14살 렌턴은 평범한 일상에 불만을 갖는다. 렌턴의 아버지는 대재앙을 막아낸 영웅으로 추앙되지만, 그에 비해 무엇 하나 내세울 게 없는 렌턴에게는 그마저도 무거운 짐이 된다. 부모 없이 자란 렌턴을 키운 할아버지는 자신의 뒤를 이어 정비사가 되길 바라지만, 렌턴에게는 다른 꿈이 있다. 동경하는 홀랜드가 이끄는 월광 스테이트 멤버가 되는 것. 그러던 어느 날, 갑자기 나타난 LFO 니르밧슈와 유레카로 인해 렌턴의 인생이 바뀌기 시작한다.

아미타 드라이브를 니르밧슈에 장착하지만, 제대로 움직이지 않아 당황하는 렌턴. 그러는 중에도 연방군의 공격은 계속된다. 그리고 정신을 잃은 렌턴. 그 사이에 세븐스웰이 일어나고 연방군은 퇴각한다. 렌턴이 정신을 잃은 사이에 홀랜드는 서스턴 할아버지 앞에 나타난다. 그리고 두 사람의 이야기를 정신을 차진 렌턴이 듣는다. 렌턴은 자신이 뭘 해야 할지를 고민한다. 그리고 스스로 결정하라는 홀랜드 말에 렌턴은 결심한다. 그리고 떠나려는데 연방군에서 외출 금지령을 내린다.

외출 금지령이 떨어지면서 발이 묶인 니르밧슈와 월광호. 이 상황을 타개하기 위해 홀랜드는 한 가지 묘안을 세운다. 기류를 읽고 니르밧슈를 이용하여 연방군을 교란시키고, 그 사이에 월광호를 출발시키는 계획이다. 렌턴은 할아버지에게 자신의 꿈을 이야기하고 유레카와 함께 월광호에 오르기로 결심한다. 그리고 유레카와 렌턴을 태운 니르밧슈는 연방군을 격추하고 월광호는 무사히 벨포레스트를 빠져나온다. 월광 스테이트에 합류하게 된 렌턴은 월광 스테이트 멤버들에게 둘러싸이지만, 별다른 환영을 받지 못한다. 앞으로 렌턴은 월광 스테이트에서 잘 지낼 수 있을까?

타입 제로가 기동하고 세븐스웰 현상이 일어난 것에 대해서 현자 회의가 벌어진다. 그에 대한 대안을 찾던 3인의 현자는 아게하 구상을 언급하며 듀이 노바크 중령을 복귀시키기로 한다. 한편 렌턴은 월광호에 오른 지 일주일이 다 되도록 리프 하지 않는 멤베에 대해 실망하고, 자신은 여기서 뭘 하고 있는지 회의감을 느낀다. 매일 청소 같은 잡일만 하는 자신과 리프를 하려 하지도 않는 멤버, 그 사이에서 고민하던 렌턴은 월광호가 돈이 없다는 것을 알게 됐고 리프를 할 수 있도록 리프 대회에 참가하자고 제안하지만 무시당한다. 그리고 월광 스테이트 멤버들은 돈을 벌기 위해 밀수 일을 맡는다. 시간 단축을 요하는 임무에 니르밧슈가 출격하기로 하고 그런 상황에 답답함을 느끼는 렌턴. 과연 임무를 수행할 수 있을까?

유레카와 함께 니르밧슈를 타면서 미샤의 조사를 돕는 렌턴. 하지만 조종하는 유레카 옆에서 앉아 있기만 하는 렌턴은 멀미를 하고 만다. 결국 유레카 앞에서 추태를 부린 렌턴은 혼자 마무리하면서 유레카에 대한 마음을 중얼거린다. 그 소리를 들은 타르호는 렌턴을 놀린다. 그런 타르호에게 소문 내지 말라며 애원하는 렌턴. 월광호의 생필품과 부품 등을 사기 위해 세 팀으로 나뉘어 나선다. 타르호는 짐꾼으로 렌턴을 데려가고 쇼핑을 한다. 그러는 중에 술에 취한 타르호와 동네 양아치들이 시비가 붙고 렌턴을 타르호를 구하기 위해 LFO를 기동한다.

모리스, 메텔, 링크는 렌턴에게 도를 넘는 장난을 친다. 유레카의 아이들이기도 한 탓에 렌턴은 크게 화도 못 내고 어찌할 바를 모른다. 그러는 중에 월광호가 맡은 물건이 수취인이 사라지면서 결국 다른 곳에 팔기로 한다. 하지만 그곳에 가려면 탑주군 기지를 지나가야 해서 혼백 인터피어런서를 이용해서 레이더에 안 걸리도록 하고 있다. 아이들은 렌턴에게 또 다른 장난을 치기 위해 함정을 만들고 있었다. 하지만 끈이 짧아서 긴 끈을 찾던 중에 혼백 인터피어런서를 건드리면서 작동이 멈춰버리게 된다. 비상 상황에 빠진 월광호는 일단 숨지만, 이대로는 움직일 수가 없다. 아이들이 장치를 고장 낸 것을 본 렌턴은 행동에 나서는데...

