熱愛衝浪的少年蘭頓，一直以成為像霍蘭德一樣的高手為目標。一天，一個叫的優萊卡女孩駕駛著LFO 來到他的面前，蘭頓對她一見鍾情。這天，蘭頓帶著爺爺交給他的阿彌陀啟動器前去尋找優萊卡…

蘭頓送了阿彌陀啟動器去給優萊卡，讓尼爾瓦修號真正甦醒…之後蘭頓受霍蘭德之邀，也因為蘭頓想要保護優萊卡的原故，決定跟著她們去月光州…

優萊卡以一架LFO殲滅州軍的KLF3機，蘭頓決定去月光州學習成為一個機械工程師，優萊卡帶著蘭頓回到月光州，但是月光州的成員卻瞧不起蘭頓…

蘭頓如願登上月光州，與崇拜的霍蘭德及其他成員生活在一起，但是，一直看不到大家衝浪讓他非常失望，這天哈普接了一個秘密運送的案子必須穿過危險的奧爾蘭多溪谷，蘭頓終於如願看到月光州成員的衝浪英姿…

月光號成員分成幾組到鎮上去採購生活必需品，因為瑞登喜歡優萊卡的事被塔荷無意中得知，因此威脅蘭頓要幫她提東西，沒想到半路上被一群小混混找麻煩，蘭頓英勇拯救塔荷，最後因霍蘭德的幫忙才脫離險境，原來霍蘭德喜歡塔荷…

優萊卡的孩子們為了媽媽不被搶走，想盡辦法惡整蘭頓，卻不小心將月光號的程式破壞，將尼爾瓦修啟動半路遇到敵軍，蘭頓極力保護小孩，最後優萊卡營救了大家…蘭頓被關進禁閉室但卻贏得了小朋友的友誼…

月光州成員有不成文規定，要派新人執行任務但其實是整人遊戲。這次安排蘭頓出擊，而負責拍攝過程的是一直被當新人欺負的蒙多吉。蒙多吉對蘭頓的熱情直率非常忌妒，而大家對蘭頓在這次行動中不顧一切的努力更加激賞…

霍蘭德為了賞金捕捉了反政府組織的重要人物提芙朵莉，優萊卡急著到處尋找迷路了的梅蒂兒，沒想到是被提芙朵莉帶回照顧，一夥人在提芙朵莉家碰個正著…在霍蘭德一手交錢一手交人的同時，蘭頓和優萊卡卻出手拯救了提芙朵莉…

將補陀落的提芙朵莉婆婆放下在席坦迪司．代魯．席英盧之後，蘭頓發現了原來月光號是軍方的特種部隊，虐殺了很多無辜的人們，優萊卡非常想要做補償，在蘭頓的鼓勵下優萊卡拯救了反政府組織的提芙朵莉…

因為發生了地殼變動，在那個地方將會發生非常巨大厲害的浪頭，雖然非常遙遠但霍蘭德決定帶領大家到那裡去…在每天的相處之中蘭頓發現自己更加愛上了優萊卡已經無法再隱藏…

蘭頓看大家一提到珊瑚機質這個名字就興奮得不得了，在取得霍蘭德的同意後，也登上尼爾瓦修出去應戰，誰知就與極似尼爾瓦修的TheEnd正面衝撞，他和優萊卡會有什麼發展呢…

正當蘭頓，優萊卡與TheEnd的駕駛員：阿蓮莫蓮在珊瑚機質雲衝撞時，魂魄之間似乎有了某種交集，三個人在此相遇。究竟意味著什麼不得而知，但在蘭頓再次碰到優萊卡時，尼爾瓦修才又恢復了正常運作…

尼爾瓦修和The End同時墜落，為了挽救安妮莫奈和優萊卡的性命，多米尼克與蘭頓一起來到鎮上找尋藥物，就在回返墜落地點時，軍方和月光州的人馬都前來回收各自的人馬，蘭頓仍然未從多米尼克和霍蘭德口中得知這一切是怎麼回事…

與軍方戰鬥後，月光號受到相當嚴重的損傷，也因此只能維持在低空飛行狀態。優萊卡當時所受到的傷害，也漸漸恢復當中。此時，在多米尼克的自我反省和分析下，剖析過去尼爾瓦修和月光州號成員的所有行徑後…

這次月光號上興起一股健康風潮，大家為了健康食品，投下了不少錢，這天又想吃世界三大健康食品之一的龐茶果，蘭頓領了特別的許可來到小時候熟悉的小鎮，馬修和優萊卡卻被自己的舅舅當成通緝犯通報給軍方抓了起來…

