Après son premier combat dans l'Evangelion , Shinji est hébergé chez son énergique supérieure Misato Katsuragi. Il découvre que Tokyo-3 est une cité -forteresse bâtie dans le but de repousser les Anges . De son côté, Gendo Ikari doit rendre des comptes au Comité.

Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.

En l'an 2016, l'A.T.Field de l'espèce humaine s'abolit et les cœurs s'ouvrent pour ne faire qu'un. Le dilemme d'une bifurcation sans retour hante celui par qui le processus s'étend. N'existe-t-il pas en un lieu, en un temps, un Shinji qui ne soit pas pilote d'Evangelion ?