렌턴은 유레카와 마을로 장을 보러 나간다. 유레카와 단둘이 나갈 줄 알았지만 세 아이들도 함께 가게 된다. 장을 보고 오다가 메텔을 잃어버리고, 결국 팁트리라는 아줌마 집에서 보호 중인 메텔을 찾는다. 한편 홀랜드 일행은 반정부 조직인 보타락의 중요 인물인 팁트리를 잡기 위해 마을에 내려온다. 그리고 팁트리의 집에서 렌턴 일행과 만난다. 도망치던 팁트리는 결국 항복하고 순순히 잡힌다. 탑주군에게 팁트리를 넘기려는 홀랜드, 렌턴은 가만히 두고 볼 것인가.

홀랜드 일행은 팁트리를 델 시엘로에 데려다주기로 결정한다. 그곳은 폐허가 된 곳으로 덕분에 좋은 기류가 흐른다. 좋은 기류로 리프 하기 위해 렌턴과 문도기는 잠나서지만, 그걸 본 홀랜드는 크게 화를 낸다. 영문을 모른 채 얻어맞은 렌턴은 뛰쳐나가고, 폐허가 된 도시가 최근에 불탔다는 것을 깨닫는다. 사실 그곳은 탑주군에 의해 폐허가 된 곳이고 , 렌턴은 그곳 사람들을 몰살한 사람이 홀랜드과 유레카라는 것을 알게 된다. 그러는 중에 탑주군에 또다시 포격해 오고, 탑주군을 막기 위해 렌턴과 유레카가 출격한다.

악몽에서 깬 홀랜드. 라디오에서 지각 변동 속보가 흐른다. 남반구에서 엄청난 기류가 올 거라는 예측에 흥분하는 월광 스테이트 멤버들. 하지만 너무 멀어서 도착하기 전에 기류가 없어질 터. 그러나 홀랜드는 탄도비행을 결정한다. 탄도비행을 처음 겪는 렌턴은 무중력 상태와 멀리서 보는 별에 감탄한다. 드디어 도착한 곳은 원래 목적지가 아닌 다른 곳이었다. 한편 듀이는 아네모네와 재회하며 어떤 계획을 세운다.

사우스아이레스에 엄청나게 큰 코랄리안이 생기자 주민들은 대피하고 도시는 폐허로 변한다. 그런 코랄리안에 들어가고자 월광 스테이트가 작전을 세운다. 렌턴은 코랄리안이 뭔지 멤버들에게 물어보지만, 모두의 대답은 제각각이라 알 수가 없었다. 한편 탑주 연방군도 아네모네가 디엔드를 타고 코랄리안에 가기 위해 출격 준비를 한다. 렌턴은 상태가 안 좋은 유레카를 걱정하면서 니르밧슈에 올라탄다. 그리고 디엔드에 탄 아네모네와 맞부딪히게 된다.

니르밧슈를 공격하는 아네모네. 착란을 일으킨 렌턴은 혼백 드라이브를 건드리며 디엔드와 니스밧슈 전부 코랄리안 안으로 빨려들어가게 된다. 그곳에서 이상한 꿈을 꾸는 렌턴. 탑주 연방군과 월광 스테이트는 각자 연락이 끊긴 디엔드와 니르밧슈를 찾으러 나선다. 그러는 중에 서로 미사일 공격으로 대적한다. 한편 꿈을 헤매던 렌턴은 유레카를 만나 꿈에서 깨어나게 된다.

도미니크는 디엔드와 아네모네를 찾기 위해 구명정을 타고 나간다. 그리고 아네모네뿐만 아니라 렌턴과 유레카와도 만나게 된다. 두통에 몸부림치는 아네모네에게 도미니크가 약을 투여하려고 했지만, 심하게 몸부림치는 아네모네에 의해 약이 깨져 버리고 만다.

지금까지의 이야기를 스토너와 도미니크가 정리하듯이 이야기한다. 과연 트라파와 코랄리안은 무엇인가. 그리고 월광 스테이트와 탑주군의 비밀은?

