在因互联网爆发性的普及而导致文字泛滥的现代。文字的世界“LOGOS世界”陷入了异常事态。打算毁灭现代文字文化的剑崎庄严，令LOGOS世界的“卷”之文字M.J.B.K化，使现实世界陷入混乱。自称救世主的少年灰吹阳，听到偶然遇到的绮声神心音口中说出的“世界的危机”这句话，于是强行驾驶Vector壹号机出击。在M.J.B.K的猛攻下，就在眼看要走投无路的时候，阳的愿望召唤出了某个文字。

神秘少年灰吹阳让AQUARION煌合体，并引发出文字之力。粗朵樱子为阳的力量感到惊讶，并选中他进入创声部。另一方面，被DEAVA捕获的月银舞亚，为了逃跑而前往Vector储存仓库。但她却在那里被清洁人员那具有统率力的行动所压倒，莫名其妙地开始帮忙清扫。此时，“病”之文字M.J.B.K化，这一影响也波及到了清洁人员们。看到大家痛苦的样子，舞亚决定以自己的意志出击。

创声部的新部员海凪花岚是当红的儿童偶像。她对任何人都展露出可爱的笑容，但灰吹阳却看穿了她这种态度背后的本质。此时，庄严令“梦”M.J.B.K化，并开始影响现实世界。在人们对梦想的心思变得狂热之时，花岚的母亲·兰子心中成为偶像的梦想也开始暴走。想要拯救母亲而出击的花岚，与隐藏在自己心底的真正梦想面对面。

阿佐谷最大的活动七夕祭近在眼前。创声部成员着手制作七夕祭的名产纸灯笼，但在樱子的强行提案下，他们决定展示朗读剧。在准备合宿的中途，心音向阳坦白了自己无法好好和人说话的心结。但阳却回答“正因为有你的声音，所以我才在这里”。就在心音为此感觉胸中心跳不止之时，“恋”之文字M.J.B.K化了。

作为七夕祭的奖品，创声部获得了伊豆住宿一晚旅行的四个名额。经过严格的猜拳，结果决定是舞亚、心音、花岚、翔子出发去旅行。舞亚在初次见到的大海以及与心音等人接触的过程中，开始展露出真正的笑容。与此同时，在SHIROBACO，努虫仍然不放弃女生们的泳装姿态。对此看不下去的樱子，特别下达了前往伊豆的许可。但在努虫眼前展开的是一片银装素裹的阿佐谷

　舞亚痛感到对于阳的调查毫无进展，于是开始对他的追踪调查。另一方面，樱子为了取得对DEAVA有利的情报而潜入NESTA，却出乎意料地与剑崎总再会……。

被“断”的M.J.B.K封印住了合体，陷入危机的阳和舞亚。阳召唤「结」的文字对抗，不过那个才是庄严的目标。暴走了的「结」的文字与无关的人联系信息，努虫和花岚的动画也无差别被扩散这样的异常事态。不久发展为起火骚乱，化作了「炎」的文字M.J.B.K。阳和舞亚试图使“炎”的文字正常化，但是总的vector出现在那里，实现了与M.J.B.K的融合。

努虫的哥哥土闻地之助，是担负落语界未来的天才相声家。虽然活动现场不同，但地之助却评价追求笑道的努虫是“笑虫”。就在那个时候，庄严的「虫」的文字M.J.B.K化。人们化为“学习狂”或“研究狂”。虽然有努虫和翼人出击，但瞬间被M.J.B.K吞噬，翼人成了“政治虫”。但是，不知为什么只有努虫没有受到影响。在困境中，努虫吐出了自己的真实心情。

醒来的舞亚不知为什么在无人的阿佐谷。虽然舞亚相信这种异常事态肯定是M.J.B.K（モジバケ）的影响……但是她没有能从这个空间逃出去的方法，被M.J.B.K显现的幻象迷惑。与总的约定、庄严的教导、创声部的大家的梦想……。虽然意识到自己只能为庄严而生存，但因为和阳的相遇，舞亚的心情开始动摇。但是，为了切断这个迷惑，神秘的影子向舞亚低声私语。

