שינג'י מצליח להשיג קצב סנכרון חסר תקדים ומתמזג עם יחידה 01. הוא חווה חוויה חוץ גופית, בעוד אנשי נרב מנסים להציל אותו.

סילה חוטפים את פויוטסוקי וחוקרים אותו על כוונותיהם האמיתיות של גנדו ושל נרב, ובתוך כך חושפים אירועים מן העבר. ריוג'י נעלם.

קצב הסנכרון של אסוקה ממשיך לצנוח וביטחונה העצמי מתערער. כדי להוכיח את ערכה, היא מתעלמת מפקודות במהלך קרב.

למרות הקשיים, אסוקה מצווה לסייע לריי בקרב נגד ארמישאל. היא נכשלת, וריי יוצאת למהלך נואש כדי להציל את שינג'י.

קאורו נגיסה, הילד החמישי, מגיע לנרב כדי להטיס את יחידה 02 במקום אסוקה. הוא מפגין יחס ידידותי כלפי שינג'י, אך מסתיר סודות רבים.

פרויקט הסיוע האנושי יוצא לדרך, ונשמות האנושות מתמזגות. טייסי האוות מתמודדים עם טבע קיומם בעוד המציאות שסביבם מתפוררת.

בפרק האחרון, פרויקט הסיוע האנושי ממשיך. שינג'י חייב להחליט אם הוא מעדיף לחיות בעולם לבדו, או להסכים לחיבור עם אחרים.