Depuis de nombreuses générations, les Hommes de la planète Tarak ont subi les pires sévices de la part de leurs plus terribles ennemis: les Femmes, toutes originaires de la planète Mejale. Pour renverser la situation et reprendre leur revanche, l'armée des Hommes compte sur leurs nouveaux robots de type VAN, les Vanguards. Pendant l'inauguration de leur vaisseau spatial, le jeune citoyen de troisième de classe Hibiki se retrouve malgré lui victime de l'assaut des Femmes alors qu'il tentait de relever un défi...

Le vaisseau dans lequel se retrouvent prisonniers trois hommes: Hibiki, Duero et Garsus, a subit d'étranges mutations lors d'un saut dans l'espace ainsi que de nombreux autres appareils tels que les Dreads et le Vanguard. Les Femmes qui se sont emparées du vaisseau, tout en continuant à l'étudier, s'interrogent sur le sort à réserver à leurs prisonniers lorsqu'ils subissent soudainement un assaut extra-terrestre. La situation s'annonce mal car elles sont incapables de manoeuvrer le vaisseau des Hommes...

Gascogne et Dita partent en mission de reconnaissance afin de recueillir des informations sur les extra-terrestres précédemment combattus. Pendant ce temps, le vaisseau devient hors de contrôle et une association entre les Hommes et les Femmes s'avère nécessaire pour tenter de surmonter catte nouvelle difficulté, mais de nouveaux obstacles continuent à se dresser devant eux sans que les Dreads ne puissent intervenir, seul le Vanguard de Hibiki est en état de fonctionner...

Les actions individualistes de Hibiki en situation de combat exaspèrent de plus en plus Meia, la leader à la tête des Dreads qui ne supporte plus les risques qu'il fait courir à ses pilotes. Pour préserver le moral des troupes, elle s'arrange pour le faire occuper un autre poste où il ne pourra plus interférer dans ses combats. C'est ainsi que Hibiki se retrouve machiniste chargé de ravitailler les Dreads, mais la situation se complique avec l'arrivée d'un nouvel ennemi particulièrement coriace...

L'équipage du Nirvana a trouvé une planète qui semble totalement déserte, mais sur laquelle ils comptent trouver des indices sur les opérations de leurs ennemis. C'est la raison pour laquelle un entraînement spécial est requis pour les pilotes des Dreads qui devront s'habituer au maniement des Vanguards.

Meia se retrouve grièvement blessée lors de leur dernier combat et son état est plus que préoccupant. Duero, le médecin du vaisseau, tente par tous les moyens de la sauver, tandis que Jura qui se substitue au poste de Meia en tant que leader des Dreads, éprouve énormément de mal à assumer son rôle... Le combat s'annonce des plus difficiles dans ces conditions...

Les Hommes et les Femmes qui n'ont jusqu'alors jamais vécu ensemble se sont vus contraints de partager les mêmes expériences durant ce voyage... De nouveaux sentiments totalement inconnus font leur apparition, notamment l'affection qu'éprouve Dita pour Hibiki qui ne sait absolument pas comment gérer cette situation...

L'équipage du Nirvana part en reconnaissance dans une station relais spatiale appelée "Mission" dans le but d'y récupérer toutes affaires utiles pour leur voyage. Durant leur opération, ils font la rencontre d'un homme étrange appelé Rabat. Ses intentions ne semblent pas très amicales, mais l'individu est rapidement maîtrisé par les pirates méjaliennes. Malgré la surveillance serrée, ce dernier parvient tout de même à s'enfuir. Au même moment, le Niravana doit faire face à une nouvelle attaque ennemie.

Le Nirvana fait escale sur une planète presque entièrement recouverte d'eau. Une base flottante dans laquelle vivent des humains a même été découverte, d'où l'intention de Magno Vivan d'aller à leur rencontre. Mais une flotte ennemie fait son apparition juste à ce moment-là, avec à ses côtés un curieux engin qui n'a jamais été rencontré auparavant...

