Après son premier combat dans l'Evangelion , Shinji est hébergé chez son énergique supérieure Misato Katsuragi. Il découvre que Tokyo-3 est une cité -forteresse bâtie dans le but de repousser les Anges . De son côté, Gendo Ikari doit rendre des comptes au Comité.

Les différentes filiales de la NERV établies dans le monde continuent leurs recherches ainsi que la production d'Evangelion. Le dernier modèle en date, l'Evangelion Unité-02, est finalement achevée aux USA et envoyée au Japon. Il s'agit du premier modèle construit en série. Il se distingue des prototypes par plusieurs aspects. Son pilote aussi se distingue des autres: il s'agit d'une jeune adolescente mi-japonaise mi-allemande d'origine américaine répondant au nom d'Asuka Langley Sohryu. Dotée d'un tempérament explosif, elle ne rêve que d'une chose: affronter son premier Ange. Bientôt, son vœu sera exaucé.

Durant son combat contre le Quinzième Ange, Shinji Ikari a atteint un taux de synchronisation de 400% avec son Eva. Lorsque le combat s'achève, Misato Katsuragi et les autres membres de la NERV découvrent avec horreur que Shinji a été assimilé avec l'Eva. Ses particules font désormais partie du liquide contenu dans l'Entry Plug, le LCL. Entre-temps, la conscience de Shinji l'entraîne, désormais immatériel, dans la plus profonde des introspection.

L'Unité-01 de Shinji est désormais congelée suite à l'épisode avec le 15ème Ange. C'est donc sur Rei et Asuka que repose la tâche de repousser toute attaque éventuelle. Mais Asuka ne parvient plus à se synchroniser avec l'Unité-02. Tourmentée par le passé, qui nous est peu à peu dévoilé, elle se sent infériorisée par rapport aux autres Children, et adopte un comportement hystérique. Alors qu'elle est en pleine crise, le 16ème Ange déclenche son attaque. Son objectif désoriente tout le QG de la NERV: l'Ange tente d'établir un contact de niveau 1 avec Asuka afin de pénétrer son cœur et son esprit.

Tous les Anges ont été vaincus. Gendo annonce à Rei que l'heure est venue pour elle de trouver sa place dans le projet pour lequel il l'a conçu. Shinji vit les premiers instants du Plan de Complémentarité de l'Homme et s'abandonne au monde du repli qu'il a désiré.