Tsukasa se réveille dans The World, apparemment un peu perdu. D'autres joueurs, notamment Mimiru et Bear, tentent de se lier avec avec lui, mais il reste très distant et demande qu'on le laisse tranquille. Il semblerait en fait que Tsukasa ne puisse pas se déconnecter du jeu...

Tsukasa est sous la protection d'un monstre étrange qui a blessé Ginkan, et il est à présent recherché par les Chevaliers Rouges. Il est entraîné dans un endroit étrange par un personnage à tête de chat, et entend une voix qui lui dit de contacter Mimiru...

Intrigués par Tsukasa, Bear et Mimiru décident de l'aider et de découvrir pourquoi il ne parvient pas à se déconnecter. Tsukasa semble être au centre de toute une série d'événements qui perturbent The World et qui tournent autour d'un objet appelé la Clé du Crépuscule...

Subaru apprend à Bear que Tsukasa ne s'est plus déconnecté de The World depuis dix jours et Mimiru s'inquiète de plus en plus pour cet étrange joueur. De son côté, Bear a fait des recherches et pense avoir identifié la personne du monde réel qui se cache derrière Tsukasa...

Tsukasa pense pouvoir contrôler son monstre, mais il est vite détrompé lorsque celui-ci élimine d'autres joueurs. Subaru comprend alors qu'elle doit faire quelque chose et décide que Tsukasa doit être arrêté. Ginkan lui tend donc un piège avec l'aide de Sora et de BT...

Tsukasa a été capturé par les Chevaliers Rouges et il est maintenant enfermé dans une sorte de caverne. Subaru lui rend visite afin de l'interroger. Mais alors qu'elle commence à discuter avec lui, Sora fait irruption dans la prison et élimine tous les gardes: il vient libérer Tsukasa...

Mimiru ne peut s'empêcher de s'inquiéter pour Tsukasa, mais elle ne sait pas ce qu'elle doit faire. Alors qu'elle se demande si elle ne devrait tout simplement pas laisser tomber, elle fait la connaissance d'une joueuse débutante qui se fait appeler A-20 et qui souhaite faire équipe avec elle...

Plutôt que de courir après Tsukasa, Mimiru conclut qu'il est plus sage d'attendre qu'il vienne vers lui. Pendant ce temps, Bear essaie d'en apprendre plus sur le joueur dans le monde réel, tandis que BT décide de former une alliance avec Crim afin de récolter des renseignements sur la Clé du Crépuscule...

Alors que les autres continuent de réunir des renseignements sur la Clé du Crépuscule, Tsukasa fait la connaissance d'une joueuse qui lui demande de veiller sur son Grunty pendant quelques jours. Mais l'animal tombe malade et Tsukasa va tout faire pour tenter de le sauver...

Alors que Tsukasa attend Mimiru, il aperçoit Bear. Il lie conversation avec lui mais Bear lui dit quelque chose qui le blesse et il s'en va. Après son départ, Bear ne peut s'empêcher de se sentir coupable et de s'interroger sur sa façon de se comporter dans The World...

Mimiru et Bear ont donné rendez-vous à Tsukasa pour participer en groupe à une chasse au trésor spéciale. Au cours de cette activité, nos amis vont apprendre à se connaître un peu plus et l'on découvre un nouvel aspect de Tsukasa...

Bear pense qu'il a découvert la véritable identité de Tsukasa: il s'agirait d'un jeune garçon plongé dans un état végétatif. De leur côté, Crim et BT sont toujours décidés à trouver la Clé du Crépuscule, et BT tente de persuader Crim de demander l'aide de Subaru et des Chevaliers Rouges...

Bear a décidé de partir lui aussi à la recherche de la Clé du Crépuscule car il pense que cet item est lié au fait que Tsukasa ne puisse se déconnecter du jeu. Il reçoit l'aide d'un mystérieux personnage. De son côté, BT a découvert l'endroit où se trouve l'Oeil du Crépuscule, qui les mènera à la Clé...