在阿佐谷神明宫的能乐殿，创声部决定挑战戏剧。心音是主题歌担当，不过，她决心申请主角。但是舞台一开始，心音就因为不能自如的表演失去了自信。另一方面，周围发生了失去“声音”的异常情况。其中只有能乐殿是戏剧产生的创声能力的屏障。为了取回“声音”，必须继续表演……。以能乐殿和M.J.B.K空间为舞台，创声部的双面作战开始了。

靠道理推进事物的翼人，对于阳那没有根据的行动显得很焦躁。为了打破依靠阳的现状，虽然制作了周密的作战立案书，但心情还是空转了。在翼人的脑海里浮现的是，因为过于认真和诚实只能过着笨拙的生活方式的父亲的身影……。虽然意识到自己不会像父亲那样失误，但翼人还是开始走着相同的生活方式。那个时候庄严在「漩涡」的文字中，感觉到了强大的M.J.B.K的出现。

为了解决掉阳，总和“离”的M.J.B.K融合出现。阳与舞亚，心音一起合体Aquarion飞天迎战,不过，「离」的文字的力量被心音们波及，强制使之解除合体。尽管如此，阳以vector单体对总施加突击，也不应该满足M.J.B.K的力量。在千钧一发之际，在M.J.B.K的攻击下保护了阳的vector的是翼人。没有对抗的方法，只是茫然的创声部的成员们。阳面临「成为救世主」的事的本质，决心只一个人出击的事。

总的绝望是巨大的文字“无”的M.J.B.K。“无”是带来虚无世界的可怕的M.J.B.K，世界所有的概念开始消失。庄严自己在LOGOS世界出现，向阳说明文字文明的愚蠢，不过，舞亚理解文字对人类来说是不可缺少的东西，坚定决心与庄严作战。另一方面，现实世界中各种各样的概念消失了，创声部的成员陷入绝望。最后留下的希望……是阳紧握着的某个文字。

和“无”的M.J.B.K的战斗已经过去了一个月。在制作报告书的樱子面前，出现了像少年一样的“人”M.J.B.K。樱子他们抱着疑问，在M.J.B.K中取名为“人”，接受了创声部。不久，人类开始展示将收到的文字原封不动地传达出去的特性。在文字容易扩散的现代，这种特性会招致意想不到的麻烦。但是樱子对文字的关联并没有绝望。有文字可以拯救的东西……。告诉我这一点的，未必是庄严的。

曾经流行的词语“死”蔓延的异常事态发生了。与此同时，本应曾经打败的M.J.B.K，却变成了小型尺寸，在现实世界复苏。这是“死”M.J.B.K引起的。根据樱子的指示，创声部急忙组成了小队。手上拿着在现实世界中体现创声能力的“Aquari pen”，开始驱逐M.J.B.K。但是，曾经享受着自己闪耀的时代的鹰志和裕次他们挡在创声部前。在这期间“死”的影响力也在扩大，死者也开始出现。

下落不明的总与Aquarion伤一起在Logos世界出现了。阳和舞亚用Aquerion煌对抗，但是被对面强大的力量击破了。总的情况明显和以前不同，充满着巨大的创声力。总从被“无”的M.J.B.K吞噬的战斗开始已经过了两个月，知道了自己的成长和被托付的想法。亡母真央的遗憾，对庄严的文字文化的怨恨，还有爱……。总的使命，就是阻挡着想要当救世主的阳，将他打得粉碎得体无完肤。对于“被选为创声力的人”，他已经不再犹豫了。

