비오 13세가 세 번째 심장 이식에도 실패해 혼수상태에서 벗어나지 못하자 국무원장 보이엘로는 교황청 미 대사의 얘기를 듣고 콘클라베를 추진한다. 보이엘로와 그의 정적인 헤르난데스가 1, 2위를 다투는 가운데 보이엘로는 선출될 가능성이 보이지 않자 나약한 후보인 토마소를 교황으로 밀기로 하는데...

프란치스코 2세의 죽음을 둘러싼 의혹이 불거지는 가운데 존 브라녹스 경을 신임 교황 후보로 추대하고자 바티칸 사절단이 찾아가지만 존 경은 피곤하다며 다음 날 아침에 만나자고 한다. 에스더는 힘든 형편 때문에 방송에 출연하고 시간이 없어 마음이 급한 사절단과 달리 존 경은 자신이 배우라면 무대에서 내려올 때를 알아야 한다며 간절한 제안을 승낙하지 않는데...

추기경들과 소피아가 존에게 교황 후보로 나서달라고 계속 부탁하자 존은 부모님 앞에서 그동안 쌓인 감정을 폭발시킨다. 갈 곳이 없어 방황하던 에스더는 새로운 교구민인 파비아노를 만나고 수녀원에선 리제테 수녀 어머님의 마지막 소원을 들어주고자 모금하지만 돈이 모자라자 카발로에게 부탁한다. 보이엘로의 설득으로 후보에 나서 교황이 된 존은 신도와 추기경단에 사랑이란 문제를 설교하는데...

교황은 자신이 누군지 모르는 마릴린 맨슨을 만나 비오 13세를 만나보라는 얘기를 듣고 국무원장은 수녀들이 파업하자 수녀원을 감시하라고 지시한다. 교황은 비오 13세를 찾아갔다 그의 추종자인 여자에게 비밀 얘기를 듣고 정부에서 종교 단체에 내는 과세법을 폐지하겠다고 하자 교황은 자신이 개인 비서로 임명한 스팔레타 추기경의 음모에 동참하며 구티에레스의 고해를 듣게 되는데...

교황은 샤론 스톤을 만나 천주교도의 동성 결혼과 성경을 업그레이드해 달라는 요청을 받는다. 교황이 프랑스의 테러 현장에서 안 된다는 말만 계속하자 이 발언에 언론이 열광한다. 소피아가 교황이 알려준 집 전화번호로 연락하자 두 사람은 카타콤에서 만나 프란치스코 2세의 죽음과 교황의 인터뷰 내용을 의논하고 비오 13세의 숨소리가 라디오로 방송되면서 큰 화젯거리가 되는데...

소피아는 본인에게 접근한 한 남자를 통해 남편과 몇몇 교회 관계자의 비밀을 알게 되고 교회 관계자의 부도덕한 사생활이 문제가 되면서, 요한 바오로 3세는 이를 대처하기 위해 행동을 취한다. 교회의 중요 인물들이 자리에서 물러나야 하는 상황에서 요한 바오로 3세는 교황 최초로 무대본 즉흥 인터뷰에 응하게 되는데...

비오 13세가 1여 년간의 혼수상태 끝에 기적적으로 깨어난다. 비오 13세는 주치의였던 헬메르 린데가드의 집에서 잠시 숨어 지내고 그들의 사연을 들은 비오 13세는 도움을 주고자 아직은 교황청에 돌아가지 않는데...

요한 바오로 3세는 테러 공격과 성 추문에도 몸을 사리며 숨어지내고 있다. 이에 주변 인물들은 대책을 마련하며 작전을 세우고 비오 13세가 깨어난 사실을 이용해 요한 바오로 3세를 끌어내려 하는데...

레니가 깨어났다는 소문이 돌면서 어린아이들과 사제 한 명이 납치되는 사건이 벌어진다. 인질극을 벌이는 납치범을 대상으로 두 교황은 머리를 맞대어 방법을 마련한다. 레니가 깨어나며 교황청의 추기경들은 누구를 모시는 건지 헷갈리는 가운데 두 교황은 각자의 방식으로 뜻을 모아 사건을 해결해 나가는데...