12,000 años después de la guerra contra los Sombros de los Angelinos, Amata Sora pasa sus días trabajando en una sala de cine hasta que se encuentra y se hace amiga de una niña de su edad llamada Mikono Suzushiro.

Cuando una misteriosa fuerza invasora, conocida como "abductores" del planeta Altair y dirigida por Kagura demuri, ataques, Amata y Mikono se encuentran en peligro, hasta que Amata activa su poder de levitación oculta y desbloquea el poder sellado del acuario para formar Aquarion Evol.

Después de la batalla anterior, Amata y Mikono son llevados a la sede de Neo-Deava para evaluar su potencial como elementos. Separada de Mikono y ansiosa por conocerla, Amata se une a su compañero de clase Andy W. Hole en un intento de colarse bajo tierra en los dormitorios femeninos, lo que llevó a un accidente que lo puso en malos términos con ella. Más tarde, Amata es seleccionado para una batalla de simulación, y decide usarla para hacer las paces con Mikono.

Se cree que no tiene ningún poder elemental, Mikono decide abandonar la Academia Neo-Deava, pero el camarada de Kagura, Jin Muso, lanza un ataque contra Vega. Sus tácticas superan al Aquarion Gepard, pilotado por el hermano de Mikono, Cayenne Suzushiro, hasta que el comandante de Neo-Deava, Zen Fudo, reasuza su puesto y arregla para que se una a la batalla.

Con la separación entre las secciones masculinas y femeninas abolidas, la Academia Neo-Deava se convierte en una institución mixta, pero Fudo declara que los elementos están expresamente prohibidos de enamorarse entre sí. Más tarde organiza una actividad grupal poco común para medir la compatibilidad entre los pilotos.

Kagura, a quien fue atraída por el aroma de Mikono, reaparece decidida a llevarla con él, pero Amata huye con ella a cuestas. Para confrontar a Kagura, Element Schrade Elan ignora los riesgos para su frágil salud, pilotando la recién formada Spada de Aquarion.

Jin ensambla una nueva máquina controlada remota y la lanza para confrontar el acuario. Amata y los demás están fijados por los láseres del enemigo hasta que son asistidos por otro elemento, Yunoha Thrul, quien incorpora sus poderes de invisibilidad en Aquarion Evol para permitir un contraataque.

Ahora pilotando en persona, Jin desafía el Acuario una vez más, pero se enfrenta a otra inversión cuando Zessica Wong, pilotando Aquarion Spada, encuentra una manera un poco intermitente para evitar sus ataques.

Andy y su mezcla de compañeros de clase no pueden entenderse y generalmente están discutiendo, hasta que algunos enemigos parecen vengar a Jin, quien se cree que está muerto. Andy y Mix dejaron de lado sus diferencias para enfrentar a los enemigos. Después de que Andy recibe un golpe crucial, Mix se hace cargo del comando y derrota a los enemigos con resultados de retroceso.

Habiendo sobrevivido a la destrucción de su máquina, Jin se infiltra en la Academia Neo-Deavia que se hace pasar por un estudiante de transferencia. Mientras busca información sobre sus residentes, busca averiguar si la "verdadera víspera" que los alteanos buscan desesperadamente está entre ellas, hasta que Yunoha se le acerca, que quiere hacerse amigo de él.

Desde su última batalla con Aquarion, Kagura está restringida por el misterioso Mykage Towano hasta que se las arregla para liberarse, causando una gran conmoción en Altair, ya que está desesperado por encontrar a Mikono y reclamarla por sí mismo.

Los elementos lloran la muerte de Jin y los otros estudiantes que perecieron en la batalla anterior. Después de su funeral, Fudo ordena a Andy que cave tumbas para que todos los pilotos restantes sean enterrados vivos como parte de un entrenamiento especial. Mikono se niega a participar en el entrenamiento, pero cuando siente la vida de sus amigos en peligro, los ayuda activando su propio poder elemental de conexión.

Kagura causa estragos en la academia mientras Jin aprovecha la oportunidad para secuestrar a uno de los vectores y escapar con Yunoha. Mykage aparece antes de Fudo, exigiendo la ubicación del Acuario original, mientras que Kagura aprovecha fácilmente los elementos con su poder que le permite revertir las leyes de la física. Jin, conmovido por las lágrimas de Yunoha, tiene un cambio de opinión y regresa para ayudar a los demás contra Kagura.

Los elementos lloran la muerte de Jin y los otros estudiantes que perecieron en la batalla anterior. Después de su funeral, Fudo ordena a Andy que cava tumbas para que todos los pilotos restantes también sean enterrados como parte de un entrenamiento especial. Mikono se niega a participar en el entrenamiento, pero cuando siente la vida de sus amigos en peligro, los ayuda activando su propio poder de elementos.