코랄리안 사건 이후에 건강 붐이 일어난 월광 스테이트. 인스턴트를 끊고 몸에 좋은 음식으로 바꾸면서 건강에 신경 쓰는데, 세계 3대 건강 식품으로 나온 판차 열매를 구하러 마슈와 렌턴, 유레카가 나선다. 렌턴이 어린 시절에 누나와 지냈던 콘트로라드에서 흉작으로 인해 가격이 더무니없이 오른 판차 열매를 훔치려다가 렌턴의 삼촌에게 들킨다. 렌턴은 오랜만에 만난 삼촌에게 차마 월광 스테이트 멤버라는 말을 못하고 군사 학교에 다닌다고 거짓말을 한다. 그런 렌턴 일행을 반기며 식사를 대접한다.

월광호를 고치기 위해서 발굴 터에 숨어 지내기로 한 월광 스테이트 멤버들. 수리에 필요한 자재와 음식 등을 구할 겸 동굴 탐험에 나선다. 하지만 오래전에 폐허가 된 동굴에서 손에 넣을 것은 별로 없었다. 렌턴은 일행과 떨어져서 동굴 안을 탐색하다가 전기가 들어오면서 많은 음식과 아늑한 공간이 있는 곳을 발견한다. 음식을 먹고 잠이 든 렌턴은 주변이 시끄러워져서 깬다. 그곳에는 유레카가 있었고, 렌턴은 요즘 사이가 좋지 못한 유레카에게 사과한다.. 그러는 중에 코랄리안 속에서 본 것과 같은 꿈이라는 것을 깨닫지만, 갑자기 나타난 디엔드에 당황한다.

월광호를 수리하기 위해서 꼭 필요한 리프렉션 필름을 구하기 위해 나선다. 켄고의 지인인 리프렉션 필름을 만드는 장인을 찾아 가지만, 그는 이미 죽고 아들만 남아 있었다. 술에 절어서 지내는 아들 닐을 설득하여 리프렉션 필름을 만들 재료를 찾아 나선다. 리프렉션 필름의 재료는 스카이 피쉬, 그 스카이 피쉬를 잡기 위해 술판을 벌인다. 즐거운 사람 옆에 모인다는 스카이 피쉬를 잡아, 드디어 리프렉션 필름을 만든다. 한편 듀이는 부대를 재결성하게 되면서 세컨드 서머 오브 러브를 계획한다.

리프렉션 필름을 손에 넣고 빠르게 월광호를 수리해간다. 그러는 중에 나타난 발굴상 브리타니는 동굴을 더럽히지 말라며 빨리 나갈 것을 요구한다. 렌턴은 그런 브리타니에게 다가가며, 친해지려고 한다. 브리타니는 렌턴이 엑셀 서스턴의 손자라는 것을 알고 친근감을 느낀다. 그리고 렌턴을 데리고 동굴 안으로 데려가서 아직 스카브가 살아있다고 주장한다. 월광호 수리는 막바지로 향해 가고 마침 니르밧슈를 움직이던 렌턴을 본 브리타니는 놀라고 만다.

브리타니 때문에 탑주군에게 발각될 위기에 처한 월광 스테이트 멤버들은 하루빨리 수리를 마치고 떠날 채비를 한다. 하지만 트라파 농도가 올라가지 않아서 곤란해진다. 한편 렌턴은 브리타니의 배신으로 인해 마음에 깊은 상처를 받고 시름에 빠진다. 그러는 중에 군이 월광호가 있는 동굴을 에워싸고 공격하기 시작한다. 그 사이에 유레카는 니르밧슈를 타고 동굴 깊숙이 가버리고 만다. 렌턴은 유레카를 구하기 위해 동굴에 따라 들어가지만, 거기서 마주한 유레카는 스카브에 삼켜진 처참한 모습이었다.

겨우 군에게서 탈출한 월광호는 레이라인으로 들어왔고, 유레카는 은밀히 치료를 받는다. 하지만 현재 의학으로는 유레카를 고칭 방법이 없다. 그러는 중에 보타락에서 고승을 구출해 달라는 의뢰가 들어온다. 준비가 부족한 상황에서 위험한 작전을 포기하려는데 홀랜드가 혼자 작전을 수행하겠다며 나선다. 그런 홀랜드를 돈만 보고 유레카를 내버려둔다고 오해한 렌턴은 홀랜드에게 대들고, 홀랜드도 그런 렌턴에게 화풀이한다. 홀랜드 혼자 고승을 구하는데까지는 성공했지만, 적에게 에워싸인 홀랜드. 타르호가 렌턴에게 진실을 말하고 오해는 풀지만, 홀랜드를 구하러 가는 렌턴의 마음은 심란하기만 하다.

