蜡烛兽拓也得到了十斗士之魂，于是蜡烛兽请大家接受招待。没想到这是陷阱，蜡烛兽立即攻击众人。拓也让众人逃走，自己进化反击。然而蜡烛兽不怕火系攻击，火神兽反而被困住。这时友树奋不顾身去救火神兽，突然冰之魂飞了出来，友树立即进化成冰熊兽。但一只蜡烛兽进化成巫师兽，并用分身法迷惑火神兽。冰熊兽提醒火神兽看影子，终于打败了巫师兽。众人又继续上路了。

拓也他们在前进路上遇到岔路，拓也、友树和泉、纯平分别走一边。泉、纯平来到了风景萧条的微风村，见到了辉二，但他又立即离开了。两人遇到花拉兽，得知微风村以前是观光胜地。于是两人打算美化这个村以使其重新回到以前的样子。然而蘑菇兽三兄弟突然出来捣乱，并追打纯平。这时风之魂飞了出来，纯平以为是他的斗士魂而十分高兴，然而这个魂却不是他的而是泉的……泉进化成仙女兽，打败蘑菇兽三兄弟。然而它们却合在一起进化成朽木兽，将仙女兽打退化。这时辉二赶到，进化成野狼兽终于打败了朽木兽。他将黑暗灵魂净化后，蘑菇兽三兄弟变回正常。辉二将数码密码放出，微风村变回原来那样美丽，随后他又离开了。拓也和友树因为路不通而折回来，而纯平为只有他不能进化而沮丧。

众人来到株式会社风工场，打算进去参观一下。工场的主要员工是小古加兽。大家参观完后来到小古加兽的生活区，得知小古加兽们是被迫劳动的。于是大家决定帮小古加兽们脱离这个魔窟。但是纯平因为没有斗士精神可以进化而很伤心。夜里，拓也等三人进化开始行动。仙女兽在门口引诱敌人，火神兽和冰熊兽以及小古加兽们则去破坏中枢部。然而等待大家的是场长螳螂兽和一大堆野人兽。拓也他们被打败。这时纯平终于忍不住冲进工场中枢部。而这时纯平终于发现了属于他的雷之斗士精神，进化成电光兽，打败了螳螂兽。同时中枢部被破坏，小古加兽们自由了。

众人没有钱但是又很饿，于是决定打工。他们见到贝壳滑溜兽，听说村里来了个古洛顿兽，抓走了村子里的女孩来威胁它们说出山里的数码密码。他们跟随贝壳滑溜兽来到它们居住的山，见到辉二，决定联手去救那些女孩。纯平说出大家是传说中的斗士，结果贝壳滑溜兽脸色大变。晚上，当众人醒来时，发现被贝壳滑溜兽绑住，想用五人来交换人质。原来土系古洛顿兽也是传说中的十斗士之一，但是却是属于邪恶的十斗士。澄清事实后，众人进化与古洛顿兽战斗，终于救出人质并打败古洛顿兽。没想到古洛顿兽突然转移进化为巨岩兽，实力大增。它打败众人并吸收了山的数码密码，使整座山消失了。

众人分散了。拓也、辉二和友树来到空中玩具王国，友树对这里的玩具很感兴趣。而拓也和辉二为了对待小孩子的问题而吵起来。这时众人见到熊仔兽，为了不被它缠住来玩而躲开。突然，邪恶熊仔兽出现抓走友树，并用心碎攻击使拓也和辉二觉得很伤心，接机逃走。拓也和辉二追到城堡处，但不慎掉入护城河，幸好一只叫熊猫兽的数码兽救了两人，告诉大家玩具阿古兽被基路比兽变得邪恶。两人进入城堡，默契地打败了众玩具阿古兽，并将它们的邪恶灵魂净化。两人来到城堡顶部，发现原来友树只是跟熊仔兽玩游戏机而已……最后玩具阿古兽带三人离开玩具王国。

众人在草原穿行时见到仙人掌兽——数码兽小学的教师，于是决定去数码兽小学参观。在小学里除了独角兽以外的学生都排斥它。泉因为是意大利回来的所以很寂寞而很同情它。纯平希望帮它交到朋友，反而受到反效果。独角兽不小心掉到河里，泉为了救它也掉到河里，独角兽进化成加布兽救了泉。两人了解到独角兽因为可以进化而被同学所恐惧。这时下起大雨，河水泛滥而有冲走学校的危险。两人进化阻止流水，但是一个同学不小心被冲走，情况危急。这时纯平和泉鼓励独角兽去救它，独角兽终于下定决心进化救下了那位同学。经过这次事件，大家终于接受了独角兽。随后，在两人离开草原的途中，与拓也等三人汇合了。

众人决定在森林里野营，大家找了些肉食苹果来吃。在烤食物时，大家讨论了有关古洛顿兽使用的兽型斗士之魂，得知每个十斗士有两种斗士之魂——人型和兽型。大家在吃东西时，月亮被云遮住时，森林暗了下来，在树干上突然发出光来，放出现实世界的影象，原来这是电视森林，但一会儿又消失了。友树在睡觉时做恶梦，梦到众人欺负他，于是突然攻击众人，并进化成冰熊兽不断追击众人。拓也和辉二在逃走时发现一直躲在暗处观察众人的食梦兽，于是两人进化，由辉二抵挡冰熊兽，拓也攻击食梦兽。拓也被食梦兽的技能困住而做恶梦，但立即醒悟过来并明白冰熊兽也做了同样的梦。拓也立即打败食梦兽并净化了它的黑暗灵魂，友树终于恢复神智。为了道歉，食梦兽帮大家做了个愉快的梦。在大家睡觉时，辉二突然接到有关兽型斗士之魂的信息……