Después de completar el entrenamiento del cementerio, Kagura aparece ante los otros elementos y finalmente logra secuestrar a Mikono. Mientras los busca, Zessica se pone celosa de la desesperación de Amata por encontrar a Mikono y le confiesa que Kagura y Mikono pueden ser las reencarnaciones de Apolo y Silvia, siendo destinados a los demás. A pesar de eso, Amata se enfrenta a Kagura para rescatar a Mikono.

Fudo decide celebrar una batalla simulada entre dos acuariones a pesar de ser informado de los riesgos. Amata, Mikono y Zessica, todos pilotando el acuario Evol, son dominados por sus oponentes hasta que Zessica confiesa su amor por Amata, desencadenando una reacción que muestra las imágenes de Apolo y Silvia junto con los eventos con respecto a ellos 12,000 años antes.

Fudo se convocan a los elementos para participar en una misión secreta. Ordenado para pararse junto a un lago mientras esperaban más instrucciones, deciden divertirse juntos. Andy intenta hacer uso de la situación para confesar sus sentimientos por la mezcla, solo para darle furia a él. Pronto aparece otro enemigo, creando una tormenta de nieve que cubre toda el área. Como los elementos están a punto de congelarse hasta la muerte, un Andy desesperado se hunde en un agujero creado por sus poderes hasta que golpea una corriente de agua caliente, lo que ayuda a los demás a defenderse.

Informado que Altair está al borde del colapso, Izumo Kamurogi, el comandante de las fuerzas altanas, finalmente toma en sus manos la materia de obtener la verdadera Eva y ataca la base de Neo-Deava por sí mismo. Los elementos Little pueden hacer cualquier cosa contra Izumo, que exige que la academia entrega a una de sus alumnas. Zessica, desconsolada por tener sus sentimientos por Amata no correspondido, se ofrece como voluntaria para asistir a su pedido, hasta que Mix trata de detenerla y es capturada por el enemigo.

Fudo todavía no ha regresado de su viaje, y a pesar de no conocer su paradero, Mikono deja la academia para buscarlo, mientras Mykage aparece antes de Zessica afirmando que abrirá una puerta dimensional a Altair, al reclamar alguna compensación de ella en el futuro. . Se ensambla un equipo de elementos para pasar por la puerta e infiltrarse en Altair, en un intento de rescatar la mezcla.

Amata descubre el cuerpo latente de su madre y se acerca a Izumo, quien le revela que la verdadera Eva es la única esperanza de supervivencia para revertir la maldición de Eva, siendo la razón detrás de las invasiones altanas en Vega. Andy se libera de su encarcelamiento y sigue buscando mezcla. Zessica y Yunoha comienzan a sentirse extrañas y Shrade forma acuario con ellos para recoger a Amata y Andy. Mientras luchan por escapar de las fuerzas altanas, los elementos confrontan una máquina enemiga pilotada por ninguna otra que se mezcle.

El equipo de Amata regresa de Altair después de no poder salvar la mezcla y la condición de Shrade empeora, mientras que Mikono y Fudo siguen viajando juntos en busca del legendario acuario. Después de tener una pesadilla que involucra a Mikono, Amata huye a la ciudad donde la conoció y encuentra el lugar desierto. Allí, Kagura se encuentra con Amata y finalmente recuerda la conexión entre ellos.

Amata aprende de Kagura cómo ellos, que alguna vez fueron uno y lo mismo, se separaron en dos seres diferentes. Mientras Amata y Kagura tienen una pelea viciosa frente a Mikono, el acuario original no está enterrado y Shrade empuja su vida al límite para enfrentar una máquina enemiga enviada por Mykage.

Fudo ensambla los elementos restantes y les revela toda la verdad con respecto a los eventos de los últimos 24,000 años y su conexión con la situación actual. Mientras tanto, con su última onza de fuerza, Schrade usa sus poderes para permitir que Zessica y Amata se crucen de manera segura a Altair. Etiquetando a Mikono como su verdadera víspera, Izumo y sus fuerzas atacan a Kagura decidieron sacarla de él por la fuerza y Mykage finalmente reclama su recompensa de Zessica al poseer su cuerpo.

Creyendo que Kagura es responsable de la muerte de sus padres, Amata se lanza contra él y su confrontación abre un portal que pone a Altair en camino de colisión con Vega. Mix recupera sus recuerdos perdidos, gracias a Andy. Después de asumir el control total del cuerpo de Zessica, Mykage hace uso de Mikono y Kagura para tomar posesión del legendario acuario para sí mismo, convirtiéndolo en su propio mecha, el antiguo AQ.

Los elementos luchan contra el antiguo AQ sin éxito hasta que Amata y Mikono se reúnan. Después de confesar sus sentimientos el uno por el otro, forman la forma definitiva de Aquarion, Aquarion le encanta detener los planes de Mykage y salvar a Vega y Altair de la destrucción.