Crim et BT arrivent dans un château mystérieux et se mettent à recherche de la Clé, poursuivis par Sora. Grâce au code que Helba leur a donné, Bear, Tsukasa et Mimiru arrivent au château également. Mais des pièges se dressent sur leur route et une atmosphère maléfique plane sur l'endroit...

Suite à leurs aventures dans le château mystérieux, Bear et Mimiru sont revenus dans le jeu normal. Mais Mimiru s'inquiète pour Tsukusa, qui semble avoir disparu. Elle se demande ce qui va lui arriver si jamais il meurt dans ce monde virtuel, dans lequel il peut malgré tout sentir la douleur...

Tsukasa est de retour dans le jeu normal également, mais il ne semble plus être que l'ombre de lui-même. Si les données du personnages sont toujours bien là, tous ses souvenirs personnels semblent avoir disparu... De son côté, BT souhaiterait rencontrer Crim en-dehors du jeu, mais celui-ci refuse...

Alors que Subaru essaie toujours d'aider Tsukasa, elle se retrouve avec un difficile problème sur les bras. En effet, Ginkan prend de plus en plus en plus d'initiatives personnelles. Subaru a appris qu'il a même envoyé une demande directement à l'administrateur système sans lui en parler. Le conflit semble inévitable...

Subaru doit bien se résoudre à dissoudre le groupe des Chevaliers Rouges. Alors qu'elle erre maintenant un peu désemparée, elle se rappelle sa première rencontre avec Crim, les événements qui ont mené à la création des Chevaliers Rouges et le départ de Crim suite à son désaccord avec Ginkan...

Toujours à la recherche de la Clé du Crépuscule, Sora et BT s'assurent l'aide de Ginkan. De son côté, Subaru s'attache de plus en plus à Tsukasa. Ce dernier propose de lui montrer son endroit secret. Mais lorsqu'ils arrivent sur les lieux, la jeune fille endormie a disparu et l'entité qui jusque là protégeait Tsukasa semble furieuse...

Malgré ses nombreuses recherches, Subaru n'est toujours pas parvenue à retrouver Tsukasa. Son seul espoir maintenant est que quelqu'un connaisse le fameux endroit secret. De son côté, Bear a découvert l'identité de l'homme qu'ils ont vu dans le mystérieux château: il s'agit de Harald Huick, le créateur de The World. Bear demande alors l'aide de Helba pour le retrouver...

Grâce aux indications de Helba, et en dépit des pièges dressés sur leur route, Bear, Mimiru et Subaru parviennent à retrouver l'incarnation d'Harald Huick. Celui-ci leur parle alors de son secret. Mais la mystérieuse entité qui se servait de Tsukasa semble déterminée à garder ces informations secrètes...

Helba a adressé un message aux différents joueurs et leur donne rendez-vous ensemble. Tout le monde répond à l'appel, à l'exception de Sora, qui veut continuer à faire cavalier seul, et de Tsukasa, encore traumatisé par l'expérience qu'il vient de subir. Parviendra-t-il à trouver en lui le courage de rejoindre ses compagnons ?

Après avoir franchi la porte créée par Helba, notre petit groupe, finalement rejoint par Tsukasa, se retrouve dans un monde étrange, dans lequel flottent des répliques multicolores de Tsukasa. C'est à ce moment qu'apparaît Helba. Elle explique aux joueurs qu'ils se trouvent dans le cyber-sanctuaire, l'endroit où sont conservées les données effacées de The World…

Tsukasa sent monter la colère de l'entité et persuade le groupe quitter le cyber-sanctuaire au plus vite. Mais l'entité n'en a pas fini avec eux et envoie un Gardien les éliminer. Les joueurs parviennent à s'en débarrasser en unissant leurs forces, mais à peine a-t-il disparu que trois autres Gardiens prennent sa place…

Tsukasa, Subaru et Mimiru atterrissent dans un endroit inconnu, séparés les uns des autres. Parviendront-ils à se retrouver malgré les pièges que l'entité sème sur leur chemin, et pourront-ils enfin rejoindre le monde réel ?