Alors que Danny et Lexi ont fini de traquer les dernières antiquités de Farouk sur le marché noir, ils commencent à faire des plans pour leur avenir. Mais leurs plans sont bouleversés lorsque le Vatican est attaqué par des terroristes. Une personne du passé de Danny revient, les entraînant dans une nouvelle chasse pour récupérer l'un des plus grands trésors perdus d'Asie, la bannière spirituelle de Genghis Khan.

La recherche de Kate Reece conduit Danny et Lexi au Vietnam, où ils retrouvent nul autre qu'Aiden Shaw. Les talents de combattante de Lexi sont mis à l'épreuve alors que l'équipe infiltre le dangereux Black Lotus - un club de combat clandestin - où ils découvrent un nouveau terroriste vicieux.

Une visite à Simon en prison permet d'obtenir de nouvelles informations sur les dernières allées et venues de la Bannière de l'Esprit, envoyant l'équipe en Russie.

Danny et Lexi s'associent à la bande de Levchenko pour un voyage en Mongolie. Levchenko espère trouver la Bannière Spirituelle pour lui-même, malgré la horde du Grand Khan qui le poursuit.

À la recherche de la Bannière de l'Esprit, Simon tente de conclure un marché, sans savoir que Lexi, Danny et Shaw sont à ses trousses. Ce qu'ils découvrent les conduit à Hong Kong tandis que Danny s'inquiète de plus en plus du contrôle que Violet exerce sur Lexi.

Sur la piste de nouveaux indices, Danny, Lexi et Violet traversent une dangereuse friche chimique au Kazakhstan jusqu'à Aralsk-7, une installation d'armes biologiques abandonnée. Pendant ce temps, Chuck commence son enquête sur les liens entre le Vatican et la Bannière des Esprits.

Danny enrôle son père, Patrick, dans leur quête de la bannière spirituelle. Patrick les conduit dans une base secrète au Laos, où il fait un aveu surprenant à Lexi sur le secret qu'il cache à son fils.

Après s'être écrasée dans la jungle du Laos, Lexi est gravement blessée. Danny et Patrick sont alors pressés de trouver un refuge. Pendant ce temps, Chuck découvre de nouvelles informations sur les relations entre le Vatican et la CIA.

La traduction du parchemin récemment récupéré emmène Danny, Lexi, Kate et Violet dans la toundra enneigée de Mongolie, avec des résultats mortels.

Lexi est kidnappée après avoir fait une découverte choquante. Shaw utilise un contact de la pègre pour l'aider, lui et Danny, à découvrir son emplacement et à affronter le gang de criminels de Kahn.

Les dernières pièces du plan de Kahn se mettent en place alors que Danny et Lexi doivent mettre leurs différences de côté afin d'arrêter Kahn et Simon avant qu'il ne soit trop tard.

Réalisant qu'ils ont mordu à l'hameçon de Kahn et qu'ils ont mis la vie de millions de personnes en danger, Danny et Lexi se retrouvent face à face avec Kahn dans une bataille finale au-dessus de Hong Kong.