距今大约数亿年之前，地球上有著比现在还要高度且进步的文明和繁荣，于是人类开始制造足以代表当时科学程度的超星神。星神在被持有强大火力连合军的激烈攻击之下，终于节节败退，坠落地球，连合军的攻击让地球的文明彻底毁灭，人类因此被灭亡……重新诞生的人类创造了新的文明世界，超星神苏醒，再度活动于世间……

沉睡在天马身体里的战士遗传因子终于觉醒了，原来天马就是射手赛沙。花梨博士和堀口博士的人马都在争取天马的加入，无奈天马不愿意，让双方人马疲于奔命。可琳博士又找来了仁，凑足了三个风向属性的战士，风向战士们终于集结完毕，起动了超星神中的多鲁库鲁斯，这样的结果终于让天马下定决心加入堀口博士的行列……

弓道天马决定继承超古代的遗传因子，以射手赛沙的身份加入星神战士的战斗行列。紧接著第三位火向战士也现身了，他就是未加的弟弟狮堂剑。他以狮子赛沙的身份觉醒，加入了星神战士的战斗行列。三位火向星神聚集，超星神火鸟星神伽楼罗终于被启动了……

天马、未加和剑三位火向战士聚集了，终于被起动的超星神火鸟星神，迎战风向战士所操纵的超星神飓风星神。但是，飓风星神的强大攻击力制服了火鸟星神。这一切都被意外发现的金牛赛沙看见了，可琳为了除掉火向战士，居然对金牛赛沙撒谎。不知情的金牛赛沙挑战射手赛沙，差一点就和射手赛沙一起被双子赛沙给消灭掉……

运钞车抢案的嫌疑犯淳也一路逃亡，她的女朋友小兰也在警方的追捕行列之中。可琳帮助小兰逃走，原来小兰是处女赛沙。花梨为了要网罗她，费尽心思要将她留住。追赶淳也和小兰的警察豪，原来他是山羊赛沙，天马和未加已经和他取得联系……

警方终于找到淳也，并且为他疗伤。放下心来的小兰专心地变身成为处女赛沙，她联合了金牛赛沙和山羊赛沙，起动了大地星神，终于打败了风向战士的飓风星神。可是，变身为金牛赛沙的直人却在任务结束之后又消失无踪……

佐伯花梨用卑鄙的手段暗中攻击天马，未料天马的身边还有一个不相干的无辜受害者万纪。洸和凉子在得知这件事情之后，心生不满。花梨却一意孤行，认为要达成目的，就必需在一定的程度上牺牲某些人……

堀口博士查到了佐伯花梨的身份，原来现在的花梨博士根本就是冒充的人，她在背后操纵风向战士的动机很可疑。花梨害怕身份被揭穿，于是想要消灭堀口。幸好剑及时赶到，堀口博士才幸免于难，但却因此展开了火向和风向战士的战斗。在战斗中火鸟星神战败，却被天上突然出现的巨龙带走……

被御园木叫出去的堀口博士失踪了，大家开始分头寻找他的行踪。不信任可琳的凉子离开了花梨，仁就像跟屁虫一般地陪著她。但是谁也没想到，可琳的真面目居然是亚克隆人，看过她真面目的凉子决定加入未加一行人，悍卫宝贵的地球……

凉子和仁成为火向及大地战士的伙伴之后，打算重新再对洸进行劝说。洸在看见可琳的真面目之后，仍旧不相信花梨会是想要攻击地球的亚克隆人。但在亲眼目睹花梨袭击射手赛沙时，他却做出了惊人的举动……

花梨变成的亚克隆人居然在死亡后又复活过来，这个消息让所有的星神战士感觉战栗不已。堀口博士通知星神战士亚克隆人出现在运动场，连忙赶到的星神战士却看见变身为庞大怪兽的亚克隆人，莫非这就是亚克隆人的真面目……

新的超星神海王星神出现在神鲸岛，拥有启动海王星神能力的三位水向战士也现身了。但是他们尚未了解自己的使命和责任，为了了解星神战士的一切，天蝎找到天马希望能够一探究竟。在不熟识的情况下，双方人马展开误会的战斗……而怪异的外星人拉迪亚和露西亚，更是虎视眈眈打著海王星神的主意……

因柏达星人露西亚及拉迪亚一心要消灭星神战士，进而毁灭海王星神，于是和星神战士展开一场厮杀……水向战士为了探究星神战士的真正目的和使命，跟在未加和天马身后。这样的举动引起天马不满，对水向战士产生心结……

