Ікарі Сіндзі викликає в Токіо-3 його відчужений батько Ґендо, командир спеціального агентства NERV, щоб захистити місто від гігантського ангела, керуючи єдиною зброєю, здатною битися з монстром: Євангеліоном Unit-01.

Сіндзі прокидається в лікарні, не пам'ятаючи про перемогу над Ангелом минулої ночі. Відкинутий батьком, Місато вирішує взяти Сіндзі з собою, щоб жити у своїй квартирі. Пізніше тієї ночі спогади про битву з Ангелом повертаються до Сіндзі.

Місато привозить Сіндзі разом із Тодзі та Кенсуке до великого військово-морського конвою ООН, який перевозить Євангеліон Unit-02 та його запального німецького пілота Аску Ленґлі Сорю до Японії. Супроводжує Аску колишній хлопець Місато, Рьоджі Кадзі. Після незграбного знайомства на флот нападає величезний водяний ангел. Аска запускає Єву-02 і вирішує, що вона переможе ангела, граючи в «класики»...

Cіндзі перемагає Аску в тесті на синхронізацію, що дуже її дратує. Незабаром після цього EVA відправляються, щоб розібратися з таємничим привидом, і EVA-01 засмоктує темноподібна темрява, яка матеріалізується нізвідки. Поки готується екстрена операція з порятунку захопленої EVA-01, Сіндзі вирушає в подорож у глибини власної свідомості...

Рівень синхронізації Аски невпинно падає після її поразки від рук чотирнадцятого ангела Зеруеля, а її розчарування Рей, Сіндзі, Місато та Рьоджі зростає. Розлючена та стурбована більше, ніж будь-коли, вона змушена знову пережити своє темне, травматичне минуле під час зустрічі з п’ятнадцятим ангелом, Араелем.

Проект комплементації людства розпочався і нам демонструють його внутрішній процес об'єднання всіх душ в одну.

Процес комплементації людства триває. Головна увага в епізоді зосереджена на Сіндзі, який вчиться приймати здатність людини формувати свій світ і те, як людина не може існувати без інших.