Après son premier combat dans l'Evangelion , Shinji est hébergé chez son énergique supérieure Misato Katsuragi. Il découvre que Tokyo-3 est une cité -forteresse bâtie dans le but de repousser les Anges . De son côté, Gendo Ikari doit rendre des comptes au Comité.

Shinji et Asuka se retrouvent ensemble chez Misato. Les deux pilotes, qui ont subi, une défaite contre Israfel, sont obligés, de s'entraîner ensemble, afin d'améliorer leur synchronisation et leur esprit d'équipe. Mais au contraire, leurs relations se détériorent. Shinji, d'un naturel réservé et timide, a du mal à supporter le caractère expansif et bruyant d'Asuka. De son côté, Asuka ressent Shinji comme un incapable, uniquement bon à la saboter. Toji et Kensuke, rangés du côté de Shinji, voient l'appartement de Misato se transformer en champ de bataille.

C'est donc dans des conditions difficiles que les deux nouveaux pilotes, aidés de Rei, vont devoir affronter le 7ème Ange. Celui-ci dispose d'une capacité étonnante: il est capable de se dédoubler pour affronter les deux Evas en même temps.

Gendo fait son rapport à la mystérieuse SEELE. Les membres passent en revue l'ensemble des événements relatifs aux apparitions d'Anges, et analysent l'état du Plan de Complémentarité de l'Homme. Ce comité étrange délibère sur le futur de l'humanité, mais d'autres travaillent dans l'ombre. Les questions autour de la NERV, des Evangelions et des Anges se font plus difficiles encore. Peu de gens semblent réellement savoir ce qui se passe, même au sein de la NERV. Misato commence à se poser des questions quant à la véritable nature de l'organisation qu'elle sert, et aux plans de Gendo.

Durant son combat contre le Quinzième Ange, Shinji Ikari a atteint un taux de synchronisation de 400% avec son Eva. Lorsque le combat s'achève, Misato Katsuragi et les autres membres de la NERV découvrent avec horreur que Shinji a été assimilé avec l'Eva. Ses particules font désormais partie du liquide contenu dans l'Entry Plug, le LCL. Entre-temps, la conscience de Shinji l'entraîne, désormais immatériel, dans la plus profonde des introspection.

La SEELE a envoyé à la NERV un nouveau pilote, le Fifth Children, pour remplacer Asuka qui s'est enfuie et dépérit à vue d’œil. Son nom est Kaworu Nagisa. Garçon étrange, il se lie d'amitié avec Shinji et se présente à Rei comme son "semblable". Sa synchronisation avec l'Eva d'Asuka est parfaite. Son analyse des gens qui l'entourent est perçante. Misato, cherchant à en savoir plus, découvre que tous les fichiers le concernant ont été effacés depuis longtemps déjà. Pour quelle obscure raison ?

En l'an 2016, l'A.T.Field de l'espèce humaine s'abolit et les cœurs s'ouvrent pour ne faire qu'un. Le dilemme d'une bifurcation sans retour hante celui par qui le processus s'étend. N'existe-t-il pas en un lieu, en un temps, un Shinji qui ne soit pas pilote d'Evangelion ?