為了修復月光號，蘭頓一行人找到一處軍方的廢棄洞窟，眾人也開始在洞窟內找尋食物和備用的零件，蘭頓和優萊卡原本就因為駕駛尼爾瓦修有了一點心結，蘭頓在隱隱的夢境中向優萊卡道歉，原來一切並不是夢…

月光號遲遲不能修好，就無法工作賺錢填飽一大夥人的肚子，為了能盡快修復，一行人找到健吾從前的老友艾德蒙之子─尼爾幫忙，收集了飛魚之後的確製造出一大批精良的薄膜，修復工作眼看可以成形了…

正當月光號還在修復期間，蘭頓遇到了一直在這個礦坑中挖掘的布利塔尼先生，原本相處得極為融洽，沒想到他在看到尼爾瓦修之後就完全變了個樣，甚至將它偷走，說是要給他的兒子看…

月光號的破損總算修復完成、眼看著軍方又已經派兵前來突擊，但是優萊卡突然像失心了一樣將尼爾瓦修開走，被一處飽含光粒子礦脈的岩壁包圍，所幸有瑞登及時相救，此時傳說中的七色湧泉發生，大量的光粒子波也讓月光號得以發射駛離該地…

優萊卡被岩液包覆的狀況連米莎看了，都判斷現代醫學恐怕束手無策。蘭頓為了帶優萊卡上大醫院一事和霍蘭德起了爭執，霍蘭德卻在此時執意前去搭救一名高僧，希望藉由他的手來救優萊卡…

因為優萊卡的遭遇，蘭頓成了眾矢之的，無法接受自己殺人的事實，加上優萊卡拒絕他的打擊，蘭頓毅然離開了月光號，但是未來的他該何去何從呢…

出走的蘭頓在身無分文不知何去何從的情況下，因緣際會遇上了查爾斯和蕾伊，查爾斯無視世人眼光，我行我素的想法讓蘭頓佩服不已，他和蕾伊帶給他的溫暖，是前所未有的…

蘭頓隨著查爾斯以及蕾伊前往收貨地點，到達後才得知要運送的對像是一名病重的少女。因為無法接受病患雙親放棄拯救女兒的機會，蘭頓決定用自己的方式拯救該名少女的生命。另一方面，霍蘭德等人則是因為不知該如何將蘭頓已經離開的事實告知優萊卡而傷透腦筋…

對於查爾斯與蕾伊要求自己改口叫爸爸媽媽一事，讓蘭頓感動不已。然而，當眾人還沉浸在這股親情漩渦之際，卻因為蘭頓無意間道出自己曾是月光州成員一事，讓難得的幸福時刻瞬間崩潰。另一方面，因為不忍目睹優萊卡飽受相思之苦，霍蘭德決定將蘭頓帶回來…

為了回到月光號，為了見到優萊卡，離開查爾斯夫婦的蘭頓卻昏厥在一處人煙罕至的地方，後來所幸被一個名叫威廉的男子所救。看到不因妻子罹患絕望病而放棄的威廉，再加上威廉的開導，總算讓一度感到迷惘的蘭頓再度踏上了尋找優萊卡的旅程…

為了告知月光號即將面臨的危機，蘭頓馬不停蹄地趕回了月光號，但是等不及的艾蕾卡卻已經偷偷拿著吉潔特的滑空板獨自外出找尋瑞登，甚至在中途遭遇查爾斯與蕾伊的狙擊。所幸最後月光號有驚無險，而優萊卡也及時被蘭頓所救，兩人終於如願以償見到了對方…

查爾斯與蕾伊兩人獨自入侵月光號，不過霍蘭德早已預料到兩人的行動，並且做好了應戰的準備。在一場激戰過後，查爾斯雖為霍蘭德所殺，但卻仍在嚥下最後一口氣之前開槍打中了霍蘭德的腿部。另一方面，蕾伊則是被塔爾荷所擒，在得知查爾斯身亡的消息後，蕾伊要求見他最後一面。但令人意外的是，蕾伊竟伺機在查爾斯的屍體上安裝炸彈，並趁亂逃離了月光號…

在查爾斯死後，傷心欲絕的蕾伊終於展開報復行動。儘管蘭頓聲聲呼喚，希望蕾伊能夠及時回頭，但蕾伊卻說一切都已經太遲。最後，月光號成功擊沉了白鳥號，但是舊傷未癒的霍蘭德卻因此傷得更重，需要接受蘭頓的緊急輸血…

看著因為重傷而沉睡不醒的霍蘭德，再也按捺不住的塔荷終於決定讓蘭頓明白所有的真相，包括月光州成立的目的以及艾蕾卡是人型珊瑚機質等等。另一方面，為了探查消息，多米尼克前往鈴之森拜訪蘭頓的爺爺，最後卻反而被老人家的誠摯所感動…

