Akcja rozpoczyna się tuż po wydarzeniach z ostatniego odcinka "Młodego papieża", kiedy Lenny Belardo, znany światu jako papież Pius XIII, zapada w śpiączkę. Watykan musi zmierzyć się z wyborem nowego papieża.

Po nagłej śmierci papieża Franciszka II kardynał Voiello, Gutierrez, Assente, Aguirre i Sofia udają się do Wielkiej Brytanii do wielkiej posiadłości Sir Johna Brannoxa. Mając nadzieję przekonać go do powrotu razem z nimi do Watykanu.

Wciąż rozważając ofertę objęcia najwyższego stanowiska w Kościele, Brannox zastanawia się nad swoją przeszłością i relacjami z rodzicami. Voiello ucieka się do użycia swojej mocy perswazji. Esther musi się wyprowadzić i nie ma pieniędzy ani pomysłu, gdzie podzieje się ze swoim synem.

Jan Paweł III jedzie do Wenecji, by odwiedzić Piusa XIII. Siostry rozpoczynają strajk, domagają się większych praw i szacunku. Voiello nakazuje monitoring klasztoru św. Teresy, ze szczególnym uwzględnieniem siostry Lisette, która przewodzi buntowi.

Papież zyskuje nowe pomysły po spotkaniu z Sharon Stone. Natomiast relacja papieża i Sofii rozkwita.

Jan Paweł III przygotowuje się do przełomowego wywiadu. Radio nadaje oddech Piusa XIII.

Papież Pius XIII przebudził po dwunastu miesiącach śpiączki. Zagrożenie terrorystyczne staje się bardziej realne i niepokojące. Polityka Assente zaczyna podważać wiarygodność Kościoła. Zrozpaczona Donna prosi Piusa o cud i żeby uzdrowił jej syna.

Po odkryciu tajemnic Jana Pawła III Voiello rozpoczyna swój plan odzyskania władzy. Tymczasem Lenny Belardo potajemnie wraca do Watykanu.

Terroryści atakują i biorą dzieci jako zakładników w Ventotene. Grozi wybuch największej wojny religijnej w dziejach. Pius XIII i Jan Paweł III są zmuszeni do konfrontacji. Sofia składa wymówienie.