유레카는 보타락의 고승과 팁트리가 두고 간 신비한 물 덕분에 스카브에서 벗어난다. 한편 렌턴은 자신이 여태까지 싸워왔던 KLF 안의 사람들을 죽여 왔다는 것을 새삼 깨닫고 괴로워한다. 하지만 월광 스테이트 멤버들은 그런 자신을 위로하긴커녕 그런 살인 행위를 먹고 살기 위해 어쩔 수 없이 하는 거라는 말을 듣고 회의감에 빠진다. 그리고 이런 자신의 마음을 알아 주길 바라듯이 유레카를 찾아갔지만 오히려 거부당하자 월광호에서 자신이 있을 곳은 없다고 느끼면서 월광호에서 나가기로 한다.

월광호를 나온 렌턴은 가지고 있던 짐을 도둑 맞고 힘들게 떠돌아 아니게 된다. 그러는 중에 우연히 공원에서 열린 DJ 클럽 페스티벌을 구경하다가 찰스와 레이를 만난다. DJ가 고조되는 중에 갑자기 일어난 지각 변동에서 위험에 처한 렌턴을 레이가 구해 주면서 렌턴은 찰스와 레이 부부와 함께 백조호에서 살게 된다. 한편 건강을 회복해가는 유레카는 조금씩 변해가는 자신을 느낀다. 기젯트의 조언으로 자신이 렌턴으로 인해 바뀌어 가고 있다는 것을 깨달아가게 된다.

찰스와 레이의 백조호에서 지내는 것에 적응한 렌턴은 찰스 일행과 함께 올파사에 머물게 된다. 찰스는 보타락 소녀를 성지까지 데려다 주는 일을 맡게 되어 올파사에 온 것이다. 올파사는 보타락의 과격파 세력이 벌인 테러로 인해 보타락에게 좋지 못한 감정을 가지고 있다. 그런 중에 보타락 소녀는 생명 유지 장치가 없이는 살 수 없었고, 그 조차 반대하는 시민들이 있었다. 소녀의 부모는 모든 것을 받아들이고 소녀가 성지에서 생을 마감할 수 있도록 찰스에게 일을 맡긴 것이다. 하지만 렌턴은 그런 부모도 병원과 시민들도 이해할 수 없어서 소녀를 다른 병원에서 치료받을 수 있도록 데리고 도망친다.

찰스와 레이는 렌턴에게 자신들의 아들이 되어 주길 원한다. 부모를 일찍 여윈 렌턴은 그런 두 사람에게 감사하면서도 아직은 어색한 관계 때문에 주저한다. 그리고 찰스에게서 처음으로 아버지라는 감정을 느낀다. 행복한 나날이 이어질 것 같았지만, 렌턴이 애드록 서스턴의 아들이며 월광 스테이트의 멤버였다는 사실이 밝혀지며 상황이 변한다. 그리고 찰스는 그런 렌턴에게 자신은 원래 연방군 소속의 르리랜서이며 월광호를 칠 계획을 세운다는 것을 밝힌다. 모든 것을 알게 된 렌턴은 결국 배조호를 떠나기로 결심한다.

백조호를 떠난 렌턴은 다시 정처없이 헤맨다. 그러던 중에 어떤 숲에서 정신을 잃고 만다. 눈을 뜨니 그곳에 윌이라는 남자가 정신을 잃은 렌턴을 집으로 데려와 보살펴 주고 있었다. 윌 덕분에 건강을 회복한 렌턴, 그 집에는 윌 외에 절망병에 걸린 윌의 아내 마사가 함께 살고 있었다. 렌턴은 마사가 절망병이라고 하지만 윌은 자신이 절망하지 않았기에 절망병이 아니라고 한다. 윌에게 많은 이야기를 들은 렌턴은 다시 결심을 굳히며 유레카를 만나기 위해 나선다. 한편 렌턴을 찾는 유레카를 위해 홀랜드는 렌턴을 찾아나선다. 그리고 찰스와 레이도 렌턴에게 밝힌 대로 월광호를 치기 위한 함정을 준비한다.

찰스 부부와 탑주군은 약속대로 월광호를 치기 위해 함정을 만든다. 일곱 빛 운해에 숨어서 월광호가 오길 기다리는 탑주군과 찰스 부부. 함정이라는 것을 모른 채 월광호를 빼내기 위해 렌턴을 찾는 것을 관두고 홀랜드가 돌아왔다. 그리고 탑주군이 일부러 만들어 둔 틈을 향해 월광호를 돌린다. 렌턴을 두고 돌아온 것을 본 유레카는 렌턴을 찾으러 나간다. 그러는 중에 렌턴은 유레카를 만나기 위해, 그리고 월광호를 구하기 위해 돌아온다.

