Un Ange qui a revêtu la forme d'un virus informatique s'introduit dans les locaux de la NERV et entame le piratage du super-ordinateur MAGI. Le temps presse pour Ritsuko qui doit empêcher l'ennemi invisible de prendre le contrôle de toutes les installations.

À la demande de Ritsuko Akagi, Misato Katsuragi se résigne à superviser la première sortie de l'Evangelion Unité-03. Mais peu après le début des tests, l'Eva est possédée par un Ange et se retourne contre ses concepteurs. Elle porte en elle le pilote, Toji Suzuhara, prisonnier de l'Entry Plug. Asuka Langley Sohryu, Rei Ayanami et Shinji Ikari sont appelés en renfort et, sans le savoir, Shinji va devoir affronter l'un de ses meilleurs amis dans un combat sans pitié.