众人醒来发现辉二、波高兽和问答兽不见了，得知他们先走了，于是众人也上路。辉二等见到一只矿石兽，然后发现洞穴兽在矿石兽的村庄破坏。辉二进化与巨岩兽战斗，却被打败。矿石兽救了辉二，辉二更从而得知斗士魂就在附近。此时古洛顿兽遇到拓也等人，进化成巨岩兽打败众人并抢走泉的魂。辉二此时赶到将古洛顿兽引到斗士魂所在处但被打退化。矿石兽保护辉二完成预言，使传说中的光之兽型之魂出现。辉二用兽型魂进化成兽型的银狼兽，然而辉二却完全控制不了兽型魂，但其野性还是使其暂时击退巨岩兽，随后退化了。

古洛顿兽为了打败小朋友们，召唤了高力兽……众人因为意见有分歧，波高兽就带大家去找萨满兽占卜。但是在占卜的途中，古洛顿兽带着高力兽杀到，并困住辉二不让他进化。众人进化迎战，很辛苦地打败高乐兽。但此时古洛顿兽再次进化出击，抢走了友树的魂。就在此时，一只神秘的数码兽突然出现，以压倒性强力打败巨岩兽。原来这是萨满兽被炎之兽型之魂所困而产生的，它请求拓也帮它解脱。于是火神兽打败那只数码兽并且与兽型魂融合而滑行进化成炎龙兽。然而，拓也同样反而被兽型魂控制了而发狂。辉二只好进化成银狼兽与电光兽迎战，到底结果会如何呢……

炎龙兽野性爆发而不断攻击同伴以及到处破坏。友树奋不顾身地上前，对拓也说出自己的心声，终于使拓也平静下来，并成功退化。正当大家在森林中继续前进时，不小心中了古洛顿兽的陷阱，除拓也和友树外其他人都不能动。拓也因为恐惧炎龙兽而只进化成火神兽，但被巨岩兽打败而退化。拓也为了救出被巨岩兽抓住的友树，战胜恐惧进化成炎龙兽，打败巨岩兽。此时巨岩兽现出拥有的四个魂，炎龙兽拿走土的兽型魂和冰的人型魂，正想去拿风的人型魂时，却被古洛顿兽逃走了。虽然孩子们取得了胜利，但是新的敌人也即将出现了……

众人终于来到森林终点站，在神圣天女兽的指引下一直来到了一个城堡处。众人在城堡里遇到冰巫师兽，由它带领到沉睡着的三大天使之一的究极天使兽的房间。此时众人也得知一直指引大家的是另外一个属于三个天使的神圣天女兽。集合了数码扫描器的光，使究极天使兽苏醒。大家在究极天使兽口里得知整个事件的原因。此时，古洛顿兽带着它的同伴，另外的四个恶之斗士的其中三个——钢、水、木闯入。究极天使兽拥有压倒性的力量，但是恶之斗士瞄准众人攻击分散究极天使兽的注意力，最终将究极天使兽打败并吸收了它的数码密码，究极天使兽变成了数码蛋。泉冲过去抢走数码蛋，然后冰巫师兽牺牲自己保护众人离开。怀着悲愤的心情，众人乘火车离开了……

波高兽决定做究极天使兽变成的蛋的妈妈。众人下了火车后，来到了一个封闭的山洞。这时在山洞里的水池里喷出水流打伤纯平和友树，原来那是巨鲸兽。众人让其安静下来，得知它是因为古洛顿兽的破坏而掉到这狭小的水池里所以很难受。此时古洛顿兽和代表木的邪恶斗士圣树兽赶到。古洛顿兽变出很多高力兽来攻击众人。纯平为了保护众人以及拿回泉的魂，与友树一起忍住重伤进化战斗。然而很快被打败而退化，这时圣树兽更进化成兽型花龙兽，战况十分不利。这时巨鲸兽出来帮忙，更带来不小心吞进肚子的雷之兽型魂。纯平立即进化成兽型的雷光兽，将古洛顿兽打败并将它的数码密码扫描，夺去它的人型魂和泉的魂。这时山洞崩塌，幸好巨鲸兽带大家来到了外面的大海。

代表水的邪恶斗士娜娜兽因为还没有找到她的兽型魂而恼怒。众人来到一个只有夏天的小岛。而娜娜兽的影迷俱乐部的会员犀鸟兽发现众小朋友，于是假装开办渡假屋，想趁孩子们在海上的时候偷走他们的数码终端器。然后在他们偷走男孩们准备偷泉的时候，泉还没换衣服，这时泉听到动静，以为有人偷看她。这时大家发现犀鸟兽全部不见了，从而发现数码终端器被拿走了。正在大家追赶犀鸟兽时，娜娜兽突然出现。只有泉没有被偷走数码终端器而进化迎战。在战斗中，娜娜兽突然有感觉，潜入海底找到了自己的兽型魂，进化成极其丑陋的卡玛拉兽。这进化一下使犀鸟兽们丧失对它的喜爱而决定退出俱乐部……幸亏它还未控制好兽型魂而飘走了，众人逃过一劫。但是这时众人才发现犀鸟兽已经跑掉了……