Le Nirvana tout entier est en effervescence à l'idée de pouvoir célébrer très prochainement la fête de Noël à bord du vaisseau et qui plus est, à proximité d'une comète. Mais toute cette agitation attire la curiosité des Tarakiens qui n'ont absolument pas l'habitude de telles manifestations de joie. Ils sont encore plus surpris en apprenant qu'ils doivent offrir un présent aux partenaires qui leur sont chers...

C'est la panique à bord du Nirvana: la présence des Tarakiens et leur intégration au sein de l'équipage dérangent de plus en plus de Méjaliennes qui s'opposent sauvagement à dépendre des hommes. C'est pourquoi elles décident toutes de capturer les Tarakiens afin de les enfermer à nouveau dans leur cellule. Conscient de ce qui se passe à bord du vaisseau, Hibiki parvient à s'échapper de justesse à bord de son Vanguard, mais durant son escapade, il va faire une curieuse rencontre.

Après avoir été témoin de l'annihilation totale de la flotte de Melanus qui a préféré s'opposer à la "Récolte" par le combat, Hibiki regagne le Nirvana avec l'aide de Rabat, qui le ramène inconscient. A son réveil, il essaie de mettre en garde l'équipage en lui parlant de l'incroyable puissance du vaisseau mère contre lequel il a dû se mesurer.

Le Nirvana est prisonnier de la pression d'une planète de gaz qui menace de les comprimer d'un moment à l'autre. De plus, leurs ennemis se montrent particulièrement coriaces, à tel point que tout espoir de victoire semble totalement perdu. Mais c'est sans compter sur l'ingéniosité de Hibiki, qui va tout mettre en oeuvre pour sortir tout le monde de ce mauvais pas et vaincre leurs redoutables ennemis...

A recap of the original Vandread TV series. However, Taidouhen does contain some original footage.

Hibiki, Dita, Meia et Jura font un terrible cauchemar sur une lumière rouge qui détruit le Nirvana. Alors qu'ils luttent pour comprendre le sens de ce rêve étrange, un pod mystérieuse apparaît avec la flotte de récolte qui semble y porter un intérêt particulier. Décidé à capturer la nacelle, le Nirvana lance ses pilotes pour le récupérer.

L'équipage du Nirvana accueille en son sein un nouveau membre d'équipage qui suscite bien des curiosités du fait de son éducation au milieu d'hommes et de femmes, chose inconcevable pour Tarakiens et Mejaliennes... Lorsque soudain, le Nirvana est victime d'un sérieux dysfonctionnement survenant en pleine attaque ennemie, et pour ne rien arranger à l'affaire Ezra s'apprête à donner naissance à son enfant...

L'équipage du Nirvana s'est arrêté sur une planète pour venir en aide à sa population, victime dès la naissance de son atmosphère viciée, la rendant malade en permanence. Ils tentent autant que faire se peut de filtrer l'air ambiant mais sont interrompus par l'apparition de vaisseaux ennemis particulièrement coriaces.

Le Nirvana se voit contraint de faire escale dans une station spatiale pour procéder au ravitaillement en échange d'un support technique pour réparer la station, mais les occupants des lieux se montrent peu accueillants et pas très enclins à les laisser partir sans un peu de divertissements... Pendant ce temps, leurs ennemis investissent les lieux en plus de leurs assauts extérieurs.

Suite à un assaut manqué contre un vaisseau-mère ennemi, Jura se retrouve grièvement blessée, obligeant le Nirvana et son escadrille de Dreads à battre en retraite. Mais Barnette et Hibiki ne se satisfont pas d'une telle mesure et désirent reprendre le combat, malgré l'opposition de Gascogne. Après avoir élaboré une nouvelle stratégie, les Dreads se préparent à attaquer de nouveau le vaisseau-mère, mais l'ennemi parvient à créer un clone du Nirvana et des Dreads...

