Après son premier combat dans l'Evangelion , Shinji est hébergé chez son énergique supérieure Misato Katsuragi. Il découvre que Tokyo-3 est une cité -forteresse bâtie dans le but de repousser les Anges . De son côté, Gendo Ikari doit rendre des comptes au Comité.

Un nouvel Ange fait son apparition au coeur d'un volcan. Asuka est chargée de plonger dans le magma avec l'Unité-02 avec pour mission de capturer l'Ange vivant ! Une mission extrêmement dangereuse où Shinji devra l'épauler en surface. Pendant qu'elle cherche à capturer l'Ange, encore à l'état embryonnaire, Asuka est attaquée par celui-ci. Sa croissance est extrêmement rapide et en quelques instants, elle aura affaire à un ennemi féroce. Celui-ci coupe le cordon reliant Asuka a l'extérieur et l'entraîne au fond du volcan. La température et la pression extrêmes commencent à détruire l'armure de l'Unité-02. Tout semble perdu pour Asuka.

Gendo fait son rapport à la mystérieuse SEELE. Les membres passent en revue l'ensemble des événements relatifs aux apparitions d'Anges, et analysent l'état du Plan de Complémentarité de l'Homme. Ce comité étrange délibère sur le futur de l'humanité, mais d'autres travaillent dans l'ombre. Les questions autour de la NERV, des Evangelions et des Anges se font plus difficiles encore. Peu de gens semblent réellement savoir ce qui se passe, même au sein de la NERV. Misato commence à se poser des questions quant à la véritable nature de l'organisation qu'elle sert, et aux plans de Gendo.

Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.