고등학생인 오오스키 마사토는 게임내 공간으로 '전송'되어 플레이하는 새로운 MMO-RPG의 테스트 플레이어로 선정된다. 설명을 위해 방문한 시라세의 말도 듣는 둥 마는 둥 마사토는 현실과 작별하고 바로 게임 속으로 출발! 그런데 어째서인지 게임 세계에 엄마인 마마코도 함께 와 있어 마사토는 깜짝 놀란다. 마마코는 사랑하는 아들과 함께 모험을 할 수 있다며 천진난만하게 기뻐한다. 심지어 그녀의 일반공격은 치트급의 공격력을 가졌는데.

용사와 그 엄마로 등록된 마사토와 마마코는 '엄마 면접'으로 동료를 결정한다. 면접에서 상인인 포터는 건실하고 솔직한 느낌이라 마음에 들어 동료로 받아들인다. 다음, 현자인 와이즈의 이력서 사진에서 거슬리는 느낌을 받은 마사토는 서류를 거칠게 다루는데, 그 서류는 와이즈 자신이 변신한 것이었다. 거칠게 다뤄지자 화가 난 와이즈는 마사토를 전이마법으로 마을 밖으로 날려버리는데.

시라세로부터 마망촌 특수 퀘스트를 받은 마사토 일행은 장비를 사러 상점에 향한다. 그곳에서 마마코는 여러가지 장비를 걸쳐보고, 마사토는 대담한 엄마의 모습을 보고 머리를 쥐어잡게 되는데. 겨우 장비를 맞춘 일행은 마망촌에 도착하여 '밤의 여제'라는 마녀의 이야기를 듣게 된다.

밤의 여제의 정체는 놀랍게도 게임에서 싸우고 헤어진 와이즈의 어머니였다. 딸과 떨어지게 된 그녀는 자신의 취미대로 게임을 즐기로 있었던 것이다. 게다가 시스템을 개조하는 치트 능력을 사용하고 있는지 운영자 측의 시라세도 대응하지 못한다. 원래는 손해배상을 해야 하는 큰 문제지만 시라세는 와이즈와 밤의 여제가 화해할 수 있으면 넘어가주겠다고 한다. 건장한 청년들을 옥좌 대신해서 앉은 어머니의 방탕한 모습에 창피해 죽으려고 하는 와이즈는 그 제안을 받아들이고 마사토 일행도 와이즈에게 협력하기로 하는데.

마사토와 와이즈, 포타는 죠코 아카데미아의 학생이 되었다. 이곳에서 학원생활을 보내면 대량의 SP나 특별한 아이템 등을 입수할 수 있는 것이다. 학원에서 만난 메디라는 치유사 소녀는 내성적이고 청순한 아이로 마사토는 진정한 여주인공이 등장했다며 가슴이 뛴다. 그러나 메디의 어머니는 마사토들을 깔보는 까칠한 사람. 게다가 멋대로 수업참관을 하면서 마법을 써서 메디가 SP를 독점하게 한다. 메디 어머니의 부정행위에 와이즈와 포타는 '엄마에는 엄마'라며 집 보기 중인 마마코의 힘을 빌리자고 마사토에게 말하는데.

시라세의 사전 교섭으로 마마코도 학원에 등교하여 메디 어머니와 같이 마사토 일행의 수업을 참관하게 되었다. 자신의 마법이 통하지 않는 마마코에 대하여, 메디 어머니는 강한 라이벌 의식을 불태운다. 거기에 마마코는 아이템 제작 수업에서 실시한 조리실습에서 함께 요리를 시작하고, 수영 수업에서는 구형 학교 수영복 차림으로 수업에 참가하는 등 천진난만한 행동의 연속이다. 수영에서는 메디 어머니도 자신만만하여 섹시한 수영복으로 등장하지만, 마마코가 인기를 독차지하여 분노한다. 그런 메디 어머니를 보고 비웃으며 독설을 내뱉는 누군가의 목소리를 마사토가 듣게 되는데.