众人发现犀鸟兽向另一个小岛前进。拓也和泉打算去追赶时却被哥玛兽阻止。众人得知那个岛原来是哥玛兽所住的岛，它们一次出去购物时突然出现旋涡使它们无法回去。泉打算帮哥玛兽回到小岛，于是众人造船打算去消除旋涡。然而在旋涡附近大家又碰到娜娜兽。小泉进化迎战却被打进旋涡而退化。而此时泉发现海底里隐藏着她的风之兽型魂，于是泉立即进化成兽型的风神兽。然而娜娜兽进化成卡玛拉兽，向其他人攻击以引开风神兽的注意而见其抓住。众人于是不断说卡玛拉兽坏话使风神兽脱身。卡玛拉兽气急败坏地再次发动猛攻，然而又再次控制不住身体而再次飞走……因为旋涡消失，哥玛兽们又能团聚了。在哥玛兽的指引下，众人向犀鸟兽所去的秋叶市场进发。

众人来到北方的秋叶市场，到处寻找他们的数码终端器。友树来到分子兽的商店，帮它打赢游戏得到奖品。随后友树发现了分子兽店里有众人的数码终端器，但分子兽不相信数码终端器是大家的，只让友树找贵重物品来交换。友树找不到大家，反而碰到犀鸟兽。在被友树追赶的时候，犀鸟兽掉到河里。友树救了犀鸟兽，它们却忘恩负义拿走了原本用数码终端器换来的摄影机。这时圣树兽抢走了犀鸟兽的摄影机，来到分子兽的店里，要用摄影机交换数码扫描器。分子兽从摄影机里看到友树救犀鸟兽的情景，明白友树是诚实的，就把已经放入冰之兽型魂的数码终端器还给了友树。友树立即进化成巴撒兽，在火神兽和野狼兽的帮助下打败花龙兽。此时，神圣天女兽通过数码终端机让众人去玫瑰之明星，众人用泉在吃东西比赛中获得的车票乘火车向更险恶的目标前进！

众人来到一个镇，那里正举办一年一度的运输兽比赛，由一只运输兽配一个搭档比赛。泉听到比赛奖品与汉堡包有关，于是决定众人一起比赛，但是对手是强敌兽人加鲁鲁兽（黑）与疯狗兽的组合。在比赛过程中，兽人加鲁鲁兽（黑）和疯狗兽不断耍奸计，使比赛不能公平举行。众人一一破解它们的奸计，但也一一退出。最终，拓也和它的搭档率先冲过终点，取得胜利。正当泉高兴的时候，才得知奖品是可以受到汉堡村的招待而不是汉堡包……

众人来到汉堡村，得知汉堡店店长被许多变色龙兽抓走，要他们今天晚上做好吃的汉堡包来交换，于是决定帮汉堡兽做汉堡。众人做好后，由波高兽和提问兽来品尝。虽然拓也和辉二说得很好听，但两人做的超难吃。但两人十分不服气，还要继续再做……此时已是晚上，其他三人带着友树做的汉堡包来到外面，因为友树做的汉堡包很好吃，三人被变色龙兽带到一城堡处。三人见到汉堡兽店长，店长吃了友树做的汉堡包，大加赞赏。三人进化救出被抓走的汉堡兽店长的孩子并打败变色龙兽。此时花龙兽出现，三人才得知原来主使是花龙兽，趁三人进化成兽型与花龙兽战斗时，汉堡兽店长把汉堡包加工好给花瓣龙兽吃，使它吃饱而睡着了。汉堡兽一家终于团聚了。

暗黑兽拥有不可思议的战斗力，众人根本没有办法伤到它，只好逃走。拓也认为大家一定能打败暗黑兽，但辉二认为这根本不可能，而应该先逃到安全的地方。拓也想出一起攻击的战略，但被辉二所斥责。辉二和拓也两人来到一个地方单独谈，辉二告诉拓也暗黑兽的实力根本还没发挥出来，但拓也坚信大家一定能打赢。这时暗黑兽杀到，众人只能用拓也的战略迎战。但是无论如何攻击，即使是四只兽型同时攻击，也伤不了暗黑兽，反而被它吸收了攻击力。此时暗黑兽向火神兽攻击，银狼兽奋力抵挡下这击而退化。拓也痛苦地叫出辉二的名字，这时暗黑兽突然举动异常，发出黑暗力量……拓也醒来时，面前是暗之车站。已完全绝望的他坐上了通往现实世界的暗之运输兽……

暗之运输兽到站时，已经是拓也刚开始搭车到数码世界的车站。就在这时，拓也眼前出现暗黑兽的幻象……等拓也乘电梯上到2楼的电车站时，被众人用奇怪的目光看着，才发现自己变成人不像人兽不像兽的样子。拓也来到家外，发现他又回到自己出发去数码世界的一天。这时，他看到屋里的自己收到信息赶去车站。他的意识希望不要发生之前的事而打算阻止他自己。在电车上，他发现一个和辉二很像但不是辉二的少年。到站后，那个少年没能赶上辉二和拓也的电梯而打算下楼梯，却失足摔下楼梯，躺在地下却仍叫着“辉……辉二”。到了车站处了，拓也打算用最后一次机会阻止自己，但此时他却看到了一直和他一起战斗的同伴们都上了电车，挂念同伴的心终于使他改变决定，鼓励他自己上了电车。随后，暗黑兽的幻象再次出现，拓也此时终于找回信心，一拳将幻影打散……接着，暗之运输兽再次出现，拓也毫不犹豫地决定坐上运输兽！——信心十足的火神兽走出运输兽，他回到了数码世界了！

