Hibiki, Dita, Meia et Jura font un terrible cauchemar sur une lumière rouge qui détruit le Nirvana. Alors qu'ils luttent pour comprendre le sens de ce rêve étrange, un pod mystérieuse apparaît avec la flotte de récolte qui semble y porter un intérêt particulier. Décidé à capturer la nacelle, le Nirvana lance ses pilotes pour le récupérer.

L'équipage du Nirvana accueille en son sein un nouveau membre d'équipage qui suscite bien des curiosités du fait de son éducation au milieu d'hommes et de femmes, chose inconcevable pour Tarakiens et Mejaliennes... Lorsque soudain, le Nirvana est victime d'un sérieux dysfonctionnement survenant en pleine attaque ennemie, et pour ne rien arranger à l'affaire Ezra s'apprête à donner naissance à son enfant...

L'équipage du Nirvana s'est arrêté sur une planète pour venir en aide à sa population, victime dès la naissance de son atmosphère viciée, la rendant malade en permanence. Ils tentent autant que faire se peut de filtrer l'air ambiant mais sont interrompus par l'apparition de vaisseaux ennemis particulièrement coriaces.

Le Nirvana se voit contraint de faire escale dans une station spatiale pour procéder au ravitaillement en échange d'un support technique pour réparer la station, mais les occupants des lieux se montrent peu accueillants et pas très enclins à les laisser partir sans un peu de divertissements... Pendant ce temps, leurs ennemis investissent les lieux en plus de leurs assauts extérieurs.

Suite à un assaut manqué contre un vaisseau-mère ennemi, Jura se retrouve grièvement blessée, obligeant le Nirvana et son escadrille de Dreads à battre en retraite. Mais Barnette et Hibiki ne se satisfont pas d'une telle mesure et désirent reprendre le combat, malgré l'opposition de Gascogne. Après avoir élaboré une nouvelle stratégie, les Dreads se préparent à attaquer de nouveau le vaisseau-mère, mais l'ennemi parvient à créer un clone du Nirvana et des Dreads...

Après le nouvel échec subi par le Nirvana et la disparition d'un de leurs camarades, le moral de l'équipage est au plus bas. Mais Hibiki parvient une nouvelle fois à élaborer un nouveau plan afin de mettre hors d'état les vaisseaux ennemis avec l'aide d'une nouvelle invention de Parfet destinée à les paralyser momentanément, et surtout l'emploi d'un virus qui va affecter le fonctionnement du Paksis ennemi. Pour réussir l'opération, ils doivent pénétrer à l'intérieur du vaisseau-mère...

Dita a trouvé une adversaire sérieuse avec laquelle elle se dispute les faveurs de Hibiki: Misty Cornwell. Dans cette lutte, Dita est nettement désavantagée compte tenu du fait qu'elle a grandi en apprenant à haïr les hommes, ce qui la rend fort mal à l'aise lorsqu'il s'agit de révéler ses sentiments. Ce qui au contraire paraît tout naturel pour Misty car celle-ci vient d'un monde où hommes et femmes ont toujours vécu ensemble.

Le jour de l'anniversaire de Meia approche à grands pas, et tout l'équipage du Nirvana tient à célébrer l'événement en prenant soin de lui faire la surprise. Cependant, chaque année, elle parvient à esquiver les festivités, c'est pourquoi avec la complicité de Hibiki et de ses compagnons, l'équipage va tout entreprendre pour anticiper ses mouvements et l'empêcher de partir. C'est ainsi qu'est venue l'idée de lui "imposer" la surveillance de l'enfant d'Ezra...

Hibiki et les Dreads se retrouvent à combattre leurs ennemis en plein milieu d'une tempête magnétique. La situation leur étant devenue défavorable, le dispositif d'urgence a été enclenché, forçant tous les Dreads à revenir auprès du Nirvana, mais Hibiki se fait intercepter durant son retour... Alors qu'il est porté disparu, Hibiki reprend connaissance sur une étrange planète où les habitants communiquent par télépathie.

Le Nirvana arrive au terme de son long voyage et les membres de l'équipage se rapprochent de leur destination finale, Mejale, afin de prévenir leurs semblables de l'arrivée prochaine des vaisseaux de la "Récolte" et des dangers qu'ils encourent. La fête bat son plein à bord du vaisseau, et tous s'apprêtent à regagner leur planète quand soudain ils se retrouvent à devoir traverser un champ de mines tarakien...

Le Nirvana est saisi par les vaisseaux de Tarak, qui le rapatrient sous escorte puissamment armée, tandis que tout l'équipage féminin est arrêté par l'armée de Mejale en vue de les condamner. Durant leur procès, Magno Vivan explique à la cour la nature du danger qui les guette et il ne reste que peu de temps pour agir avant l'arrivée des vaisseaux de la "Récolte", mais la juge refuse de croire de telles inepties et les condamne toutes à des peines d'emprisonnement.

De retour sur le Nirvana, l'équipage se prépare au terrible combat qui les attend avec l'arrivée très prochaine des premiers vaisseaux de la "Récolte". Au même moment, le Conseil de Mejale et de Tarak se réunit afin de débattre sur les actions à suivre suite au soulèvement de Hibiki et de ses compagnons. En effet, le plan de survie de l'Humanité qu'ils avaient élaboré avec les Terriens semble bien compromis, et toute la galaxie semble accepter de suivre les pas du jeune pilote de Vanguard et de lutter à ses côtés afin d'empêcher leur extinction...

Le combat qui oppose les humains aux Terriens fait rage avec une extrême férocité, et tout le monde lutte pour sa propre survie. Durant la bataille, Hibiki se fait capturer par le vaisseau-mère où se trouvent un autre paksis Pragma et un Terrien, bien décidé d'en terminer avec les existences qui s'opposent à leur suprématie...