메디 어머니에게 독설을 한 사람은 메디였다. 겉으로는 어머니의 말을 순순히 따르는 메디였지만 속으로는 큰 우울함을 느끼고 있었던 것이다. 그것을 우연히 알게 된 마사토와 마마코는 어떻게든 해주고 싶다고 생각한다. 그때 학원에서는 축제가 열리게 된다. 보호자 참가도 가능하며 출품작 기획도 자유. 마사토 일행은 마마코의 요리를 파는 가게를 열기로 했다. 그 이야기를 들은 메디 어머니도 가게를 열기로 하고 마마코에게 가게의 매상으로 승부하자고 제안한다. 그 기세에 눌린 마마코는 승부를 승낙에 버리는데.

마사토는 메디로부터 어머니에 대한 본심을 들을 수 있었지만, 메디는 어머니의 앞에서는 본심을 억누르고 순종해 버린다. 와이즈와 포타도 메디를 격려해주고 친구가 되려고 하지만, 딸을 우수하게 만들어 '1등 엄마'가 되고 싶다고 생각하는 메디 어머니는 메디에게 친구는 필요 없다고 말한다. 어머니의 뜨거운 교육열이 자기만족이었다는 것을 알게 되어 슬픔에 빠진 메디는 억눌러 오던 감정을 폭발시키고 흉포한 드래건으로 변한다! 폭주하는 메디를 멈추려 하는 마사토 일행. 하지만 메디 어머니는. 이런 상황이 되어서도 '1등 엄마'를 고집하며 마마코에게 도전하는데.

메디도 마사토 일행의 파티에 합류하게 되었다. 그러던 중 일행에게 새로운 타워 던전을 공략하면 어떤 소원이라도 이루어진다는 정보가 흘러들어온다. 던전을 공략해서 마마코보다 강한 힘을 손에 넣기 위해 마사토 일행은 던전이 있는 해변 마을 짱카로 향한다. 도착하자마자 어머니 집단에 포위 당해 '우리 아이를 찾아주세요'라는 요청을 받지만, 운영진인 시라세는 그런 이벤트는 준비한 적이 없다고 한다. 그래서 일행은 시라세와 함께 던전을 조사하러 간다. 함정과 몬스터의 공격을 피해 전진하는 마사토 일행의 앞에 갑자기 검사의 복장을 한 소녀가 나타나는데.

마사토 일행의 앞을 가로막은 것은 반역 조직 리베레의 사천왕 중 한 명이었다 자신을 '모역의 아만테'라 소개하며 던전 공략을 위해 마을의 모험자를 부하로 만들었다고 묻지도 않은 것을 설명해주는 아만테. 마사토 일행은 아만테로부터 모험자들을 해방시키기 위해서는 많은 동료가 필요하다고 느껴서 일시 후퇴한다. 그리고 마을에서 '엄마와 함께' 길드를 개설해서 동료 모집을 시작한다. 하지만 아만테의 부하인 포치 일당이 방해공작을 걸어온다. 그들은 폭탄으로 마을이 파괴당하는 걸 보고 싶지 않다면 어떤 요구를 들어달라고 마마코에게 다가오는데.

마마코의 모성에 의해 마음을 고쳐먹은 포치 일행은 각자의 어머니가 기다리는 곳으로 돌아갔다. 포치의 어머니는 마마코와 마사토에 대한 감사의 의미로 어머니 동료들과 함께 길드에 가세하여 함께 타워 던전 공략에 나선다. 이렇게 결성된 어머니들로 이루어진 파티는 마을 부녀회 같은 느낌을 감출 수가 없다. 모험의 긴장감이 결여된 분위기에서 던전으로 돌입한 일행의 앞에 기다리다 지친 아만테가 나타나서 어째선지 마마코와 설거지나 빨래 대결을 하게 되는데!?

순조롭게 던전을 나아가는 마사토 일행. 도중에 합류한 포치로부터 아만테가 던전을 공략해서 '이 세상의 어머니들을 한 사람도 남김없이 없앤다'라는 소원을 빌 것이란 사실을 알게 된다. 한편, 아만테는 이미 정상인 100계층에 도착해서 마지막 보스를 쓰러뜨렸지만 소원을 이루는 방에는 들어가지 않고 있었다. 그곳에 마사토 일행이 나타나서 그대로 아만테와 대결하게 된다. 전투 중 아만테는 마마코에게 마마코의 존재가 마사토로부터 가능성을 빼앗고 있다고 내뱉는다! 뜻하지 않게 동요하는 마마코. 그때 마사토는...