神話の時代、地球は人びとを狩り生体エネルギー“プラーナ”を摂取する“天翅”たちに支配されていた。

戦い最中、種族の隔たりを超えて愛しあう天翅アポロニアスと人間の女戦士セリアン。

だが、アポロニアスと恋仲だった天翅頭翅（トーマ）はスコルピオスという人間を誘惑し、裏切りの剣がアポロニアスに振りおろされた……。

それから1万2千年後――氷の中から復活した天翅たちは、神話獣を送りこんで人間狩りを再開した。

絶滅の危機に瀕した人類は、機械天使運用部隊“ディーバ”を組織し、“強攻型アクエリオン”で猛反撃に出た。

出撃したシルヴィアの前に現れたのは、勝ち誇ったように笑う最強の天翅頭翅（トーマ）であった。

そして、森に住む少年アポロとの出逢いが、シルヴィアとその仲間・麗花の心をかき乱す。

果たして彼は、アポロニアスの転生者なのか？

数々の想いが交錯する中で、ついに“創星の光”が金色に輝き、オリジナルのアクエリオンが姿を現した。

いま思い出せ、伝説の大いなるその名を！

創星合体が始まるとき、ふたたび“太陽の翼”が羽ばたく！

１万２千年の時を超え、ついに野生児アポロは覚醒した。天翅アポロニアスの魂と、真なる機械天使アクエリオンとともに……。地球防衛機構“ディーバ”に所属して戦うことになったアポロ。だが、伝説の英雄アポロニアスとあまりに異なる彼の粗野な言動に、ディーバのメンバーは違和感を隠せない。

その心の隙間をついて、人を狩る“堕天翅”の指揮官・頭翅（トーマ）は誘惑の魔手を差しむけ、人と人の絆を崩壊させようと奸計を実行に移した。裏切りの剣によって、傷つき血を流すアポロ。かつて堕天翅に魂を売ったスコルピオスの転生者のしわざなのか？疑惑の目はシルヴィアに向けられていく。

傷心のシルヴィアは、居た堪れず、ベクターマシンを駆って基地を飛び出してしまう。後を追うアポロは強制合体によって制止を試みるも、さらに麗花たちの追撃にあう。

そのときベクターマシンが激しい心の動きに反応し、人の内なる獣の姿へと変貌を遂げていく。

それを見て、ほくそ笑む頭翅。彼の目論む“翅の契り”とは……。天翅と人の戦いは激化し、空の高みを貫いて地軸を揺るがすレベルに高まっていく。

死闘の中で輝きを増し、驚愕の結果を産み出す“創星の光”。世界は新たなる生命を宿すのか、あるいはこのまま滅びの道をたどるのか？ すべての鍵は、《創星合体》に集約される！

日本の各地を旅する少年・月島シンは、立ち寄った伊豆で少女・河津ユノと運命的な出会いをする。それが引き金となり、ユノが持つ書物『創勢の書』が異変を起こした結果、ソーラーアクエリオンとアクエリオンEVOLが伊豆に出現する。事態を把握できないまま、ディーバのエレメントたちとネオ・ディーバのエレメントたちはお互いを敵と認識し、戦い始めてしまう。

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