Tolv år efter en mærkelig hændelse på Jorden vækker Dan et uhyggeligt væsen – og sin nye partner. Han og hans venner kaster sig ud i deres første slag.

Dan ender i en bakuganduel i forsøget på at stoppe en trussel på en lokal burgerbar. De Superseje må håndtere en gruppe beundrere, der bruger deres bakugan uforsvarligt.

De Superseje står over for en lokal tyran, som påstår at være den bedste bakugankæmper. Wyntons narrestreger bringer ham på kant med sin bakugan.

Et forbud mod bakugan tvinger De Superseje til at finde et nyt sted at dyste – indtil kaos sætter ind. Efter at have fået en udfordring møder Lia hård konkurrence.

Et par nye kæmpere tester deres evner for at blive en af De Superseje. Senere krydser gruppens veje en jægers, da en bakugan bliver væk.

Lynild finder en ny bakugan, hvilket bliver årsag til en heftig fejde mellem Artulean og Howlkor. En afsløring i medierne gør De Superseje sårbare.

Et rivaliserende hold udfordrer De Superseje til en risikabel alt-eller-intet-dyst. For at redde parken er gruppen presset til at deltage i en bakuganliga mod betaling.

Efter mødet med Lupitheon kommer De Supersejes bakugan under en andens kontrol. Da Dan begynder at opføre sig mærkeligt, finder Lynild frem til en bedrager.

De Superseje ender i en underjordisk labyrint, hvor de møder en ivrig fan, der er opsat på at kæmpe mod dem. Lia tager kampen op, da forurening truer en bakuganeng.

Dans hårde kamp mod Magnus afslører en bakugans udviklede form. Et mystisk opkald om en bakugan, der er blevet væk, fører De Superseje til et uhyggeligt sted.

Shun, der står over for en skelsættende bakugankamp, kæmper for at blive hos De Superseje. En ny trussel viser sig, mens Dan og Shun kæmper om lederposten.

Shun får besøg, forfærdelige nyheder og en uventet modstander. Drago og De Supersejes bakugan har åbenbart mærkelige syner under deres søvn.

De Superseje, som forsøger at afsløre en snyder, opdager, at de bliver overvåget. De møder senere Benton Dusk og kæmper mod Philomena Dusks AAAnimus-agenter.

Da de hører om et bakuganfængsel, begiver De Superseje sig til det labyrintiske Vestroia, hvor farerne lurer. Bagefter samarbejder de om at slippe ud igen.

Bakugan, som sidder fast i labyrinten, må håndtere en anden version af De Superseje. Efter at være undsluppet Vestroia er de glade for at være hjemme – men er de nu det?

Da en mørk kraft overtager bakugan, må Drago og De Superseje bruger en særlig energikilde til at stoppe den. Senere forsøger Tiko at ødelægge en kernecelle.

Da De Superseje er undsluppet labyrinten, kommer deres kampkundskaber på en prøve. Senere funderer de over, hvad de skal stille op med en bjørnelignende bakugan.

Mens Shun kæmper mod sin fætter, forsøger De Superseje at udvikle deres bakugan. Først må de dog finde ud af, hvordan de får adgang til kernecellen og holder Shun hjemme.

Lia filmer altid bakugan og forsøger at lære, hvordan hun udvikler Pegatrix. Dan forsøger at narre De Superseje, og Duran Dane vil gerne kæmpe mod en udviklet bakugan.

Efter at have fundet en skjult kernecelle møder Dan og Wynton en gammel fjende. Senere overtager oberst Tripp kontrollen over Wyntons sind og starter et bakuganopgør.

Da Dan udfordrer Magnus og kæmperne, bliver han fanget i et vulkanudbrud. Lynild afslører kernecellens placering og kæmper mod Strata.

Efter at have hørt om den nye kernecelle opdager De Superseje, at Magnus og hans team allerede beskytter den. Dan og Magnus kæmper derefter i et episk opgør.

De Superseje er frustrerede over ikke at kunne komme helt på og beskytte kernecellen, men siger ja til en suspekt opgave fra Philomena i AAAnimus-hovedkvarteret.

De Superseje møder modstand mellem skyerne, da de skal flytte kernecellen med helikopter. Og forskningsarbejdet giver teamet flere udfordringer, end de havde regnet med.

En mystisk forbindelse mellem De Superseje og kernecellen får uhyggelige konsekvenser. Sandheden om Philomenas plan om at skabe en perfekt verden afsløres.

