宋慈於母死後出生，被村民視為不祥人的「棺材仔」，慈有查小燦和薛丹兩位好友，燦資質蠢鈍時常受米舖老闆宋誠夫婦欺負，又常受惡妻宋玲奚落，而丹則屢次於科舉中名落孫山。慈受盡村民的欺凌，心有不甘因而和村長發生衝突，互相打鬥後村長突然死亡，根據線索認為是慈和小偷唐思所害，二人被判死刑，此時慈受到雷電擊中死亡被移到義莊，義莊負責人馬貴發覺慈仍然生存，並透露村長是中毒死的，時貴突然病發，慈救他一命，貴遂決定收留慈，此時村長夫人來欲取走村長屍體。

丹及燦拜祭慈時發現他未死，欣喜若狂，貴續驗出村長患了破傷風而死。丹向新任知縣大人宋翊告狀，而翊和捕頭聶人龍覺得丹和燦可疑，便跟蹤二人來到義莊。翊和龍信慈無辜，遂接納慈意見準備開棺再驗屍，翊更向思說會為她翻案。慈扮鬼嚇夫人，過程中差點被龍的女兒聶楓破壞。村長夫人終答應開棺驗屍，卻被楓無意揭發慈扮鬼嚇人，村民大力反對，翊一意孤行，但屍體已化成骨，故不能驗屍，慈和思擇日處死。楓知害了慈，特送上最後晚餐，慈吃後雙唇腫脹，貴見狀說若將村長駭骨蒸煮，可為慈翻案。

慈覺思舉目無親，死後非常可憐，決定二人結成夫妻。二人處斬一刻，村長夫人終同意開棺驗屍，二人沉冤得雪。慈失掉打更工作，閒來無事便到義莊幫手，由於慈驗屍有天分，所以貴很有心機教他。慈和思互相協議，把在監牢中結為夫妻一事守秘密。思被貴利追債，走投無路，偷了玲銀兩，被燦追捕。誠被選為村長，而翊証明慈為宋家後人，可分配土地及聘請做仵作，慈多謝貴的栽培，決定拜他為師。燦誤把思當作失散多年的妹，思乘機投靠燦。慈與老仵作驗屍，老仵作指死者吊頸自殺並無可疑，慈不認同。

思和玲不和，但表面上非常融洽，令燦非常安慰，一日慈遇上思被債主追債，思把責任推到慈身上。慈為救思不惜用自己所分得的土地替她還債，村中首富藍濤有女藍彩蝶，美貌出眾但驕橫拔扈，慈被她美色吸引。楓一直向龍隱瞞被革職一事，翊知道後便幫她，令楓非常感激。慈因為阻止了一場鼠疫發生，受到村民愛戴。玲想要孩子便求助生神仙指點，卻處處受到思破壞。蝶誤會慈是同性戀，便和表妹君打賭，可以令慈向她提親。蝶不惜表現對慈有意，令慈以為蝶對自己真的有意，當知道蝶不喜歡自己做仵作，便向翊辭職，思阻止慈亦不理會，提親當日，蝶當眾拒絕慈，令慈非常傷心。

燦感嘆查家沒有一個讀書人，便強逼思讀書，思無心向學，翊令思反醒明白燦的用心，思決定努力讀書。翊在家中發現賊人，原來他才是真正的翊。假翊原名方俊，因家道中落，遇上回鄉途中跌落山崖而貌似自己的翊，俊以為翊已跌死便頂替他，但翊大難不死，兩人互相爭執，俊殺了翊並埋屍於天井。丹因心理作用屢考取舉試不成，在大家鼓勵下決定模擬考試一次，丹頭頭是道，不過考試當日丹仍功虧一簣。玲覺得思阻手阻腳，於是慫恿燦為思早日找個歸宿，燦認為慈最適合。

思暫把白兔寄居於慈家，當燦來提親時，慈以為講兔便答應。慈追查藍家一案，發覺下人福有可疑，可惜已被人先下手為強殺了，慈不服再到藍家調查。慈幸得楓誤撞到福家，才免於受幪面人所殺，蝶恃勢凌人欺負廟祝一家，並打傷小孩，翊忍無可忍，便把蝶收監。思因翊教他讀書而對他產生愛意，思卻被慈取笑。有村民被老虎咬死，大家提高警覺，剛巧酒莊老闆江志揚出外辦事，其妻貞甚為擔心，龍遂趕去拯救他並把老虎刺死。慈對老虎驗屍，發覺牠死於內臟碎裂。

慈等人重組案情時，懷疑揚懂武功，可能和藍家連串命案有關，便集中調查揚及貞，但發覺他們毫無破綻，楓遂想出方法令揚落入陷阱，無所遁形，當龍和楓全力追捕他時，發覺所拘捕的人竟是貞。揚易容逃離村鎮，貞知揚成功逃脫非常安慰，楓雖屢勸而貞都不為所動，楊千方百計越獄救貞，目的是向貞取回贖金，貞失望。揚終被楓所殺，貞得到楓等人代為求情，免受牢獄之苦。七巧節當日，思經悉心打扮，令慈也動心。一女死者被人姦殺，慈替她驗屍時發覺她口含漿糊。翊告訴思以後沒有時間教她念書，思失望，慈目賭一切。