월광호로 돌아온 렌턴과 유레카는 아이들과 함께 영창에 갇힌다. 하지만 월광호의 분위기가 이상하다는 것을 느낀다. 홀랜드는 찰스와 레이가 공격해올 것을 예감하고 준비한다. 모든 준비가 끝나자, 찰스와 렌턴이 침입하고 홀랜드와 맞붙게 된다. 찰스와 홀랜드의 싸움에서 홀랜드는 찰스를 죽이고, 레이는 타르호에게 붙잡힌다. 레이는 죽은 찰스에게 작별 키스를 할 수 있게 요구하는데...

레이는 유레카와 월광 스테이트에게 복수하기 위해 월광호를 공격한다. 옛날에 레이는 세븐스웰로 인해 아이를 못 갖게 된 것으로 여기고 그 원인인 유레카를 증오한다. 렌턴은 그런 레이를 막기 위해 호소하지만, 레이는 멈추지 않는다. 결국 홀랜드와 월광스테이트가 레이를 죽이고 홀랜드는 찰스에게 입은 상처가 벌어지면서 과다 출혈로 쓰러진다. 여분의 혈액이 없는 상황에서 수혈할 수 있는 건 렌턴뿐이다. 타르호는 렌턴이 수혈하는 것을 반대하지만, 결국 홀랜드를 살리기 위해 렌턴에게 부탁한다.

렌턴에 관한 것을 조사하기 위해서 벨포레스트를 찾은 도미니크는 오토바이가 고장 나서 수리를 맡기러 간 곳에서 렌턴의 할아버지 엑셀을 만나게 된다. 자신이 렌턴과 친구라며 정보를 캐내려 하지만 생각처럼 잘되지 않는다. 한편 렌턴은 유레카와 함께 선내를 청소하거나 멤버들의 식사를 준비하면서 자신이 할 수 있는 일을 한다. 그런 렌턴에게 타르호는 월광 스테이트가 싸우는 이유와 유레카의 정체에 대해 폭로한다. 그 모든 것을 알고도 유레카를 지키겠다는 렌턴. 월광호는 니르밧슈를 수리하기 위해 군 관할 시설인 트레조아 기술 연구소로 향한다.

다시 월광 스테이트 멤버로 받아들여진 렌턴. 월광호는 니르밧슈를 고치기 위해 트레조아 기술 연구소로 간다. 홀랜드는 몸이 다 낫지 않은 상황에서 교섭하고 결국 니르밧슈는 수리 받게 된다. 현재 트레조아 기술 연구소는 군의 비밀 부대의 의뢰로 무기를 만들고 있었다. 어떤 목적으로 만드는 것인지는 모르지만, 결국 사람을 죽이는 도구라는 건 변함이 없다. 트레조아 연구소에서 만든 영화를 보게 된 렌턴은 유레카와 니르밧슈에 관한 것을 더 자세히 알게 된다. 한편 타르호는 자신도 변해야 한다고 생각하고 머리를 자른다.

현인 코다는 듀이를 만나고 아게하 부대를 보게 된다. 듀이는 코다의 생각과 달리 자신이 원하는 방향으로 계획을 진행한다. 한편 홀랜드의 우려와 달리 렌턴을 유레카와 잘 지내고, 니르밧슈의 수리 작업도 진행된다. 하지만 니르밧슈는 원래대로의 복원이 아닌 새로운 형태의 변화를 원한다. 결국 설계를 다시 하게 되면서 미샤의 전 남편인 천재 연구자 그레그에게 도움을 청한다. 그레그는 스카브 코랄이 지적 생명체라는 가설을 토대로 유레카도 스카브 코랄이 보낸 어떤 메시지라는 생각을 밝힌다. 니르밧슈의 개조가 진행되는 중에 듀이는 스카브 코랄의 심층부를 공격하며 항체 코랄리안이 인간을 공격하게끔 한다.

니르밧슈의 개조는 순조롭게 진행되지만, 듀이가 이끄는 아게하 부대가 자행하는 지각 공격 때문에 항체 코랄리안이 나타나면서 많은 사람이 죽게 된다. 유레카는 자신의 동족이기도 한 항체 코랄리안 때문에 많은 사람이 죽은 것에 죄책감을 느낀다. 한편 보드는 제작하는 엑셀을 군 경찰이 감시한다. 보드를 월광호에 전달하기 위해 엑셀은 발굴상과 함께 레이라인에 보드를 올리기로 하고 월광호에 무선을 보낸다. 월광호가 보드를 전달 받을 곳은 하필이면 듀이가 2차 실험을 진행하는 장소였다. 오렌지 제로가 투하되고 그 결과를 확인하기 위해 아네모네를 디엔드에 태워서 보내지만,

항체 코랄리안이 지나간 처첨한 현장에서 생존자를 찾는 렌턴과 유레카. 하지만 생존자는 없었고 괴로운 마음에 월광호에는 무서운 침묵이 이어진다. 유레카는 더욱 괴로워하며 방안에 틀어박히고 만다. 그런 유레카를 기다려 주려는 렌턴에게 그레그 박사는 일침을 놓는다. 유레카에게 추억의 물건을 주고 싶다는 생각을 한 렌턴은 밤을 새워서 아이템을 찾지만, 고를 수 없었고 그런 렌턴을 본 타르호는 한 가지 묘안을 생각해낸다. 그렇게 도착한 리프 스폿에서 홀랜드와 타르호, 렌턴과 유레카는 서로의 진심을 전한다. 그리고 타르호에게 진심을 밝힌 홀랜드는 월광 스테이트 해산이라는 큰 결심을 하게 된다.

