イカヅチの制御システム、ペークシス・プラグマから流れ出した結晶体に包み込まれるヒビキたち。光の洪水の中でヒビキは、戦闘機がビームキャノンを発射し、着弾寸前の空間魚雷・村正を爆発させるのを目撃する。

ヒビキの蛮型とディータのドレッドが合体したクリスタルの巨人、ヴァンドレッド・ディータの活躍で、突然攻撃してきた未知の敵を倒したものの、イカヅチ艦内はその大部分を結晶体に覆い尽くされてしまった。

メジェールとタラークに危機が迫っていることを知ったヒビキたちは、それぞれの母星に向けて通信ポッドを送ることにした。しかし、またも敵の襲撃が始まり、射出されたポッドは打ち落とされてしまう。

ニル・ヴァーナと名前を変えたイカヅチの前方に小惑星が現れる。惑星表面に熱源反応を確認したブリッジでは、敵の「刈り取り」作戦に関する情報を得ようと、緊張感を漂わせながら観測を続けていた。

戦闘中に味方をかばい、瀕死の重傷を負ってしまったメイアが医療室に運ばれる。ドゥエロとパイウェイによる懸命の治療が続けられるなか、メイアの意識は現実を離れ、少女時代の思い出をたどり始める。

久々に穏やかな時間が流れるニル・ヴァーナ。手作りのクッションを渡そうとヒビキを探すディータは、彼の部屋が散らかり放題になっているのを見て掃除を思い立ち、自分の趣味に合わせてすっかり模様替えしてしまう。

以前は中継基地として栄えた「ミッション」内を、物資を求めて探索するヒビキたち。そこに大柄な男・ラバットと相棒のウータンがいた。久々に自分たち以外の男を目にしたヒビキは、救助にきてくれたのかと思うが…。

表面の99％を水で覆われた惑星・アンパトスでは、若者たちが水上都市で細々と暮らしていた。物資補給のためにアンパトスの周回軌道に入ったニル・ヴァーナは、惑星の反対側に敵の刈り取りマシーンを発見する。

クリスマスムードに浮かれるニル・ヴァーナ艦内。艦長のマグノまでがサンタの扮装をして盛り上がるなか、クリスマスを知らず、タラークの祭りとあまりにも違う大騒ぎが理解できない男たちは戸惑うばかりだった。

空間を移動してから数カ月が過ぎ、ニル・ヴァーナはメジェールの姿を望遠鏡で確認できる距離まで戻ってきていた。パイウェイは、ヒビキたちが現れてからディータが構ってくれなくなったため、寂しさを感じていた。

大きなダメージを負っていたヒビキを助けたのは、ラバットだった。ニル・ヴァーナに戻ったヒビキはマグノに詰め寄り、刈り取られるのをただ黙って待つのではなく、自分たちで｢刈り取り｣と闘うことを主張する。

敵の偽ヴァンドレッド3機にドレッド隊は翻弄され、傷を負ったメイアたちはいったんニルヴァーナに帰艦する。だが、ニルヴァーナもまた敵の猛攻撃によるダメージが大きく、近くのガス状惑星に逃げ込むのだった。