水向战士出现了，他们分别是天蝎赛沙—反町诚、巨蟹赛沙—三上辰平和双鱼赛沙——鱼住爱。但是，巨蟹赛沙辰平却迟迟无法觉醒，心急的他想要藉由和凉子对战达到觉醒的目的，可是却没有成功，他是否能够顺利的觉醒，和其他两位伙伴一起启动属于他们的超星神——海王星神呢？

因柏达星人拉迪亚死在星神战士的手中，剩下来的露西亚一心想要帮拉迪亚报仇，却因洛矶亚另有计划，所以无法实行。陪伴在和久井博士身边的星山先生，居然就是洛矶亚。堀口博士一行是否能解决这个棘手的问题呢……

从小受人援助的孤儿小爱，一心希望能够和心目中的“熊博士”见面。未料，中途杀出了因柏达星人露西亚和洛矶亚，在战斗中博士负伤，洛矶亚也成功地启动了巨灵星神……究竟和久井博士的真实身份是什么呢？

因柏达星人洛矶亚和露西亚终于从和久井博士的手中骗取了控制器，启动了巨灵星神。火向战士和水向战士共同召唤了火鸟星神及海王星神，和巨灵星神展开了一场激烈的对战……

“孤独的狼”——金牛星神松坂直人，在小兰的苦苦哀求下，仍不愿意回到星神战士的身边，和他们一起战斗。露西亚和洛矶亚来袭，打伤了健太，让直人非常的自责。在凉子的劝说及健太的约定下，直人重回星神战士的身边，和大地战士一起召唤大地星神，击退了巨灵星神……

因为小爱的爱心，让好不容易可以逮到露西亚的机会成了泡影。同是水向战士的诚和辰平心里很不舒服，言语之中不乏有责怪小爱的意思。这样的结果让小爱非常的难过，决定将自己当成诱饵，引出露西亚，查出洛矶亚的去向……

在激烈的战斗中，因柏达星人露西亚受了伤。星神战士们虽想帮她治疗，却因外星人和地球人身体构造不同而作罢。洛矶亚冒著巨灵星神控制器有可能被星神战士抢走的危险，来到堀口博士的研究所拯救露西亚……

在激烈的战斗下，洛矶亚失去了露西亚，而巨灵星神的控制器也落入了星神战士的手中。原来巨灵星神是为了要让四位超星神结合一体的核心机器人，和它结合后的机器人名为合神兽王，是人类手中的王牌兵器……

洛矶亚的上司告诉他，奥可夫·马纳夫的最高会议结果已经出炉了。他们在地球上的作战失败，一切都结束了。可是洛矶亚对于拉迪亚和露西亚的死心有不甘，决心要为他们报仇。于是他从宇宙召来了大机器人大洛矶安，准备挑战天马……

因柏达星人洛矶亚召来了大洛矶安对付星神战士。星神战士团结一致，一起召唤了火鸟星神、飓风星神、大地星神、海王星神，并且让它们合为一体，成为合神兽王。落败的洛矶亚打算带著天马同归于尽，未料竟在最后一刻放过了天马，自己走向冥途……

平静而和平的日子，让星神战士好不容易有了偷闲的时间。大家聚在一起谈论起自己变成星神战士的故事和契机。博士的学妹来访，没想到她来访的原因却是要求博士要放弃星神战士，原来她被外星人给附身了。在危急之际，幸得星神战士相助，化解了一场无谓的战争……

外星人比述星人成了地球最新的侵略者，他们打着把人类转送到异次元空间，然后占领地球的算盘，导致地方上无辜失踪的人越来越多。天马一行人分头去追踪事情的原由，不料天马和未加两人果真被外星人转送到了异次元空间……他们该如何脱困呢？

比述星人想要攻打地球，将所有地球人都转送到异次元空间去，然后再加以消灭。星神战士得知这个阴谋之后，四处寻找比述星人的秘密基地，准备破坏这个恶魔计划。不料计高一筹的比述星人，居然安排麻美充当间谍在星神战士身边通风报信，星神战士是否能发现麻美也是比述星人呢？

椿总部长瞒著国家，偷偷在私底下进行亚克隆人的复制工作。他希望自己的国家能够拥有全世界最强大的武器，才有资格领导全世界往前走。但是，人类并无法完全了解外星人的生命力，他所复制的亚克隆人终于发狂出走了……

吸取了水晶体得到强大能量的复制亚克隆人从研究所逃走了。椿总部长终于知道自己做了一件傻事，他向御园木道歉。为了打败复制亚克隆人，御园木让冲田出动夕阳，并撑到星神战士召唤超星神。在大家同心协力之下，终于打败了复制亚克隆人……