泉、纯平和友树被娜娜兽和银镜兽抓了起来，数码终端机也被夺去。此时身受重伤的辉二发现众人但不敢轻易出战。火神兽从塞皮库兽处得知娜娜兽和银镜兽的去处，立即赶去。娜娜兽准备杀死纯平，迫使辉二出战。但是银镜兽和卡玛拉兽的实力很强，野狼兽被打倒。此时火神兽赶到，并且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的帮助下，火神兽救出众人，并一起以比以前强大几倍的力量打退卡玛拉兽和银镜兽。然而，正当大家为重聚而欢喜的时候，银镜兽又有了更可怕的计划……

众人继续向玫瑰明星前进。然而，突然一阵风吹过，众人被吸到一个古怪的东西里。众人正在观察时纯平突然被从墙山伸出的一只手推到一个类似眼睛的东西处，来到了另外一个空间。突然火山兽出现攻击纯平，而且不断地对纯平说其他人的坏话，想离间他和其他人的感情。纯平奋力打倒火山兽，但是心仍不能平静。此时突然出现了电光兽的影子，说出纯平以前是靠东西来交换朋友的，并弄出其他四人的假象不断说纯平的坏话。纯平不敌电光兽的影子，被打退化。关键时刻，真正的四人闯了进来，给了纯平莫大的信心，他进化成雷光兽，终于打败了自己的影子，通过了这一空间。然而此时大家又被出现的手分别推到了另外五个空间里。

原来把众人困住的是钢斗士的兽型十数兽。友树突然遭到神秘数码兽的攻击，但突然又有一神秘的全身被包住的叫做阿修罗兽的数码兽出现，救下友树，并称是他的朋友。与此同时，辉二遭到可以解读思想的天狗兽攻击，并说出他很害怕拥有朋友的事。但辉二还是以速度制胜将其打倒。另一方面，友树被阿修罗兽所逼迫时，想起哥哥斥责他的话，明白阿修罗兽帮助他其实是为了自己。这时阿修罗兽现出原形，原来它正是一开始攻击他的数码兽。友树终于明白哥哥以前总说他很任性，会交不到朋友的话是关心他而不是气他。友树进化打倒阿修罗兽，带着对哥哥的重新认识，从魔弹兽的身体里出来了。

魔弹兽共有十个空间，分别代表十种属性。泉在所在的空间里被娜娜兽影迷俱乐部的蜜蜂兽们盯住，打算抓住她。谁知道每一次的陷阱都反而把自己困住而要仙女兽来救。另一方面，拓也打败鹦鹉兽通过了一个空间，而且纯平也打败了祖利兽而逃出了塞菲罗托兽。娜娜兽命令蜜蜂兽给泉吃幻象苹果，泉吃下后眼前出现幻影，看见丑陋的自己，想起以前一次郊游中，认识了一个朋友，本来约好晚上一起吃饭，却因为那个学生的同学排斥她而使那个学生无奈地失约，泉为此十分地恨那个学生。娜娜兽说泉的坏话，但泉反而被激起渴望变强的意志，进化与娜娜兽决斗。本来蜜蜂兽为卡玛拉兽加油，但是风神兽在占下风时仍坚持不懈的意志感动了蜜蜂兽使它们决定转为泉的影迷。泉于是努力将卡玛拉兽打倒并将它的两个魂都拿走，然后也离开了十数兽的身体。现在只剩下四个空间和辉二、拓也两人了……

纯平、泉和友树想再进入魔弹兽帮助辉二和拓也，却无法突破保护罩。而此时暗黑兽突然出现，突破防护罩进入辉二所在的区域。泉立即联络拓也，告诉他有关十数兽以及黄昏兽的事。暗黑兽抓住辉二读他的记忆，得知辉二的生母已死，他爸爸再娶一妻。但辉二仍想念生母而不愿叫继母妈妈。辉二来数码世界那天是爸爸和继母结婚三周年纪念日，辉二于是去买花送给继母并打算叫她妈妈。暗黑兽得知这些后突然觉得很痛苦，辉二立即进化与它战斗。然而由于实力相差太远，辉二很快就倒在暗黑兽的剑下。拓也通过了冰区域的试炼，本可以离开魔弹兽，却因为担心辉二而放弃离开。就在暗黑兽准备杀死辉二时，究极天使兽的蛋突然发出光芒笼罩住辉二。辉二感受到人型魂和兽型魂的力量合而为一，双魂进化成战狼兽，与暗黑兽展开激烈的战斗。然而在战斗中，辉二见到了暗黑兽的姿态里出现了一个跟自己长得很像的男孩的影子。这时由于势均力敌，就在火神兽赶到的瞬间，战狼兽和暗黑兽同时离开了魔弹兽的身体。

火神兽来到第九个区域，惊异地发现银镜兽竟然可以和魔弹兽同时存在。银镜兽利用环境的优势，使火神兽虽然竭尽全力却无法伤它。银镜兽想将这次战斗当成它事先所设想的戏剧，于是进入“光之区域”，并释放了先前被它吸收的究极天使兽的资料，与之融合成与究极天使兽模样相似的“黑究极天使兽”。即使是炎龙兽也被轻易地打败。纯平等三人看不下去想帮助拓也，进化为数码兽，想要进入光之区域。但黑究极天使兽的魔爪已经抓住了拓也的头……此时究极天使兽的蛋再次发出金光，使拓也双魂进化成火龙兽，打败并且扫描了黑究极天使兽，终于夺回了究极天使兽的数据。银镜兽逃去了“钢之区域”。而此时，究极天使兽的数据突然从武装暴龙机里放出到蛋里。火龙兽追踪银镜兽到钢之区域，使用自身“火”的能力融化所有的金属，并一拳粉碎了银镜兽的身躯将其扫描，随后也离开了魔弹兽的身体。而此时究极天使兽的蛋也终于生出了巴达兽！