본격적으로 인류와 별을 구하기 위해 나서는 월광 스테이트 멤버들. 가장 시급한 과제는 괴승 노르브를 구하는 일이다. 3현인과의 대화를 위해 수도를 찾은 노르브는 현인이 아닌 듀이와 대화를 하게 된다. 한편 월광 스테이트는 타르호의 옛 정보부 후배가 보내 준 자료로 노르브가 수도에 있다는 것을 알게 되고 괴승 노르브를 구하기 위해 작전을 짠다. 그러던 중에 타르호가 홀랜드의 아이를 임신한 사실이 밝혀지고 홀랜드는 타르호를 작전에 투입할 수 없다고 말한다. 하지만 타르호는 홀랜드를 설득하고 작전 수행에 참여한다.

괴승 노르브를 데려오기 위해 수도를 공격하는 월광 스테이트. 작전은 수월하게 진행되지만, 유레카는 사람을 공격하는 것에 죄책감을 느끼고 위험에 공포심을 느낀다. 결국 작전에서 이탈한 니르밧슈는 행방불명되고 월광 스테이트는 그대로 작전을 진행한다. 타르호는 노르브 승이 있는 곳을 알아내고 홀랜드는 바로 듀이와 노르브 승이 있는 곳으로 향한다. 그렇게 마주한 형제는 각자의 의지를 밝힌다. 한편 두려워하는 유레카를 렌턴을 설득하고 받아들인다.

노르브를 태운 월광호는 보타락의 사찰인 보타라 궁으로 향한다. 홀랜드는 렌턴과 목욕하면서 자신과 다이안의 이야기를 들려준다. 다이안은 홀랜드의 첫사랑이었고, 그 둘의 만남과 다이안이 사라지기 전까지의 이야기를 렌턴을 홀랜드에게 듣게 된다. 한편 렌턴에게 예쁘게 보이고 싶다는 생각을 하게 된 유레카는 기젯트의 도움으로 화장품을 사서 혼자 화장해 본다. 하지만 처음 한 화장이 서툴른 유레카가 모두의 앞에 서자 다들 깜짝 놀라는데…

스토너는 진실을 대중에게 알리기 위해 노르브와 그레그의 대담을 진행한다. 두 사람의 대담으로 스카브 코랄의 정체와 보타락의 역할이 뭔지가 밝혀진다. 그리고 듀이의 오렌지 계획이 가진 목적도 드러난다. 한편 듀이는 자신의 목적을 실현하기 위해 오렌지 계획에 박차를 가한다. 그리고 그 참혹한 현장 영상을 가지고 대중을 구슬리기 시작한다. 공포심에 빠진 대중은 듀이의 말에 현혹되고 여론은 코랄리안 섬멸로 향해간다.

유레카가 애드록을 알면서 말하지 않았다고 생각한 렌턴은 유레카를 다그친다. 가족의 개념을 이해 못하는 유레카는 렌턴의 반응에 당황한다. 그런 유레카와 렌턴을 오해한 월광 스테이트 멤버들은 각자의 방식으로 두 사람을 위로한다. 결국 오해가 풀리면서 유레카는 렌턴에게 애드록과의 추억을 들려주고, 렌턴은 몰랐던 아버지의 면모를 알게 된다. 스토너는 듀이의 거짓 선동에 어떻게 대항할지 고민하고 그 해답을 찾는다. 한편 듀이가 이끄는 반란군은 결국 현인회도 공격한다.

그레이트 월을 목전에 둔 월광호는 노르브의 제안으로 축구를 하게 된다. 영문도 모르고 축구를 하게 된 월광 스테이트 멤버들은 불만이 가득하다. 하지만 렌턴은 오히려 의욕이 넘친다. 축구를 해봤다는 렌턴은 실력을 뽐내지만, 혼자 축구하던 탓에 패스하거나 팀플레이에 취약했다. 그러는 중에 노르브가 섭외한 축구팀과 시합하게 된 월광 스테이트 멤버들. 형편없는 실력 때문에 전반전은 엄청난 점수 차로 지게 된다. 자존심을 위해서라도 단 한 골이라도 넣어야 한다고 다짐하는 월광 스테이트 멤버들. 과연 그 결과는?