史顿星人扎多附身在凉子的朋友巧身上。虽然他和另一位异星人拉蒙同是史顿星人，却和拉蒙唱反调，拼命的保护地球，不让拉蒙破坏地球。凉子在巧化为星尘之前，终于如愿对他解释当初自己失约的理由，希望得到巧的谅解，了结自己的心头之闷……

IQ300，18岁的天才博士，诺贝尔物理奖的得奖人史提西·艾亚，来到日本访问却失踪，让日本政府伤透脑筋，只得找来星神战士帮忙寻找踪迹。因为艾亚的手上握有水晶板的碎片，成为外星人狙击的目标。豪在偶然的机会下遇见艾亚，两人之间发生了淡淡的情愫……

太空梭飞行员若杉先生在外太空维修太空梭时被超古代时期的兵士菲拉多给附身了，回地球之后若杉先生变得异常无比，吓坏了他的女儿莉莎。御园木接到上头的命令要逮捕若杉先生，若逮捕不行就要杀了他。天马认为应该想办法拯救他而不是消灭他，于是他们展开了救援行动……

星神战士们都以为洛矶亚已经死了，没想到满怀复仇之心的他却复活了。他从国防部夺回大洛矶安攻击星神战士，目的是要打败天马——射手赛沙。小兰的脑袋中拷贝著水晶板上所记录的资料，她们得到了新的战力辅助战机，用新的战力迎战的他们是否能够大获全胜呢？

洛矶亚这次利用诚在当战地记者时的前辈来打击诚，让诚对自己成为星神战士的决定产生怀疑。他还绑走了凉子和兰，想要利用离间的方式挑战星神战士。幸好星神战士们还是能够团结一致，共同击退敌人。

优子的舞伴慎志不见了，优子担心不已，跑来找小兰求救。小兰一行追踪的结果是加达星人把慎志一行人给绑走了，他的目的是要把慎志他们制成标本，提供给奥可夫·马纳夫开发取代基鲁战士的兵器。在战斗之中，优子伤了脚，恐怕无法再跳舞。小兰和优子的舞蹈梦想又会何去何从呢……

阿振迪星人富里特为了追捕一级嫌犯来到了地球，为了维持生命借用了仁的朋友真司的身体。仁为了不让真司的身体受到伤害，帮助富里特一起追捕克里米尼。原来富里特的伙伴被他给杀了，所以富里特发誓一定要帮伙伴报仇……

因为海豚的超音波人们一个接著一个倒下，国防部为了解决事件，关闭了危险的水族馆。不过深信海豚不会做坏事的辰平为了解救少女，一个人闯入了关闭的水族馆……

原本以为机器人奥美加是星神战士们的夥伴，却在小兰脑海中出现水晶板的记忆后解开了这个谜。原来奥美加是奥可夫·马纳夫的杰作，他曾在四亿年前和星神战士展开对战，被留在地球的目的也是为了再度杀光星神战士们……

机器人奥美加不想和星神战士对战，于是回去向奥可夫·马纳夫报告，希望能够化解他和星神战士间的战斗。不料，奥可夫·马纳夫切断了他的独立思考程式，硬要他执行杀光星神战士们的指令。在最后时刻他选择自爆，结束了他和星神战士间的战斗……

奥可夫·马纳夫的最高干部贝鲁杰思要洛矶亚破坏水晶板，这样才能让他复活。于是洛矶亚抓走了堀口博士和未加，威胁天马要拿水晶板来换取两人的性命。但是水晶板已经变成国防部的最高机密，天马要如何将水晶板拿出去呢？他又要如何解救博士和未加呢？

洛矶亚打算从奥可夫·马纳夫的最高干部——贝鲁杰思手中把大洛矶安抢回来。不过在此之前，他必需打败天马。洛矶亚手上有未加当人质，这让星神战士们急得如热锅上的蚂蚁。这一次天马是否还是能够战胜洛矶亚呢？他能不能把未加平安无事的救出来呢？

贝鲁杰思派露卡前往地球，将波斯基杜唤醒。波斯基杜力量强大，具备各个超星神的能力。他先将天马和露卡打伤了以后，跑到小镇上吸取无辜镇民的生命，使得这个小镇的人都不见了。而天马为了使露卡免于被波斯基杜攻击负了伤，因此后来露卡报恩帮助天马疗伤。洸、仁和凉子到小镇上找寻波斯基杜，两边即将正面交锋。