正当拓也等人准备出发找辉二时，十数兽突然动了起来。原来钢斗士将众人吸进身体里的真正目的是为了通过战斗读取众兽的招式的资料。现在，十数兽不但可以任意使用十斗士的招式，当受到他们的招式攻击时，还能使其无效并加倍反弹。大家在毫无胜算的情况下，只好逃走，却逃到一个黑暗的封闭的洞穴。在十数兽的言语挑拨下，开始自乱阵脚，并内讧起来。危急时刻，火龙兽大声告诉大家他们拥有数码兽的能力，而且拥有团结的力量。大家找回信心，将必杀技合并起来成为新的招式，终于打破十数兽完美的防御。火龙兽击中魔弹兽的心脏部位并将其扫描。现在恶之五斗士只剩下暗黑兽一个。

战狼兽不断追赶暗黑兽，并与之展开激烈的战斗。此时拓也等人在巴达兽的指引下去寻找辉二，却被前方飞来的类似钢条的东西困住，即使进化一起攻击居然都无法使其粉碎。而此时，一个黑影正在注视着光与暗的决斗。突然，暗黑兽占了上风，正当它准备杀掉战狼兽时，突然犹豫了一下，反而被制住。此时黑影突然出手攻击战狼兽，原来它就是基路比兽！它让暗黑兽回想刚来数码世界时的情景，使其内心再次充满黑暗，进化成黑鹰兽。此时拓也等在巴达兽的提示下挖地道逃出了困狱，感受到了黑鹰兽的鸣叫声的恐怖。黑鹰兽的实力更加厉害，恐怖的招式差点使辉二丧命。正当它准备杀掉辉二时，辉二的终端器里突然射出光，神圣天女兽的声音让黑鹰兽想想它生活在人类世界的事。这使它再次变得痛苦并离开了。“难道它是人类？”辉二的疑惑即将解开了！

众人找到辉二，正准备前去玫瑰明星，辉二却因为要解开心中的疑惑而又离开了。拓也只好去追他，让其他三人留在这里。纯平非常不满这种做法，于是和泉与友树一起去搜集情报。三人来到一个很恐怖的地方，看到一辆破烂不堪倒在地上的运输兽，得知这里是运输兽的墓地。为了从它口里得到有关蔷薇明星的情报，三人尽量满足它的无理要求。当三人终于受不了而决定不管时，运输兽说出非常感激对它这么好的三人，使三人非常感动。最后，运输兽全身都开始松落，正当大家为它的死而感到难过时，却惊异地发现它只是蜕掉了外壳，等于得到了新生……为了报答三人，运输兽决定帮助他们去玫瑰之明星，并告诉他们恶之斗士曾经让它帮忙将神圣天女兽运送到玫瑰之明星外的城堡里去……

暗黑兽想起辉二就是自己的弟弟，于是质问基路比兽。基路比兽让他去憎恨辉二，再次使其心里充满黑暗力量。在巴达兽指引下，波高兽和提问兽与拓也会合并跟着巴达兽去找辉二。此时辉二遭到黑鹰兽的突袭。黑鹰兽又变回暗黑兽，告诉辉二他就是辉二的双胞胎哥哥木村辉一，而后更将战狼兽打退化并再次进化成黑鹰兽打算致辉二于死地。拓也及时赶到救下辉二并听到这个惊异的真相。他鼓励辉二去拯救辉一，但辉二无法与辉一战斗。拓也只好一人与黑鹰兽战斗，但处于下风。看到努力的火龙兽，辉二终于下定决心进化成战狼兽，与火龙兽同心协心打败黑鹰兽并将两个暗之魂扫描。这时拓也发现，辉一就是他在回到现实世界时看到的那个人……

辉二从辉一的口中知道了他是在临死的奶奶口中得知辉二，还知道了生母的工作很辛苦。还有就是辉一是从楼梯上摔下后醒来就到了数码世界，而不是坐地下的运输兽来的。众人会合后坐运输兽前往玫瑰明星外的城堡。但因为事情的真相很令人惊讶，气氛很沉闷。于是拓也等人就向辉二说出自己对于兄弟姐妹的感受，而巴达兽也去安慰辉一。此时，基路比兽突然出现攻击众人。即使火龙兽与战狼兽的必杀技也对它不起任何作用！基路比兽然后使出“天堂裁决”将全部人打退化。它告诉辉一他心里的黑暗面很强，希望他能再次回到它手下，但辉一坚决地拒绝了它。危急时刻，辉一的数码终端器出现，暗之魂的形态更变化了。辉一进化成黑狮兽，以极有力的招式攻击基路比兽。没有等基路比兽有喘气的机会，黑狮兽进化成凯撒狮子兽，以凌厉的连续攻击打败了基路比兽。然而数码密码并没有出现，原来那只是基路比兽的分身而已。为了解救神圣天女兽，众人继续向玫瑰明星外的城堡进发。

