En Shinji, malgrat els dubtes, continua entrenant-se i aprenent a pilotar els evangelions. També han començat les classes a la seva nova escola, però, de moment, no hi ha fet amics. És clar que tot canvia quan els altres alumnes descobreixen que pilota un evangelion. De sobte, li surten molts admiradors, encara que també un parell d'enemics. Després d'un encontre desagradable amb un company d'estudis, en Shinji es veu obligat a tornar a combatre, i aquest cop contra un àngel més perillós que l'anterior. Haurà d'oblidar els remordiments i el dolor per derrotar aquest nou enemic i protegir la gent que l'odia.

En Shinji té por tant dels que l'envolten com d'ell mateix, i decideix fugir de la Misato, de NERV i de tot el que fa. Un cop sol com abans, pensa en les raons que pot tenir per pilotar els evangelions i per tornar o no a NERV. Mentrestant, els agents de l'organisme el cerquen per tot arreu i, quan finalment el troben, no li expressen cap mena d'alegria, sinó només indignació. En Shinji està a punt de veure com s'acaba la seva curta però turbulenta col·laboració amb NERV, però potser trobarà la força que li cal en dues noves amistats.

En Shinji descobreix noves informacions sobre la Rei que el sorprendran. La primera, és clar, és la vinculació de la noia amb el seu pare. Apareix el cinquè àngel, Ramiel, que derrotarà en Shinji i començarà una incursió per la base subterrània del NERV que portarà conseqüències insospitades.

La Misato elabora una estratègia per derrotar en Ramiel, malgrat que sap que té poques possibilitats i, sobretot, poc temps. Com ja es podia esperar, en Shinji serà l'encarregat de provar aquesta estratègia i agafarà el prototip de fusell de positrons per disparar-li.

La Misato convida en Shinji i els seus dos amics a una suposada passejada que es converteix en un viatge fins a una flota de vaixells de guerra. Allà coneixeran l'Asuka i en Kaji, dos pilots que, a més, sembla que tenen un passat comú amb la Misato.

L'Asuka comença a anar a la mateixa escola que en Shinji i tot just arribar es transforma en un dels nous més populars de l'institut. I el setè àngel acosta l'ofensiva dels EVA, que serà un fracàs. L'Asuka demostrarà llavors què és capaç de fer i l'enviaran a viure amb la Misato i en Shinji.

L'escola organitza una excursió extraescolar a les platges d'Okinawa, però a en Shinji, l'Asuka i la Rei no els és permès anar-hi per si arriba un nou àngel. Dit i fet, es descobreix un embrió d'àngel al naixement d'un volcà i l'Asuka s'encarregarà de la missió. Al final tot seran complicacions.

En un flashback del passat veiem quan la Misato tenia 15 anys i va ser salvada d'una mort segura. La cicatriu que li va quedar d'aquella experiència farà que no pugui oblidar mai el que va passar. Sobretot el dia que, per fi, li arriba l'ascens al NERV. Malgrat la festa de celebració, hi haurà un esdeveniment que ho canviarà tot.

SEELE, l'organisme supervisor del NERV, fa un resum dels combats contra els 10 primers àngels i s'explica com van ser derrotats, malgrat que l'ONU encara investiga si n'hi ha hagut 10 o 11. D'altra banda, al NERV se segueix amb els experiments sobre l'intercanvi d'unitats.

El NERV i l'Informe Marduk, finalment, han establert qui ha de ser el pilot de l'Evangelion 03, i la decisió és totalment inesperada. La identitat del quart infant, efectivament, deixa tota l'organització astorada. En Shinji és l'únic que encara no en sap res i continua concentrat en les seves activitats habituals. Descobreix, entre altres coses, l'estrany però relaxant passatemps d'en Kaji. Esclar que, amb la recent destrucció del Quarter General del NERV 2, la tranquil·litat no pot durar gaire.

Finalment, el NERV rep l'Evangelion 03 i comencen els vols de prova amb el nou pilot. Però el destí torna a reservar sorpreses desagradables a l'organització: un àngel s'apodera de la nova unitat i sembra el caos. L'Asuka i la Rei no poden fer res per aturar l'evangelion descontrolat. Només en Shinji el podrà neutralitzar abans que destrossi el Quarter General del NERV 3. Haurà de lluitar contra un oponent que ni tan sols coneix, però sent que un inquietant lligam l'uneix al pilot. Però en Gendo Ikari no pensa igual i és capaç de qualsevol cosa per tal de protegir els interessos del NERV i de SEELE.

En Shinji, desesperat de ràbia en veure el cos destrossat del quart infant, amenaça d'arrasar tot Tòquio 3 amb el sistema d'autodestrucció del seu evangelion, però no ho aconsegueix i, indignat per les accions del seu pare, decideix abandonar immediatament NERV i el pilotatge. Però la seva "jubilació" serà breu, perquè un altre apòstol sembla estar a punt de posar en perill no tan sols el NERV sinó tota la ciutat i fins i tot els refugis de víctimes civils. En Shinji ha d'escollir entre l'orgull i la consciència, però no té ni idea que la decisió que prengui el portarà per un camí sense tornada.

La inestabilitat de l'Evangelion 01 cada vegada és més evident, i el fet que l'Asuka ja no tingui tanta confiança en si mateixa com abans, també. En Shinji la supera repetidament, no té ningú a qui pugui confiar els seus temors i els records que sempre ha intentat ofegar comencen a perseguir-la en forma de somnis. De tota manera, l'últim apòstol és molt pitjor que un malson: pot destruir l'Evangelion 02 i la seva pilot. Els responsables del NERV han de prendre una decisió molt difícil, que pot significar el sacrifici d'una de les seves millors armes.

Des de percepcions de la realitat i dimensions diferents, en Shinji ha d'intentar valorar com viu la vida i decidir si vol continuar pel mateix camí o no. Finalment, decideix salvar el món de la destrucció, però la salvació o la condemna de la seva ànima dependran de si el torna a llançar a la foscor.