Brain se despierta y se encuentra secuestrado por una organización malvada llamada Mu, cuyo objetivo principal es la conquista global. Elegido por su alto coeficiente intelectual (600), su cuerpo fue reconstruido y estaban a punto de hacerle un lavado de cerebro cuando se interrumpe el proceso. Brain es rescatado por el profesor Crystal Peppler, el científico que reconstruyó su cuerpo, y señala que la cara y la voz de este último parecen familiares. Cuando Brain descubre un motor de transformación en su poder, los dos se enfrentan a los miembros de Mu por la aparente traición de Peppler de la organización. Brain se transforma en su forma Roidmude Super Evolucionado y pelea, pero es arrojado del edificio y dado por muerto cuando regresa nuevamente poco después, tras haberse transformado en un Kamen Rider. Como Kamen Rider Brain, derrota sin esfuerzo a la mayoría de los miembros de Mu, antes de escapar con Peppler en su motocicleta.