总放出的「无限总灰剑」，使Aquarion煌受到致命伤，vector壹号机爆炸了。总将阳留下的敌意，M.J.B.K化做「敌人」的文字，各地人们互相争吵的事态发生。翼人和努虫出击,不过那个影响力也侵蚀创声部的成员。阳擅自乘vector陆号机出击，但从机体和元素的相互性发挥力量也敌不过。已经没有办法打了吗——。就在那时，有什么人对阳说：“过来吧，为了吞噬……”。到底那个声音的主人是……。

翼人所在的圣创大学将举办学园祭。除了举办创声部的朗读剧公演以外，翼人还参加了辩论比赛。但是，比起“正确的意见”，在比赛上陷入了苦战。不撒谎的笨拙的翼人，无论如何也只能用正论来决胜负。同一时间，总把“谎言”的文字变成了M.J.B.K。阳和舞亚合体Aquarion灿迎战M.J.B.K，但是却被大的雾阻碍不能触及实体。为了消除虚构的雾的手段是……？

以阿佐谷为舞台的情侣活动举办日益临近。对作为参加奖品之一的王冠表现了兴趣的阳，强行将舞亚卷入参加。此外，努虫、翔子、心音等创声部的成员也抱着各自的想法参加了此次活动。情侣们不断地挑战着恋爱的考验。阳打算帮助对游戏棘手的舞亚，但是舞亚拒绝了，并告诉阳「今天你不可以救我」。舞亚对作为救世主对谁都伸出手的阳感到焦躁。

这样下去阳的存在就会消失……。因为NESTA留下的话而烦恼的舞亚，为了寻找保护阳的线索而四处奔走。在樱子和肯特的协助下前往政府资料室的舞亚，在那里触及到了“围绕文字的战争”的真实。拥有文字的东西和没有的东西的攻防，并且打了战斗终止符的Aquarion logos的存在……。但是最终，没能得到拯救阳的决定性的情报。舞亚决心潜入NESTA总部。在那里，舞亚找到了自己诞生的真正的意义……

日本政府完全被总持有的「创声之书」发出了的文字——「服从」的力量掌控着。SHIROBACO虽然被文字操纵的特殊部队占领，但樱子的机智启动了阳的饿号机，用它的力量使“从”无效化。并且在舞亚的帮助下，成功遥控发信号机。与阳汇合了的舞亚，合体Aquarion灿与总的Aquarion伤对峙。但是不能忍受阳的概念消失的舞亚，自己解除了合体，飞回了总的身边。到底舞亚的真意是？然后激战的去向是？

由于「杀戮天使」和M.J.B.K的异常事态，政府决定支部的解体。生命线被切断的SHIROBACO，创声部的成员们为了打破局面，有必要通过饿号机解放政府上层施加的“创声之书”的力量。但是，阳却被“谁也无法拯救”的现实打垮了。不知不觉留住了在街上徘徊的阳的，是祖父兴之助。

被「创声之书」操纵的岩上长官，从那个咒缚被解放了。而且翼人的演说打动了阿佐谷的人们的心，在他们的协助下，成功地利用人力开发了贝克塔机器。创声部正抓住反击的线索。但是，失去了作为救世主而自负的阳的心，至今还未放晴。那时，从总口中说出的，是小时候舞亚的记忆。那是“月夜的誓言”的真实。

距今1万2千年前，爆发了“真理种族”和“文字种族”的争端。认为接触真理的世界比什么都珍贵的人们，接受了文字飞跃性的文明的发达的人们。两者的对立并未消除，不久便发展成了被称为文字战争的大规模战争。而真理种族创造出的“杀戮天使”又使战争陷入了混乱。将不知何时结束的战斗引向终结的，是根据合体诞生的巨人，Aquarion logos

Aquarion天的拳头和Aquarion语灵的剑激烈冲突，阳和总互相毫不退缩地展开激斗。在这期间，“总”的M.J.B.K持续吸收LOGOS世界里的文字，世界各地所有的概念都消失了。在激战中，阳对舞亚的思念成为强大的创声力，甚至压倒了所有的力量。但是就在那一瞬间，LOGOS世界发生了巨大的变化。NESTA的计划正要进入最终阶段。