思欲向翊示愛，但當知翊和楓情投意合，非常失落，慈以為翊當面拒絕思便責怪他。村鎮接二連三發生姦殺案，令人心惶惶，疑匪終發現，卻原來是貴。強姦殺手所留下的罪証和貴非常吻合，當翊判貴死刑時，貴終說出自己不能人道，才無罪釋放，卻遭村民非議。慈在屍體中發現兇手應有六隻手指，根據線索最可疑的是村民程富，但他卻視妻如虎，龍認為他沒有可疑。思抱打不平令富覺得如妻一樣可惡，富現出殺機，幸得龍及楓及時阻止才幸免於難，楓及思成為好友。

慈關心思，思卻毫不領情。誠兩夫妻再開米舖，說服了燦再回來幫手。蝶失足跌落池中，翊勇救她令蝶對翊產生愛意。一日朝中重宦蔡公公路經村鎮，認出貴便是同伴小慶子，貴千方百計避開蔡的搜查，慈覺可疑便追問，貴只好向慈和翊講出蔡的罪行，為了逃避蔡的殺害，只好隱居小鎮，慈鼓勵貴報官但被翊阻止，而貴亦想息事寧人。蔡權傾朝野，濤乘機籠絡蔡，翊亦想藉此扶搖直上，知蝶對己有意，便投其所好。一群小孩在林中玩耍，發現貴上吊自殺身亡，慈深信貴並非死於自殺。

慈對貴之死非常傷心，失蹤三日三夜。蔡嘉許翊找到貴，送他一面專用金牌。燦和丹叫思去開解慈，而思亦表支持，眾人一起留在義莊思索，慈終於發現証據，奈何翊因不想得罪蔡，故阻止慈進一步調查。思鼓勵慈上京告蔡，於是二人便帶同貴屍體上京告狀。慈和思被生性愛玩的十皇爺趙遠材三番四次戲弄，材為了向慈道歉，答應慈的要求偷偷地將他和思混入皇宮，慈和思入宮後假扮太監和宮女，待向皇上伸冤。

一日，慈因救蔡有功被蔡賞識，蔡和詠妃有染，詠知道蔡對思有意便成全他，幸得慈機警救了她。翊和楓追到京城找慈，翊從楓口中得知慈混入宮中，於是秘密通知蔡，令蔡搶先一步向皇上告狀。詠懷有孽種，蔡把詠毒死，慈勸材幫助找出蔡的罪證，並以思做餌終揭發蔡的罪行，皇上下旨將蔡處死。思回鎮後知道燦傾盡家財只為要得悉她的安危，思覺得有愧於燦。蝶告知翊皇上會嘉許他，卻原來是嘉許慈，翊失落。鄰鎮一婦人前來申冤，翊正想問個究竟，不料婦人只是找慈替夫驗屍。

翊因水利問題受到市民冷嘲熱諷，蝶利用藍家的財力幫助翊。翊約了楓，但途中遇到蝶到訪，兩人並且發生了關係。思決定告知燦自己非他親妹，並搬回舊居。思家著火，燦冒險入火場救她，令思非常感動。翊赴楓約會時，蝶卻騙他陪伴遊山玩水，期間二人發生關係。楓見翊失約，以為記錯約會地點，反過來向翊道歉。思見翊與蝶一起遂告訴楓，楓質問翊時，翊坦言相告即將迎娶蝶。誠和花貪慕藍家財勢，十分贊成婚事，但當龍得悉此事時，楓惟有對龍說謊，免他擔心。

鎮中發現骸骨無法辨別身份，慈發明用墨塗在骨上，思即慶把慈所有驗屍方法記下來。蝶嬌生慣養，花與誠不滿卻無可奈何。楓告訴思慈對她有意，思為了證實，假稱遺失了母親玉佩，慈竟千辛萬苦去尋找，令思非常苦惱，遂逃回老家。慈到老家找她時，二人發現牆洞內藏有包裹，可證明思是康王爺的女兒。思在慈和楓鼓勵下，決到康王府辨明身份，慈藉詞陪思和燦一起到康府尋親，令思甜在心頭，途中遇上思的同父異母妹妹心如，誤會她是小偷。客棧發現有人吊死，慈義助驗屍。

捕頭門得到慈幫助，迅速破案並捉了兇手。思來到康王府得知王爺已死，康妃承諾會恢復她郡主身份，著她先回家等待安排。蝶嫁入宋家後不減專橫跋扈，更要誠夫婦搬去柴房來騰出地方放置衣物，翊因需依賴蝶的財力，才對她忍氣吞聲。龍對貞漸漸發生感情，但礙於面子不敢表白。花見蝶浪費，遂將她的衣物轉賣圖利，蝶得知後要報官捉拿二老，花為了翊前途，只好向蝶認錯。思等了很久仍沒有任何消息，遂去康王府追問康妃。康妃把思的證物沒收，並將思趕走，期間遇上如，原來如乃她同父異母之妹妹。思的證物雖被沒收，但思想起小時候曾有一老伯忠伯可做人證。