For at forpurre Philomenas planer indgår De Superseje en usikker alliance med Benton. Et episk Bakugan-opgør presser teamet både fysisk og følelsesmæssigt.

De Supersejes nye eventyr begynder på en tropeø, der ikke er så fredelig − eller øde − som det ser ud til. En foruroligende opdagelse ændrer deres mission.

En spændende invitation og et signal fra Kernecellen bringer DS til landet Brakistan og dets sære, unge konge, som er superfan og wannabe-kæmper.

DS er på flugt i Brakistan og har forklædt sig. Lia giver en forelsket lord Brakken nogle hårde lektioner, hvad angår kærlighed, livet og kamp.

Dan og Wyntons nye video bringer deres hemmelige mission i fare. DS og Magnus mødes igen, da de begge er ude efter en kernecelle og støder på dens barske beskytter.

De Superseje følger et underligt signal og opdager et skjult laboratorium på en menneskeskabt ø. Shun genforenes med sin far og må træffe et svært valg.

Drago har en foruroligende vision, men Shuns far vil ikke lytte til advarslerne. Masato slipper en enorm trussel løs, og partnerne tvinges til at bruge alt deres mod.

En sært glad Benton holder et luksuriøst poolparty for De Superseje, da de begynder at tvivle på hans plan. En gammel fjende vender tilbage stærkere end nogensinde.

Det er hårdt arbejde i temaparken, hvor Benton opdager en ny port. Strata springer pludselig fra labyrinten og opfører sig mærkeligt, hvilket bekymrer DS.

DS oplever et gennembrud med den rasende Gyldne Bakugan, Trhyno, der kommer med skræmmende nyheder. Magnus og Dan kæmper igen og denne gang på farlig ny grund.

Der er en skræmmende pris ved Magnus' nyfundne kræfter. DS får nys om Tikos onde plan, men ved ikke, hvordan de skal stoppe den. Dan gemmer på en mørk hemmelighed.

Dragos mistanke bekræftes, inden han og Dan kæmper en kamp, der gælder liv eller død. Magnus finder en ny form for styrke i sin kamp mod Tiko.

Benton opdager V-virussens kraft. Senere virker hans opførsel en smule besynderlig, mens de unge kæmpere lærer om Vestroias økosystem.

På en mission i Brakistan opdager DS, at paladset − og lord Brakken − er mærkeligere end nogensinde. Vennerne må bruge deres kløgt for at komme ud af en knibe.

Under deres næste mission må DS kæmpe mod en overraskende modstander. Efter det ændrer en samtale alt, hvad de ved om kerneceller.

DS får mistanke til Benton og sætter ham på en prøve. Resultatet tvinger dem til at besøge en gammel rival for at få råd.

Da verdens børn mister deres Bakugan, må DS stå sammen for at stoppe den. Senere overvældes Wynton af en konfrontation med oberst Tripp.

Lia møder en rival, China Riot, og kastes ind i en overraskende konkurrence. DS besøger også Shuns far blot for at opdage noget om kernecellerne.

Shuns fætter, Masato, dukker op med fantastiske nyheder til DS. Shun kommer med en bøn til sin far om at træffe den rigtige beslutning.

Mens DS bekæmper fjendtlige styrker, indgår de en alliance med en tidligere fjende. Senere kaster denne nye forbindelse dem ind i en risikabel redningsmission.

Da DS omgrupperes efter deres redningsmission, opdager de en måde at kurere en falden forbundsfælle på. En kæmpe trussel truer imidlertid med at stoppe dem.

Kernecellerne er under angreb − og DS kan kun beskytte dem på én måde. I mellemtiden finder Dan endelig ud af sandheden om Tiko.

Tiko forbereder sig på sit største mål, da Shun får et chokerende familiebesøg. Derefter samarbejder uventede allierede med DS for at forsvare planeten.

De Superseje og deres allierede planlægger et snedigt forsvar mod Tiko og hans styrker. Under det mægtige slag viser en kraftfuld helt sig.

Tiko afslører sin sande form under et storslået slag mod De Superseje. Under denne afgørende kamp håber Dan, at en nødplan kan redde verden.

The AO plan on sneaking into AAAnimus and rescuing their Bakugan but are stopped by Benton who offers up an alternate plan.

The AO team up with Benton Dusk to recapture their stolen Bakugan and free the energy from the Mind Core Cell.