Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.

L'Unité-01 de Shinji est désormais congelée suite à l'épisode avec le 15ème Ange. C'est donc sur Rei et Asuka que repose la tâche de repousser toute attaque éventuelle. Mais Asuka ne parvient plus à se synchroniser avec l'Unité-02. Tourmentée par le passé, qui nous est peu à peu dévoilé, elle se sent infériorisée par rapport aux autres Children, et adopte un comportement hystérique. Alors qu'elle est en pleine crise, le 16ème Ange déclenche son attaque. Son objectif désoriente tout le QG de la NERV: l'Ange tente d'établir un contact de niveau 1 avec Asuka afin de pénétrer son cœur et son esprit.