드디어 도착한 보타라 궁. 그곳은 묘도파에 의해 보타락 신자들이 박해받고 있었다. 그들의 눈을 피해 숨어들기 위해서 작전을 세우는 월광 스테이트 멤버들. 마침 성인의 축제가 열려서 그 틈에 숨어든다. 하지만 유레카가 걱정돼서 따라온 아이들 때문에 발각되고 급히 사쿠라가 있는 곳으로 향한다. 겨우 도착한 곳에는 사쿠야가 아닌 커다란 연꽃이 있었다. 밖에서는 홀랜드와 월광 스테이트 멤버들이 승병들과 고군분투한다.

커다란 연꽃을 사쿠야로 부르는 노르브. 유레카는 그 안의 사쿠야를 느끼고 연꽃 안으로 들어간다. 그리고 노르브와 사쿠야의 이야기가 시작된다. 성자로 추앙받던 사쿠야의 시종으로서 들어가게 된 어린 노르브는 사쿠야의 모습에 연민을 느낀다. 절대 말을 걸면 안 된다는 규율을 어기고 우연히 말을 걸게 되면서 사쿠야와 노르브는 깊은 감정을 느끼게 된다. 결국 다른 승려들에 의해 그레이트 월을 향하게 되지만, 노브르와 사쿠야는 결국 존을 넘지 못하고 사쿠야는 연꽃으로 변하게 된다.

렌턴과 유레카를 그레이드 월 너머로 보내기 위해 사쿠야와 노르브가 나선다. 결계를 지키던 사쿠야의 힘은 렌턴과 유레카를 보내기 위한 힘을 모으기 위해 결계를 없앤다. 그러면서 군의 공격을 받게 되는데, 그 보고를 받은 듀이는 렌턴 일행이 접촉에 성공했다는 사실을 알고 오렌지를 발동한다. 한편 추가 지원된 군의 공격을 받게 된 홀랜드 일행은 그들과 맞서 싸우기로 하고 렌턴 일행을 그레이트 월 너머로 보내기로 한다. 오렌지 공격으로 인해 항체 코랄리안이 나타나서 위험한 상황이지만, 렌턴을 존 너머로 보낸다. 그런 렌턴 일행을 두고 볼 수 없는 아네모네는 디엔드로 공격하지만, 결국 따라잡지 못한다. 그리고 존을 넘은 렌턴 일행 앞에 펼쳐진 것은...

렌턴 일행은 존을 넘어서 진짜 약속의 땅으로 왔지만, 처음 보는 광경과 뭘 어떻게 해야 할지 몰라서 당황한다. 그러다가 우연히 노르브가 두고 간 책을 발견하고 진짜 약속의 땅이 지구라는 것을 안다. 바다가 있는 해변에 갇힌 렌턴과 유레카는 점점 신경이 날카로워진다. 한편 듀이는 현권력자인 군인들과 구권력자인 귀족들을 초대해서 파티를 연다. 듀이는 파티에 입장하기 전에 도미니크에게 새로운 지려을 내리고 도미니크는 아네모네를 구하기 위해서 그 지령을 따르기 위해 떠난다. 그리고 파티에서 아네모네와 춤추면서 노바크 일족에 관한 이야기를 들려준다.

약속의 땅에 갇힌 렌턴 일행은 그곳에서 벗어나기 위해 노력한다. 하지만 유레카는 점점 신경이 날카로워진다. 한편 아네모네를 대신할 소녀를 찾기 위해 바르사바에 온 도미니크는 노바크 재단에서 운영하는 조이 디비전에서 소녀들의 참상을 두 눈으로 본다. 약물에 절여지고 인격적 대우도 못 받으며 죽어가는 소녀들. 결국 아네모네를 대신할 소녀를 데려오지 못하고 떠난다. 그리고 본부에서 내려온 명령은 트레조아 연구소에서 숨긴 월광 스테이트 멤버들과 연구원들을 구속하라는 것이다.

Ray=Out에 실린 노르브와 그레그의 대담은 조심스럽게 퍼져나가고 있다. 유르겐스는 도미니크에게 Ray=Out의 내용이 사실인지는 묻고 확인하기 위해 월광호와 접촉한다. 그리고 그레그에게서 받은 영상으로 진실임을 확인하고 유르겐스가 이끄는 부대원들을 설득하고 월광호와 함께 싸우기로 한다. 한편 자신의 변한 모습을 감추기 위해 도망치는 유레카를 따라간 렌턴은 유레카를 위해 자기 팔을 돌로 내려친다. 같이 따라온 아이들은 변한 유레카의 모습에 주춤하고, 모리스는 유레카가 변한 것이 렌턴 때문이라며 화를 낸다. 그리고 모리스는 렌턴에 대한 질투로 총을 겨누는데...