Après le nouvel échec subi par le Nirvana et la disparition d'un de leurs camarades, le moral de l'équipage est au plus bas. Mais Hibiki parvient une nouvelle fois à élaborer un nouveau plan afin de mettre hors d'état les vaisseaux ennemis avec l'aide d'une nouvelle invention de Parfet destinée à les paralyser momentanément, et surtout l'emploi d'un virus qui va affecter le fonctionnement du Paksis ennemi. Pour réussir l'opération, ils doivent pénétrer à l'intérieur du vaisseau-mère...

Dita a trouvé une adversaire sérieuse avec laquelle elle se dispute les faveurs de Hibiki: Misty Cornwell. Dans cette lutte, Dita est nettement désavantagée compte tenu du fait qu'elle a grandi en apprenant à haïr les hommes, ce qui la rend fort mal à l'aise lorsqu'il s'agit de révéler ses sentiments. Ce qui au contraire paraît tout naturel pour Misty car celle-ci vient d'un monde où hommes et femmes ont toujours vécu ensemble.

Le jour de l'anniversaire de Meia approche à grands pas, et tout l'équipage du Nirvana tient à célébrer l'événement en prenant soin de lui faire la surprise. Cependant, chaque année, elle parvient à esquiver les festivités, c'est pourquoi avec la complicité de Hibiki et de ses compagnons, l'équipage va tout entreprendre pour anticiper ses mouvements et l'empêcher de partir. C'est ainsi qu'est venue l'idée de lui "imposer" la surveillance de l'enfant d'Ezra...

Hibiki et les Dreads se retrouvent à combattre leurs ennemis en plein milieu d'une tempête magnétique. La situation leur étant devenue défavorable, le dispositif d'urgence a été enclenché, forçant tous les Dreads à revenir auprès du Nirvana, mais Hibiki se fait intercepter durant son retour... Alors qu'il est porté disparu, Hibiki reprend connaissance sur une étrange planète où les habitants communiquent par télépathie.

Le Nirvana arrive au terme de son long voyage et les membres de l'équipage se rapprochent de leur destination finale, Mejale, afin de prévenir leurs semblables de l'arrivée prochaine des vaisseaux de la "Récolte" et des dangers qu'ils encourent. La fête bat son plein à bord du vaisseau, et tous s'apprêtent à regagner leur planète quand soudain ils se retrouvent à devoir traverser un champ de mines tarakien...

Le Nirvana est saisi par les vaisseaux de Tarak, qui le rapatrient sous escorte puissamment armée, tandis que tout l'équipage féminin est arrêté par l'armée de Mejale en vue de les condamner. Durant leur procès, Magno Vivan explique à la cour la nature du danger qui les guette et il ne reste que peu de temps pour agir avant l'arrivée des vaisseaux de la "Récolte", mais la juge refuse de croire de telles inepties et les condamne toutes à des peines d'emprisonnement.

De retour sur le Nirvana, l'équipage se prépare au terrible combat qui les attend avec l'arrivée très prochaine des premiers vaisseaux de la "Récolte". Au même moment, le Conseil de Mejale et de Tarak se réunit afin de débattre sur les actions à suivre suite au soulèvement de Hibiki et de ses compagnons. En effet, le plan de survie de l'Humanité qu'ils avaient élaboré avec les Terriens semble bien compromis, et toute la galaxie semble accepter de suivre les pas du jeune pilote de Vanguard et de lutter à ses côtés afin d'empêcher leur extinction...

Le combat qui oppose les humains aux Terriens fait rage avec une extrême férocité, et tout le monde lutte pour sa propre survie. Durant la bataille, Hibiki se fait capturer par le vaisseau-mère où se trouvent un autre paksis Pragma et un Terrien, bien décidé d'en terminer avec les existences qui s'opposent à leur suprématie...

Summary of Vandread the Second Stage plus several extra scenes.