慈冒險到陵墓替思找證人忠伯，卻被康妃阻止，並打算把思和慈處死，幸如救了他們。如帶同思之證物找思，途中遭惡賊擄去，更打算把她賣入妓院，丹偷聽得知賊人惡計便拯救她，但思之證物卻被毀壞了。慈想出滴血認親方法證明思身份，康妃大力反對，材用性命擔保，終證明思是康王爺女兒。思騎上京，送上玉兔給慈作訂情信物。藍家債主臨門，蝶因不夠錢幫翊買官，竟對雙親大發脾氣。慈被升為提點刑獄司，但京城卻傳來思和蒙古王子成婚消息，慈上京找思，誤會二人關係黯然回鎮，楓從旁安慰。慈聽蔡公公下屬德的口供，懷疑是翊揭發其假太監的身份。

翊巧言令色，令慈相信他並非揭發其假太監身份之人。慈染上怪病，生命危在旦夕，幸楓發現新治療方法才得痊癒。如告訴思有關康妃把她配婚給蒙古王子之事，思及時向皇上表白阻止婚事。蝶偷用翊官印購物，二人爭吵起來，誠等在旁煽風點火，蝶傷心買醉後嘔吐大作冷淡對待，慈從旁開解。龍對貞不敢表白，經慈和楓幫助，兩人開始發展感情。蝶遭翊泠淡對待，找慈傾訴，蝶得慈鼓勵後決定做一個賢妻良母，時花卻目睹二人。

翊聽信花之言，以為蝶與慈有染，夫婦大鬧一場。思回來看見楓和慈的關係密切，非常傷心。翊負責監督思母親陵墓事宜，重遇思不禁驚為天人。蝶得悉父母被捕，於是要求翊救二老，翊拒絕。真翊的救命恩人何大叔到訪，令花對假翊進一步起疑心，花偷取翊之公文欲對字跡，被翊發現。如和丹夾計令慈與思和好如初，可惜因楓受傷令慈錯過機會。如誤墮水中，丹奮勇相救並向如表白愛意。蝶在花房內搜出其玉鐲，花否認時心姣痛發作，翊上前慰問時花慌忙後退。

翊發現花對他生疑，遂把花毒死。蝶找慈傾訴，因避雨上小艇共度一宵，被燦目睹。慈替花驗屍，發現並無可疑。誠無意中發現花致死原因是中毒，慈展開調查之際，翊害怕被人發現，便嫁禍蝶謀殺家姑，慈卻相信蝶是清白的。玲指慈對蝶餘情未了，思不作理會，但卻勸慈不要理會此案，免受牽連。樹林內發現燒焦屍體，但村內並無失蹤人口。慈連日內細心檢查花屍體，終找出蝶不在場證據。翊害怕慈會揭穿真相，遂以他多番更改驗屍報告，以及與蝶有不尋常關係為由，將此事交與刑部處理。

刑部將慈革職，思去信刑部要求釋放慈，更限慈一個月內要找出真相。燦說出曾協助花檢視翊的字跡，而貞更見兩個翊同時出現，令慈開始相信翊是假冒。慈向誠解釋兇手殺花動機，勸誠進一步確認翊身份，惜給翊搶先一步毀滅證據。翊以蝶身懷孽種為由痛打慈，慈含冤莫辯。燦及丹亦誤會慈與蝶有染，楓責二人對慈不信任。龍為楓著想要慈以後不要找楓，慈傷心買醉，楓欲開解慈時卻被拒絕。思見翊與慈糾纏時受傷，遂送上宮中美點勸他振作。蝶想以自殺來令翊回心轉意，但翊卻冷言相向。

蝶割脈自盡，幸楓及時救她，楓再去義莊找慈，勸他不可放棄。思為開解翊，特地邀請他遊湖。慈終想通一切，與楓研究找新証據。誠終知翊並非其親兒，翊遂把他殺死。慈循誠留下線索，找出一具腐屍，並認定屬於真翊。慈欲以滴血驗骨法來驗證翊身份，但失敗，還被收監。翊不欲留在傷心地，思保薦他上京。慈終想出滴血驗骨法失敗之因。如鼓勵丹考取功名，丹信心大增。蝶聽信翊之言作假證供指慈為主謀，慈被判斬刑。

蝶聽信翊之言作假證供指慈為主謀，慈被判斬刑。眾人冒險救慈，慈避至義莊時發現新証據，但慈為免連累眾人，寧回獄中等候處決，並著手撰寫《洗冤集錄》留傳後世。行刑當日，慈因為意外事件避過一劫。最後慈更將翊繩之於法。