În anul 2015, un Înger se întoarce pentru a ataca Tokyo-3. Misato Katsuragi îl transportă pe Shinji la baza NERV condusă de tatăl său înstrăinat, Gendo.

După ce pilotează Evangelion Unitatea Unu, Shinji se trezește în spital, însă nu-și amintește bătălia. Lui Misato i se face milă de el și îl lasă să se mute la ea.

La școală, umblă vorba că Shinji ar fi pilot de Eva, iar colegul său Toji nu-l vede cu ochi buni. Shinji luptă din nou din scaunul pilotului după apariția unui Înger.

Ultima bătălie l-a dărâmat, așa că Shinji fuge de acasă și se întâlnește cu Kensuke. După ce NERV îl aduce înapoi, Misato îi dă de ales.

Rei Ayanami, pilotul Unității Zero, pare să-și fi revenit, însă nu are prieteni, nu-și cunoaște trecutul și nici nu e interesată să discute cu Shinji.

Al Cincilea Înger forează către NERV, iar Misato lansează Operațiunea Yashima, în care arma cu pozitroni îndreptată spre Ramiel va canaliza întreaga energie a Japoniei.

Ritsuko îi dezvăluie lui Shinji adevărata cauză a celui de-Al Doilea Impact. Apoi, ea și Misato asistă la testarea în teren a unui mecha ce rivalizează cu unitățile Eva.

Shinji și amicii săi merg cu Misato în larg, către Unitatea Doi și pilotul Asuka. Îi însoțește și Ryoji Kaji, vechiul prieten al lui Misato, care are intenții ascunse.

NERV află despre un Înger în formă embrionară ascuns într-un vulcan. Asuka folosește costumul rezistent la magmă și pleacă să-l recupereze în Unitatea Doi.

Tokyo-3 are o pană de curent chiar când este detectat un nou Înger. Piloții de Eva trebuie să intre în bază de la suprafață, iar NERV pregătește Unitățile manual.

Gendo și Fuyutsuki sunt în Antarctica, iar recent promovata Misato este la comandă când un nou Înger apare deasupra Terrei și ia la țintă Tokyo-3.

Un Înger infiltrat în NERV preia controlul asupra supercomputerului MAGI. Ritsuko le propune să scrie un program prin care Ireul să ajungă forțat la autodistrugere.

Seele evaluează acțiunile lui Gendo și ale organizației sale între Îngerii Trei și Unsprezece, iar Ritsuko desfășoară un test în care piloții Eva schimbă Unitățile.

Pentru prima dată după mulți ani, Shinji își întâlnește tatăl la mormântul mamei sale. Ritsuko, Misato și Ryoji merg la o nuntă, iar Asuka iese la o întâlnire.

În timpul luptei, Shinji și Unitatea Zero sunt înghițiți de umbra imensă a unui Înger. NERV îi crede pe amândoi pierduți, însă Shinji are o experiență stranie.

NERV-02 dispare din Nevada odată cu Unitatea Eva Patru. Unitatea Trei e pe drum, iar Gendo îi ordonă lui Ritsuko să desemneze un pilot pentru aceasta.

Unitatea Trei se întoarce din SUA, însă Shinji încă nu-i cunoaște pilotul. În timpul testelor, NERV află că Unitatea Trei este posedată de un Înger.

Cu mintea țăndări după bătălie, Shinji jură să nu mai piloteze vreodată o Unitate Eva și părăsește NERV din nou. Când e în prag de plecare, un alt Înger atacă.

Shinji obține o sincronizare nemaivăzută și fuzionează cu Unitatea Zero. În timp ce el trece printr-o experiență extracorporală, NERV încearcă să-l salveze.

Cei din Seele îl răpesc pe Fuyutsuki și încearcă să smulgă răspunsuri despre NERV și adevăratele planuri ale lui Gendo, dezvăluind evenimente din trecut. Ryoji dispare.

Sincronizarea lui Asuka continuă să scadă, sabotându-i încrederea în sine. Hotărâtă să-și arate valoarea, ea ignoră ordinele din timpul luptei.

În ciuda dificultăților sale, Asuka primește ordinul de a lupta cu Rei contra lui Armisael. Când dă greș, Rei ia măsuri disperate pentru a-l salva pe Shinji.

Kaworu Nagisa, Al Cincilea Copil, intră în NERV și preia comanda Unității Doi în locul lui Asuka. Se arată prietenos față de Shinji, însă e învăluit în mister.

Proiectul Intermedierii Omenirii începe, iar sufletele oamenilor încep să fuzioneze. Piloții de Eva contemplă natura existenței pe măsură ce realitatea se dizolvă.

Proiectul Intermedierii continuă. Shinji trebuie să decidă dacă să accepte o condiție solitară sau să intre în comuniunea supremă cu ceilalți.