Les différentes filiales de la NERV établies dans le monde continuent leurs recherches ainsi que la production d'Evangelion. Le dernier modèle en date, l'Evangelion Unité-02, est finalement achevée aux USA et envoyée au Japon. Il s'agit du premier modèle construit en série. Il se distingue des prototypes par plusieurs aspects. Son pilote aussi se distingue des autres: il s'agit d'une jeune adolescente mi-japonaise mi-allemande d'origine américaine répondant au nom d'Asuka Langley Sohryu. Dotée d'un tempérament explosif, elle ne rêve que d'une chose: affronter son premier Ange. Bientôt, son vœu sera exaucé.

Shinji et Asuka se retrouvent ensemble chez Misato. Les deux pilotes, qui ont subi, une défaite contre Israfel, sont obligés, de s'entraîner ensemble, afin d'améliorer leur synchronisation et leur esprit d'équipe. Mais au contraire, leurs relations se détériorent. Shinji, d'un naturel réservé et timide, a du mal à supporter le caractère expansif et bruyant d'Asuka. De son côté, Asuka ressent Shinji comme un incapable, uniquement bon à la saboter. Toji et Kensuke, rangés du côté de Shinji, voient l'appartement de Misato se transformer en champ de bataille.

C'est donc dans des conditions difficiles que les deux nouveaux pilotes, aidés de Rei, vont devoir affronter le 7ème Ange. Celui-ci dispose d'une capacité étonnante: il est capable de se dédoubler pour affronter les deux Evas en même temps.