為了修覆尼爾瓦修，月光州成員決定前往具備高度技術能力的特雷加技研所，而所長在目睹零式的進化後，也答應提供協助。待在技研所的這段期間，蘭頓與優萊卡接受桑妮亞的邀請，欣賞所長所制作的電影，藉此了解零式出土當時的情況。另一方面，塔荷也終於下定決心，讓自己有所改變…

在菲勒斯市遭到毀滅後，有鑑於杜威已然展開行動，霍蘭德決定立刻取得尼爾瓦修Spec2的滑空板。另一方面，負責為尼爾瓦修製造滑空板的阿克賽爾則因為事蹟敗露而遭到軍方的追擊，所幸最後仍順利將滑空板送上光脈，而深信爺爺必然能夠成功的蘭頓也不負眾望取得了滑空板…

親眼目睹城市遭到毀滅的慘狀後，讓優萊卡的情緒一直都很低落。在塔爾荷的協助下，蘭頓與優萊卡一起搭上了長型滑空板。另一方面，在掌握諾魯布大師的行踪後，霍蘭德打算解散月光州，獨自前往首都拯救諾魯布大師，並表示不論大家決定離開或留下，他都會尊重眾人的選擇……

得知諾魯布大師一個人獨自出現在首都後，為了避免諾魯布與首都同歸於盡，月光州成員決定採取彈道飛行方式火速趕往首都。而霍蘭德也在這個時候，對蘭頓與優萊卡說出自己曾經在天空之都與諾魯布大師交談過的往事，以及諾魯布大師的想法……

為了救出諾魯布大師，月光州一行人展開了行動。但在行動過程中，優萊卡卻因為親眼目睹民眾匆忙避難的景象而萌生退縮之意，尼爾瓦修也因此一度失去聯絡。不過霍蘭德等人還是決定貫徹到底，最後也順利找到諾魯布的所在之處。

看到蘭頓無法接受尼爾瓦修在戰鬥時所留下的傷痕，讓優萊卡對自己額頭的傷口感到耿耿於懷，為了討蘭頓的歡心，優萊卡接受吉潔特的建議，打算藉由化妝讓自己變得更美，沒想到化妝後卻嚇哭了孩子們，霍蘭德更因此暈了過去…

為了采訪，史托納要求格雷以科學家的角度發表對珊瑚巖的看法，而諾魯布則是站在宗教的角度發表論述。而在此同時，杜威則是繼續藉由發射Orange制造騷動，並播放俱胝級攻擊人類的畫面，藉此讓群眾支持自己殲滅珊瑚機質的計劃…

無意間得知優萊卡認識自己的父親卻一直沒告訴自己，讓蘭頓一時之間難以接受，脫口而出的氣話也對想變成人類的優萊卡造成了傷害。另一方面，杜威則是發動政變，並殺害三賢人之中的兩人，而唯一的倖存者蔻達則是主動對杜威表示臣服…

眼看GreatWall就在眼前，霍蘭德卻提議進行足球比賽，還說這是諾魯布的指示，更是突破GreatWall的一項考驗。而月光州的成員儘管再怎麼不願意，還是一邊揣測諾魯布真正的意圖，一邊接受這場考驗。另一方面，杜威則是昭告天下，表示即將率領鳳蝶部隊進軍珊瑚機質的大本營…

諾魯布終於回到睽違已久的補陀落宮，而為了讓蘭頓與優萊卡見到佐久夜，眾人費盡心思為尼爾瓦修喬裝，準備伺機潛入，但卻沒有人知道梅蒂兒等孩子們早已藏身其中，而原本天衣無縫的潛入計畫也因為這3個孩子而洩了底。不過最後，蘭頓等人還是在諾魯布的帶領下順利到達佐久夜的所在之處…

為了讓蘭頓等人順利見到佐久夜，霍蘭德等人決定死守防線。另一方面，蘭頓等人雖然順利到達佐久夜的所在地，但見到的卻是一朵巨大的蓮花花苞。接著，優萊卡獨自一人進入了花苞之中，她不僅見到了佐久夜，也傾聽佐久夜敘述自己與諾魯布的過去種種；而待在花苞之外的諾魯布，同樣也向蘭頓提及往事……

為了優萊卡與蘭頓，諾魯布與佐久夜決定一起開啟GreatWall的Zone；而月光州成員也將未來的希望全部寄託在優萊卡與蘭頓身上，準備奮力一搏，讓兩人能夠順利進入Zone之內。至於杜威則是命人再次發射Orange，並且派出安妮莫奈進行追擊…

