파일럿들이 나체로 싱크로 테스트를 하던 중 바이러스형 제 11사도 이로울이 침투한다. 슈퍼컴퓨터 마기가 이로울에게 침식당하지만 리츠코의 활약으로 이로울을 격퇴하는 데에 성공한다. 한편 파일럿 삼인방은 비상사태에 플러그가 사출되어 알몸으로 호수에서 몇 시간을 기다린다.

신지와 친구들의 평온한 에피소드가 이어지는 가운데, 카지는 릴리스를 아담이라 착각하여 미사토에게 알려준다. 미사토는 카지를 차 버린 이유가 그와 사귀던 도중 카지의 안에서 자신의 아버지를 발견한것이 두려웠으며, 그동안 깨끗했던 자신에 질려 카지를 남자로서 이용했다는 죄책감 때문이라고 고백한다.

에바 싱크로 테스트의 결과에서 신지의 싱크로율이 드디어 아스카보다 높게 나온다. 한 순간에 신지에 의해 1등을 빼앗긴 아스카는 명령을 무시하고 제12사도 레리엘을 공격하는데, 순간 레리엘이 사라지면서 초호기 위로 오더니 갑자기 초호기가 레리엘의 그림자 속으로 빨려들어 간다.

에바 3호기의 파일럿은 모두가 예상한대로 토우지. 토우지가 플러그에 들어간 후 순조롭게 싱크로가 이루어지는데 순간 에반게리온 3호기가 입을 벌리고 포효를 하더니 주변 일대가 폭발했다. 그리고 3호기는 침식형 사도에 의해 사도화된 것으로 확인, 에반게리온 3호기는 그 순간부터 제13사도인 발디엘로 바뀐다.

신지는 친구인 토우지를 이용해 사건에 끌어들여 이용하려 했다며 엔트리 플러그 사출을 거부한다. 남은 전력으로 네르프의 반을 쑥대밭으로 만들 수 있다며 협박하는데, 이에 겐도는 단호하게 LCL 압력을 최대로 하도록 하여 신지의 정신을 잃게 한 다음 엔트리 플러그를 사출하고, 신지는 부상을 입어 입원한다.

아스카는 폐인이 되어 싱크로율 0% 상태에 이르고, 식물인간 상태로 입원하게 된다. 16번째 사도 아르미사엘이 침공하자 초호기와 0호기가 출격하게 된다. 아르미사엘이 0호기에 접근하여 그대로 에바 0호기에 침식 공격을 시도하고, 사도의 공격을 받은 0호기는 순식간에 괴상한 형태로 뒤틀리기 시작한다.

신지는 에바에 타는 고통을 참고 겨우 친구들을 만들었는데, 그마저도 아스카는 식물인간 상태, 미사토는 카지의 죽음으로 반 폐인, 레이는 자신에 대해 모를 뿐 아니라 카오루는 자신이 죽임으로써 이제는 에바에 탈 이유가 없다고 생각한다. 삶의 이유를 잃고 타인이 없으니 자신조차 잃고, 자신이 누구인지 묻는다.

신지는 자신이 어디에 있어야 하는지 여전히 모르겠다고 한다. TV 밖의 세상이 나오며 신지는 이 세상을 꿈이라 생각한다. 알람이 울리며 아스카가 깨우는데 아빠도 엄마도 소꿉친구도 있는 평범하고 화목한 가정으로서의 신지가 나온다. 아이들이 웃는 장면에서 갑자기 대본이 나오더니 대본에 써있는 대로 아이들이 웃는다.