2000年，一個科學探險隊在南極洲針對被稱作「第一使徒」亞當的「光之巨人」進行探險。在對其進行接觸實驗時，「光之巨人」自毀，從而發生了「第二次衝擊」，還導致到世界大戰。最後，世界人口減半，地軸偏轉、氣候改變。根據對「第二次衝擊」的調查，聯合國在日本箱根成立人工進化研究所（即GEHIRN）從事EVA（指機器人）的發展研究，後GEHIRN利用在人工進化研究所下方發現的巨大空洞建造了總部。 另一方面，聯合國屬下的秘密組織SEELE為了使人類進化，開始實行人類補完計劃，就是將所有人的靈魂匯集在一起，通過中和每個人的AT力場，使每個人回歸LCL之海。

2004年，EVA初號機進行啟動試驗時發生事故，碇真嗣的母親碇唯消失，碇源堂開始執行「碇源堂版本的人類補完計劃」。2010年，GEHIRN被改建成NERV。

在2015年，十五年被稱為第二次衝擊的全球大災難後，根據SEELE人類補完計劃劇本的安排，一種不明巨型生物「使徒 」開始在日本登陸，並向NERV總部進攻。 NERV組織EVA消滅使徒。碇真嗣被他日益疏遠的父親碇源堂，特別準軍事部隊NERV主任召集到未來城市東京3 。真嗣見證了NERV與使徒的作戰：在死海古卷中預言將會覺醒的一種巨型怪物。 NERV的新世紀福音戰士生物機器，能同步到飛行員的神經系統，是人類用以消滅使徒的唯一武器。 NERV官葛城美里接引真嗣進入NERV地下複雜的碉堡，真嗣在他的父親壓力下駕駛一號機與使徒對抗。在沒有受過任何訓練的情況下，真嗣是在戰鬥中很快不堪重負，導致新世紀福音戰士進入狂亂的狀態，並以殘酷野蠻的方式自己殺死使徒。

接著碇真嗣並結識綾波零等人。在NERV與使徒作戰的同時，碇源堂秘密地執行他自己的計劃。隨著時間推移，碇源堂的計劃逐漸被SEELE發現，NERV與SEELE產生了矛盾並不斷惡化。這一矛盾在電視版中沒有得到解決。在劇場版中，NERV於SEELE的矛盾激化，SEELE訛稱NERV企圖引發第三次衝擊，挑動國聯派出軍隊抹殺NERV，在國聯部隊占領了NERV後，SEELE發動了人類補完計畫。