众人来到城堡入口处，遭到死神兽的攻击。除了黑狮兽外的其他兽被斗篷收入了水晶球。危急关头，黑狮兽靠敏锐的觉察力打破了水晶球并扫描了死神兽。众人继续前进，来到了一个有着许多漂浮资料的房间。突然那些资料里出现黑影并向众人伸出黑爪。突然出现了铃铛的声音，黑爪就不动了。山羊兽出现并带众人来到囚禁神圣天女兽的地方。神圣天女兽向大家详细地说明了造成数码世界的危机的经过。此时基路比兽出现并说出它的真正目的：夺取十斗士之魂并与它收集的大量资料融合来支配数码世界！

基路比兽打算回收所有的十斗士之魂，火龙兽与战狼兽将其带到城外战斗，让其他兽想办法救出神圣天女兽。城外，火龙兽与战狼兽的实力远低于基路比兽，被打退化并夺去了数码终端器。而纯平想出打碎反射光的墙壁的办法来消除光之牢笼。就在他们快要救出神圣天女兽时，基路比兽返回并将纯平、友树和辉一的数码终端器夺走。正当它准备夺走泉的终端器时，神圣天女兽冲出来挡住了攻击。神圣天女兽尝试净化基路比兽但失败了，只好利用基路比兽对她的爱拿回数码终端器，交给孩子们。净化智天使兽失败，为了保护数码世界，无奈只可以消灭他，但是智天使兽意外强大，座天使兽败北。然后，神圣天女兽用最后的力量，牺牲自己使拓也和辉二的数码终端器升级，并提示他们要将十斗士之魂融合起来。众人将各自拥有的斗士之魂给拓也和辉二，五种属性的斗士之魂合五为一，终于成功使拓也和辉二超魂进化成凯撒暴龙兽和玛格纳加鲁鲁兽！

凯撒暴龙兽和玛格纳加鲁鲁兽经过奋战打退了基路比兽，但同时城堡也塌了。辉一不小心从城堡上掉下去，幸好玛格纳加鲁鲁兽及时救了他。在退化后，泉等人的魂又回到了各自的数码终端器里。在泉的鼓励下，辉一打算向辉二道谢。但此时突然从地下冒出冰柱攻击众人。原来是从地下监狱逃脱的冰恶魔兽，是个比基路比兽更难对付的恐怖数码兽。它封住了拓也和辉二的数码终端器，使他们不能进化。而仙女兽等的实力与其相差甚远。冰恶魔兽更不断地折磨众人，最终惹恼了凯撒狮子兽。在他的奋力攻击下，拓也和辉二脱困，巴撒兽救出了风神兽和雷光兽，集合四兽的力量终于打败了冰恶魔兽。此时，在上空出现了基路比兽真正的所在之处。

拓也和辉二来到上空与基路比兽决战。打斗十分激烈，但由于拓也和辉二的配合非常默契，基路比兽正中炎龙击。正当两人以为打败了基路比兽时，却惊异地见到基路比兽拥有自我复原能力。而基路比兽使用搜集来的数码世界的资料使实力大增，凯撒暴龙兽和玛格纳加鲁鲁兽被打得无还手之力。后来，玛格纳加鲁鲁兽发现了基路比兽藏在额头里的资料是打败它的关键，于是利用自己的身体当作盾牌挡住基路比兽的攻击，让凯撒暴龙兽去接近基路比兽……玛格纳加鲁鲁兽倒下了：“去吧，拓也！”愤怒的拓也将斗志燃烧成火焰，一击命中基路比兽的额头，并将其扫描了。然而正当大家欢庆胜利时，真正的阴谋才开始露角……

大家正在高兴时辉二察觉到消失的大地并没有因为基路比兽被打倒而复原，此时远处的山更被扫描了！大家赶过去后，发现一只叫巴罗兽的数码兽。大家进化后他得知众人是继承十斗士魂的孩子们，于是带大家参观数码世界的历史。众人进一步了解到古代十斗士将光明兽封印的历史并得知了从头到尾都是光明兽在捣鬼，使基路比兽变邪恶到处吸取资料，并夺走了基路比兽被击败后放出的资料以求解开封印而复活。此时该地区的资料也受到了威胁。原来光明兽派出了手下的皇家骑士-君主兽和领主骑士兽到处吸收资料。为了保护数码世界，众人进化与皇家骑士战斗。但是君主兽和骑士领主兽出乎预料的强大，连凯撒暴龙兽和玛格纳加鲁鲁兽都不是他们的对手。在君主兽和骑士领主兽的攻击即将击中孩子们时巴罗兽挺身保护孩子们承受了攻击而被杀死。而皇家骑士并不罢手，君主兽用极恐怖的必杀技将众人打飞到了月球。

辉一醒来后发现大家来到了一个神秘的地方，并为自己没有任何伤而疑惑。众人见到了一些数码兽，得知受到皇家骑士的攻击，大家被空间扭曲带到了数码世界的三个月亮的其中一个。在月亮见到数码世界的资料不断减少，大家都很着急。大家想了许多方法回去，却被围绕“地球”的一条电磁场阻止。后来，听汉堡兽说以前他们的同类移居到“地球”时是在另外两个月亮重叠后的瞬间顺着电磁场做到的。于是大家找到一个火箭，制作了一个巨大弹弓，在准确的时刻弹向地球。没想到在通过电磁场后，却撞上了小行星群，失去动力而漂浮在太空中。幸好这时火箭落到一条铁轨上，在运输兽的帮助下回到了“地球”。