大氣圈外，霍蘭德仍然在與敵人不懈地戰鬥； 地面上，杜威與安妮莫奈去參加一個舞會，杜威吐露了“弒親儀式”和他的身世。而多米尼克正在為安妮莫奈的痛苦不知所措，又得到了要選拔新一任尼爾瓦修終式的駕駛員的消息…… 另一方面，蘭頓和優萊卡成功地進入了ZONE內部，並且發現所謂約束之地其實就是地球。他們被困在了一處海灘……

霍蘭德透支著自己的身體來阻止杜威的計劃…… 多米尼克在前往瓦爾薩瓦的途中目睹了戰爭所導致的慘狀，對自己的使命發生了懷疑。來到瓦爾薩瓦的新駕駛員選拔地點，他又目睹了慘絕人寰的選拔實驗，使得他更加地懷疑自己…… 蘭頓和優萊卡以及孩子們則始終被困在海灘上，其間，孩子們似乎又和蘭頓起了爭執；正當蘭頓為現況發愁時，優萊卡又發生了異變……

RAYOUT上登載的事實讓人們開始清醒地認識到正在發生的巨變；而多米尼克所在艦隊的旗艦艦長決定和月光洲進行交涉來確認世界的異變。經過交涉，艦長決定和月光洲合作，保護這顆星球…… 優萊卡的異變仍然在繼續，她因為害怕蘭頓和孩子們難以接受自己的變化而痛苦難過，蘭頓為了安慰她砸傷了自己的手臂；而莫里斯此時卻向蘭頓舉起了槍：把媽媽還給我。優萊卡用自己的愛感動了莫里斯放下槍，終於讓蘭頓和莫里斯冰釋前嫌。第二天早晨，孩子們為蘭頓和優萊卡找來食物，卻發現蘭頓生病暈倒了……

蘭頓一病不起，更糟糕的是暴風雨突然襲來；優萊卡的異變進一步加深，甚至長出了翅膀，她變得有點絕望。但是孩子們用行動表明了他們的愛，讓優萊卡的心溫暖起來。第二天，蘭頓緩緩醒來，而像徵著希望的陽光也重新照射下來…… 月光洲和多米尼克所在的戰艦結成聯盟，決心以一己之力反抗錯誤的ORANGE計劃拯救世界。為了表達決心，艦長要求把戰艦塗成紅色…… 然而，杜伊的邪惡計劃依然在進行，珊瑚礁和世界危在旦夕……

蘭頓和優萊卡等人終於進入了珊瑚礁中心，裡面是珊瑚礁和自願留下的人們共享意識的圖書館，裡面的藏書更是可以讓人們共享知識。在其中，蘭頓遇到了久違的姐姐以及從未謀面的父親。在獲知了珊瑚礁、地球、人類的歷史，和珊瑚礁企圖同人類交流乃至共存的願望後，蘭頓決心阻止杜伊毀滅珊瑚礁乃至毀滅世界的計劃，得到了父親和姐姐的支持，最終的戰鬥即將開始……

杜伊使用最強的激光打擊ZONE,,在地上打出了一個極深的洞，因為多米尼克的離開而終於意識到自己的感情的安妮莫奈，在絕望中按照杜伊的命令駕駛終式衝進了洞口，多米尼克為阻止終式，駕駛小艇衝進即將閉合的洞口…… 多米尼克終於見到了安妮莫奈，兩個人相擁而泣，約定終生，但是杜伊的終極照射打擊下來，毀掉了珊瑚礁的中心，而終式為了保護多米尼克和安妮莫奈，也消失在了光芒中……

得了絕望病的人其實都是與珊瑚礁的中心連接著意識和知識的人，在珊瑚礁中心毀滅後，他們也解脫了出來，然而，因為珊瑚礁中心的被毀，天空已經開始崩裂了…… 杜伊煽動軍隊繼續向打開的洞口進攻，與月光洲聯盟的出雲號決心阻擋杜伊的軍隊，以掩護月光號前去救多米尼克一家和蘭頓一家…… 蘭頓等人決定成為新的司令簇，作為珊瑚礁的中心阻止珊瑚礁的暴走。杜伊在最後用自殺下了最後一步棋，他的心肺功能與安妮莫奈和優萊卡項圈相連，並在項圈內設下自毀程序，一旦兩人中的任何一個成為代理司令簇，自毀程序就會輸入珊瑚礁，從而導致珊瑚礁乃至地球的毀滅……

蘭頓為了和優萊卡在一起，放棄了在地球上的生活，就好像優萊卡放棄了自己的種族一樣，他們為了能夠在一起，一起在另外一個星球上生活，優萊卡的三個孩子，也和蘭頓的爺爺在一起。最後，有一天森林裡閃爍著綠色的光，那是……