Acculé et en proie aux doutes, Shinji fugue. Si cette nouvelle n'affecte ni Gendo , ni Ritsuko Akagi , trop occupés à identifier un potentiel Fourth Children, elle inquiète réellement Misato . Alors que les hommes de la NERV le recherchent, le garçon déambule dans Tokyo-3.

La SEELE commence à s'inquiéter du comportement du commandant Ikari, et réclame sa démission. Celui-ci semble poursuivre ses propres objectifs, distincts de ceux de la SEELE, et utilise la NERV pour l'accomplissement de ses desseins.

Ryoji Kaji se voit chargé d'effectuer une enquête à Kyoto, où Gendo perdit sa femme quelques années auparavant dans un tragique accident survenu lors des expériences qui amenèrent à la création des Evangelions. Kaji recherche également des informations sur l'Institut Mardurk, établissement chargé de repérer et former les "Children", les enfants montrant des dispositions pour le pilotage des Evangelions.

Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.