大家来到了钢之区域，却突遭射手兽的攻击。此时众人眼前突然出现另外四个孩子。那四个孩子指挥天使兽打跑了人马兽。战后，友树发现其中两个孩子就是常欺负他的铁平和胜春。大家跟他们交谈后，得知当时有许多孩子来到数码世界，但只有拓也等6人继承了十斗士之魂，神圣天女兽就让其他人在森林车站回数码世界。但这4个孩子不想回去，神圣天女兽只好让天使兽保护他们的安全。四人不但不听拓也等人让他们回去的劝告，还劝拓也等人回去。此时射手兽带了大批人马兽来复仇，天使兽以一敌众，没有占优势。而此时另外一些人马兽则攻击铁平等人，友树奋力救下铁平，并与拓也等人一起进化打败敌人。铁平和胜春明白到只有友树等人才能可以守护数码世界，便决定回现实世界。然而此时皇家骑士突然出现，杀死天使兽并抓走了胜春等4人以及友树……

皇家骑士将5人带到豆之树村，想逼他们说出“钥匙”的位置。众人见到被关起来的豆豆兽和豆豆兽长老。友树得知圣春等人曾经来过这里，豆豆兽们用仅存的豆来招待他们。为了报答，四人就在离开前在村里种下了种子，没想到今天长出了高耸入云的豆之树，并锁住了这块土地的数据。所以皇家骑士要找到钥匙来夺取资料。骑士领主兽用扫描胜春的资料来威胁豆豆兽们，而拓也等人及时坐运输兽赶到，并进化与皇家骑士战斗。经过激烈的战斗，拓也和辉二再次败在皇家骑士手下，豆兽长老只好说出钥匙的位置。这块土地也被皇家骑士吸收了。胜春等四人离开了数码世界。

众人来到创始村，见到了许多数码蛋以及守护数码蛋的天鹅兽，并帮助天鹅兽照顾婴儿。众人得知原来负责运送婴儿的运输兽们都躲起来了，就去劝说他们再次帮忙，遭到拒绝后大家返回创始村，却发现皇家骑士已经来到村里，并打伤了天鹅兽。为保护数码蛋，拓也和辉二进化拖延时间让大家运走数码蛋，凯撒暴龙兽和铠甲加鲁鲁兽为了防止攻击时伤害到数码蛋而没有还手，过了一会儿两人就退化倒下了。此时，婴儿数码兽为保护拓也和辉二喷出无数泡沫来阻挡皇家骑士，使运输兽十分感动而决定立即运走数码蛋。此时奇迹出现，另外曾经的四位邪恶斗士的数码蛋飞往和皇家骑士战斗的场地，使用斗士之魂进化了十斗士，孩子们也进化，集合十斗士的力量攻击皇家骑士。皇家骑士见势不秒，立即扫描了创始村资料并撤退了，而四个斗士也消失了。虽然没能保护到创始村的资料，但以前的敌人复活并帮助我方守护了数码蛋，也使孩子们非常高兴。

众人赶到火焰村，目睹旁边的森林被扫描而愤怒不已。在听了数码兽们的指责后，拓也等人决心一定要守护这个村。不久，两只丧尸撒旦兽来到这里打算扫描火焰村，拓也和辉二进化打败它们。但没想到又出现了一只丧尸撒旦兽，敌人靠三打二占据了优势并得知了资料的位置。该村的居民数码兽终于忍不住而团结起来攻击丧尸撒旦兽，保护了资料，拓也和辉二趁机奋力全歼丧尸撒旦兽。正当大家高兴时，骑士领主兽突然出现并夺走了火焰村的资料。

众人及时赶到救下被皇家骑士的手下骑士兽攻击的矿石兽，但该地区的资料还是被领主骑士兽吸收。听皇家骑士说还有三个区域——森林之国、冰雪之国和光明之国，众人于是立即赶往森林之国。矿石兽非要跟着去，要帮助大家。辉二了解它的性格，于是答应带他们去。在森林之国，皇家骑士带着大批骑士兽进攻究极天使兽的宫殿，但是却突破不了防护罩，于是皇家骑士去找其他突破口，留下骑士兽看守宫殿入口。众人也兵分两路，由辉二和矿石兽对付骑士兽，拓也等人去追皇家骑士。拓也等人突然听到召唤，进入了宫殿，发现了该区域的资料。此时防护罩被突破，而拓也等人则发现是已死的冰巫师兽召唤他们并保护他们。另一方面，骑士兽可以使自己破碎的身体重新组合，使马格纳伽鲁鲁兽和矿石兽陷入苦战，而骑士领主兽更返回并压倒马格纳伽鲁鲁兽。矿石兽为自己无法帮忙而自责，进化成完全体陨石兽来帮忙，但还是被骑士领主兽打退化。另一方面，凯撒暴龙兽与君主兽战斗。双方不分胜负，凯撒暴龙兽不慎被君主兽夺走数据，于是皇家骑士撤退。矿石兽为了不成为累赘，决定离开众人的队伍。

众人先行到达包括秋叶市场的冰雪之国作战斗准备并送走这里的数码兽。但塞皮库兽从它的回力镖发现有许多数码兽在皇家骑士前来的路上阻挡它们。于是拓也和辉二立即进化冲去战场，而其他人则在做好的雪球发射器准备好援护拓也和辉二。实力相当强劲的数码兽们都完全不是皇家骑士的对手，纷纷被打败。拓也和辉二在众人的援护下跟皇家骑士展开激战。战斗中众人不慎遭到攻击，辉一再次为只有自己没受伤而疑惑，骑士领主兽就说他只有灵魂没有肉体。此时，凯撒暴龙兽在与君主兽的战斗中占上风，骑士领主兽只好前去帮忙。就在拓也和辉二就快打败皇家骑士时，君主兽把打散的资料重组好，吸收了数据并与骑士领主兽撤退。

