米国のネルフ第2支部はS2機関実験中のEVA四号機と共に消滅した。EVA参号機は日本のネルフ本部にて起動試験が行なわれる事となる。マルドゥック機関により、新たに選ばれる専属パイロット、フォースチルドレン。逡巡するミサト、何も知らないシンジ。

異常なまでのシンクロ率の低下を一番深刻に受け止めているのはアスカ自身だった。彼女の頭にフラッシュバックする幼き日の残酷なる記憶。自分の存在意義を賭し、使徒迎撃に出撃するアスカ。しかし、沈黙したままの弐号機に、そのプライドは完全に打ち砕かれる。