波斯基杜是超古代生物，他有可能是超星神们的祖先，所以他才会每个超星神的招式。后来博士发现可以利用当初露卡将波斯基杜唤醒的胶囊来收服他，只要把波斯基杜再度收回至胶囊中即可。于是超星神们和波斯基杜来了一场大战，大战中天马又因为帮露卡阻挡一个攻击而受伤。露卡感动把自己的生命全给了天马，牺牲了自己。在众人的巨大牺牲下，波斯基杜是否能顺利被收服呢？

大家一直以为波斯基杜已经被收服，但是却万万没想到能够自我繁殖的他，还有其他分身在兜山继续为非作歹。于是大家出动到兜山去一起攻击他，但是他竟然操纵起火鸟星神，大家大吃一惊。同时兰从水晶板上面读出古代战争的真正原因并告诉了大家。究竟超古代战争的真相是什么呢？

抢走火鸟星神的波斯基杜，受到超星神钢西萨、里拜亚桑的猛烈攻击，把他逼出了火鸟星神。受了重伤的他只好在兜山的森林里吸取树木的生命力。大家在兜山上扎营，利用博士制造的感应器察觉到了他的所在。大家再一次同心协力攻击他，没想到波斯基杜竟然变得更强大。后来博士发现他的弱点在胸口，射手赛沙天马勇往直前刺伤他……究竟波斯基杜能否被收复呢？

贝鲁杰思派了一个叫做布莱顿的男人，假借维持和平的名义，要把拥有特殊能力的兰带走，后来甚至决定杀了她。他故意欺骗大家说兰是波斯基杜，只要兰离开，地球就能免于被攻击。不过最后还是被大家识破，于是大家一起攻击布莱顿和与他同流合污的阿鲁哥。但是没料到以为自己是波斯基杜的的兰，为了拯救大家痛苦的逃走了。

布莱顿继续说服大家以及兰，只要兰离开，就能够拯救地球。兰本身也一直在犹豫之中，虽然夥伴们都阻止她，但是她仍然一味的想要牺牲自己，只为了自己喜爱的夥伴们和整个地球。布莱顿开始发动怪兽攻击社区，逼大家交出兰。经过一番挣扎，大家仍然决定要一起并肩作战，绝不让兰一个人牺牲。

大家继续联合攻击特洛伊，但是特洛伊实在太强，甚至出动超星神都没有用。后来博士发现大家的心因为兰究竟要不要牺牲而变得四分五裂，所以没有办法赢得胜利。后来博士想办法让他们了解大家必须一条心，大家领悟了之后，再次整装出动。巨灵星神也前来帮忙，终于把特洛伊打败，而露比也获救。洛矶亚出现，帮助天马把布莱顿毁灭。

离奥可夫·马纳夫对地球的总攻击时间越来越近，国防省决定全面迎战。但是超星神们不希望远古时期同样的战争再度发生，可惜兰一直无法对奥可夫·马纳夫发出讯号。另外，奥可夫·马纳夫方面派了哥极到地球来杀掉露比。超星神们保护露比，洛矶亚也出现帮忙。在毫无办法之下，天马决定一个人前往奥可夫·马纳夫对谈。

贝鲁杰思派了强悍的宇宙怪兽——卡布雷翁到地球来对付超星神。卡布雷翁实在是太厉害，连五台超星神都打不过它（大赛沙合体被打中断。）。另外阿鲁哥又来取露比性命，这一次在阴错阳差之间竟然被他得逞，和露比一同葬身火窟。天马打算一人单独赴会奥可夫·马纳夫，却在途中被卡布雷翁射击，飞机爆炸。究竟天马是生是死呢？

卡布雷翁击落天马后对三个超星神（迦楼罗因为射手赛沙离开而不可以使用。）展开了攻击，四位超星神全力攻击也未见凑效，结果三个超星神一一战败。与此同时天马身处一个未知的空间，在那里他见到了露比，还见到了马纳夫的意识。天马与其多次交涉，马纳夫却一直认为地球人是波斯基杜的后代。后来马纳夫说只要格兰赛沙的意识与其通信就好。在11位赛沙全力保护兰的情况下，终于在千钧一发之际与其通信。12位格兰赛沙又集结了，最后一起合体打败了卡布雷翁。天马也与洛机亚冰释前嫌，12位赛沙失去了变身的能力，大家又和以前一样了。金牛赛沙与水瓶塞沙结婚，天枰赛沙扶老奶奶过马路，大家各有各的的快乐，继续幸福的生活下去……