众人来到最后的区域——神圣天女兽的宫殿，并见到守护该宫殿的尼菲迪兽。宫殿里有无数的藏书，为了在皇家骑士之前找到钥匙，大家分头去翻书，度过了最后一个安宁的晚上，而辉二发现辉一总是精神恍惚的样子……到了第二天，众人仍一无所获，而皇家骑士也在此时赶到，并说出尼菲迪兽就是钥匙。拓也和辉二进化与皇家骑士死斗，不分胜负。正在打得最激烈时，光明兽突然使用技能使拓也和辉二倒下，而皇家骑士也成功吸收了最后一块区域的资料。光明兽复活了，数码世界被毁灭了！？当光明兽出现在大家面前时，大家都很吃惊。光明兽竟然是一个少年般的天使。光明兽要对众人赶尽杀绝，幸好运输兽及时出现将众人送到了月亮。

大家来到了金黄色的月亮上，为数码世界的完全消灭而沮丧。这时，大家发现原来运输兽们把数码蛋运到了月球上，并且另外两个三大天使也重生了。于是大家再次振作起来决心打败光明兽夺回数码世界。这时，光明兽以杀死孩子们作为赐给通往人类世界的钥匙的最后条件，让皇家骑士到月球上去。凯撒暴龙兽与玛格纳加鲁鲁兽与皇家骑士进行决战，终于打败了皇家骑士。正当两兽准备扫描皇家骑士时，光明兽出现并扫描了皇家骑士，并且进化成为堕落形态。在堕落形态极为恐怖的攻击下，拓也和辉二被轻易打败，三个月球也随之毁灭。

众人在三大天使的成长期的帮助下又集结起来，并商量“光和暗合而为一”的事。此时，他们发现从已毁灭的数码世界处铺出一条通路，而通路的尽头处就是现实世界！为了阻止光明兽到现实世界，大家决定做最后的死斗！但是，光明兽堕落形态的实力惊人的强大，没多久除了辉一外其他人都被打退化了。正当光明兽准备对众人痛下杀手时辉一奋力救出众人，自己却陷入光明兽恐怖的攻击中。辉一指出能使光和暗合而为一的不是光明兽后被攻击打得只剩下灵魂了……他将暗之魂交给辉二对众人表示了感谢，最后，说出自己其实已经死了……光明兽吸收了辉一的资料，愤怒的拓也和辉二将所有的魂都集合起来，“古代魂进化”成为两人合为一体，集合十斗士的魂的力量的须佐之男兽！

光明兽堕落形态（以下简称“光堕”）吸收了辉一的资料，愤怒的拓也和辉二将所有的魂都集合起来，进行了“古代魂进化”两人成功的合为一体，进化为了须佐之男兽！须佐之男兽向光堕发起挑战，但对手真的很强，须佐之男兽处于下风。不过后来拓也和辉二发挥了斗士之魂的真正力量，破解了光堕的招式，以“天羽羽斩”将光堕打败，并扫描了光堕神圣部分的数据。奇怪的是，居然出现了两个数码蛋，白的那颗漂走后粉碎，黑的那颗（光明兽邪恶部分的数据。）突然巨大化并变成了可怕的光明兽撒旦形态（以下简称“光撒”）！光撒立即进入通往人类世界的道路，并且不断向人类世界发出恐吓的信息。众人进化尾随，发现他们到了涉谷的地下机车兽车站。众人为了保护自己的世界和数码世界，用尽全力攻击，却一点效果也没有，反而被光撒一回头喷出火焰而打中......

众人被打回地下车站并退化。拓也打算再进化，被辉二阻止。拓也为自己的力量微弱而难过，此时奇迹出现了，火神兽的灵魂出现在拓也身后，并帮其将眼前的电梯推倒，然后告诉拓也这就是“我们的力量”。此时，全部的十斗士也出现在大家眼前，三大天使的灵魂也出现，现身请众人帮忙打倒光撒。于是所有人和十斗士一起“古代魂进化”成须佐之男兽，将刚冲入现实世界的光撒拉了回去。此时，须佐之男兽发现了光撒手里拿着的黑色球体，于是上前攻击，发现里面是光明兽幼虫形态（以下简称“光幼”）在操控光撒。这时，光撒对须佐之男兽展开最强劲的攻击。须佐之男兽拼命冲进黑色球状体里，一拳击中光幼，使黑色球状体粉碎，光撒因为没有了光幼，所以开始暴走了，须佐之男兽使用“八雷神”成功的镇住了光撒，并且使用“天羽斩”终于打败了光撒。但是并没有就此结束，就在此时光幼冲向须佐之男兽，须佐之男兽幻化为十斗士。打败了光幼。众人的数码终端器里放出资料，使数码世界完全复原了。此时通道即将关闭，所以大家只好告别十斗士和数码世界了。回到数码世界，众人想起辉一，立即赶往医院。在辉二的呼喊和他拥有神圣天女兽爱之力量的眼泪下，辉一奇迹般地苏醒了过来。拓也过了个开心的生日会，友树、纯平和泉交到了朋友，辉二叫了后妈“妈妈”，还和辉一去见了生母。经过了这次冒险，大家都懂得了许多东西。