듀이와 아게하 부대는 스카브 코랄의 중심핵을 찾아 내고 공격 준비에 들어간다. 월광호와 이즈모 함도 재정비하면서 군에 맞서 싸울 준비를 한다. 하지만 아직까지 월광호에 불만을 품은 대원이 있고 그로 인해 홀랜드와 마찰이 일어난다. 타르호는 그들을 중재하며 다 함께 싸우자고 설득한다. 한편 다친 팔 때문에 정신을 잃은 렌턴을 밤새 간호하는 유레카와 아이들. 그러는 중에 유레카는 본래의 모습으로 변신하게 되고 아이들은 그런 유레카를 받아들인다. 다행히 열이 내라고 정신을 차린 렌턴. 전날까지 없던 호박의 산이 펼쳐지고 그곳이 가야할 길이라는 것을 깨닫는다.

니르밧슈를 타고 간 곳에는 렌턴의 누나 다이안이 있었다. 다이안을 발견한 렌턴은 누나에게 달려가고 주변은 도서관으로 변한다. 다이안을 통해 스카브 코랄이 인류와 대화를 시도하려는 이유와 그 참뜻을 듣게 된다. 그리고 사령 클러스터를 공격받게 된 상황에서 쿠단의 한계에 이르지 않기 위해서는 스카브 코랄과 융합해야 한다고 한다. 하지만 렌턴은 유레카와 함께 공격을 막겠다고 하고 스카브 코랄은 렌턴이 공격을 막는 것을 기다리겠다고 다이안을 통해서 전한다. 한편 듀이는 모든 준비를 마치고 사령 클러스트를 공격하기 위해 카운트다운을 시작한다.

결국 사령 클러스트가 공격당하고 스카브에 큰 구멍이 생긴다. 그 틈으로 디엔드가 돌입하고 홀랜드는 디엔드를 막기 위해 추격한다. 그때 나타난 도미니크는 자신이 디엔드를 막고 아네모네를 설득하게 해달라고 한다. 결국 스카브의 구멍이 닫히는 순간에 도미니크가 디엔드를 따라 들어간다. 한편 위에서 디엔드가 나타나는 것을 본 유레카와 렌턴은 디엔드와 싸우려고 하지만, 아네모네의 목소리를 듣게 되면서 아네모네를 구하려고 한다. 하지만 모든 것을 포기한 아네모네가 최후의 공격을 하려는 순간 나타난 도미니크에 의해 아네모네는 공격을 멈춘다. 도미니크와 아네모네는 서로의 마음을 전한다. 그러는 중에 듀이가 쏜 오라토리오 No. 8에 당할 뻔한 아네모네와 도미니크를 디엔드가 온몸으로 막는다.

듀이의 공격으로 인해 스카브 코랄은 데브리로 탑을 공격한다. 그리고 텐샨 산맥에 다시 큰 구멍이 생긴다. 듀이는 은하호만으로 그 구멍으로 들어가고 월광호도 슈퍼 이즈모함의 엄호 덕분에 함께 들어간다. 모든 게 끝났다고 생각한 렌턴은 자책하지만, 아이들과 유레카 덕분에 다시 자신들이 해야 할 일을 찾는다. 렌턴은 홀랜드에게 자신들이 스카브 코랄과 융합하겠다는 뜻을 밝힌다. 홀랜드는 렌턴의 결심을 존중하고 듀이를 막기 위해 은하호로 들어간다. 듀이는 그런 홀랜드를 비웃듯이 별과 인류의 존엄성을 지킨다는 명목하에 자신과 별을 파괴하려 한다.

듀이가 별 자체를 붕괴하기 위해 스스로 목숨을 끊자, 유레카와 아네모네는 듀이의 생명 반응과 연결된 목걸이가 부서지면서 괴로워한다. 그리고 유레카는 파괴된 사령 클러스터를 대신해서 스카브 코랄의 핵으로 빨려들어간다. 눈앞에서 유레카를 지키지 못하고 자책하는 렌턴. 그런 렌턴에게 홀랜드는 유레카가 아직 완전히 사령 클러스터가 되지 않았다는 것을 알려주고 유레카를 구하러 가자고 한다. 최단거리로 유레카가 있는 곳으로 향하는 월광호. 하지만 항체 코랄리안이 앞을 가로 막는다. 렌턴은 니르밧슈에 타고 유레카를 부른다. 그런 렌턴에게 응답하듯이 니르밧슈가 움직인다. 과연 렌턴은 유레카를 구하고 세상을 구할 수 있을 것인가.