Oudosta tapahtumasta Maassa on kulunut 12 vuotta, kun Dan herättää pelottavan otuksen – ja uuden kumppaninsa. Hän joutuu kavereineen ensimmäiseen taisteluun.

Dan yrittää estää paikalliseen purilaispaikkaan kohdistuvan uhan bakugan-kaksintaistelussa. Supertiimi kohtaa ihailijaryhmän, joka käyttää bakuganejaan holtittomasti.

Supertiimi saa vastaansa naapuruston kiusaajan, joka väittää olevansa paras bakugan-taistelija. Wyntonin pilat saavat hänen bakuganinsa hermostumaan.

Bakugan-kielto pakottaa Supertiimin etsimään uuden taistelupaikan, mikä johtaa kaaokseen. Lia joutuu tiukkaan taistoon haasteen seurauksena.

Uusi taistelupari testaa kykyjään saadakseen paikan Supertiimissä. Myöhemmin ryhmä tapaa metsästäjän yhden bakuganin kadottua.

Salama löytää uuden bakuganin, mikä saa aikaan tulisen taiston Artuleanin ja Howlkorin välillä. Uutisskuuppi saa Supertiimin haavoittuvaiseen tilaan.

Kilpaileva ryhmä haastaa Supertiimin vaaralliseen taisteluun, jonka voittaja saa kaiken. Tiimi haluaa pelastaa puiston ja tuntee painostusta liittyä bakugan-liigaan.

Supertiimi päätyy maanalaiseen sokkeloon ja tapaa kiihkeän fanin, joka on päättänyt taistella heidän kanssaan. Lia ottaa ohjat bakugan-niityn saastuttua.

Danin ja Magnusin kiivas taistelu paljastaa kehittyneen muodon bakuganista. Kadonnutta bakugania koskeva salaperäinen puhelu lähettää Supertiimin aavemaiseen paikkaan.

Shun taistelee elämää mullistavassa bakugan-taistossa paikastaan Supertiimissä. Dan ja Shun ovat napit vastakkain johtajuudesta, kun uusi uhka nostaa päätään.

Shun saa vierailijan, jonka käynti johtaa karmivaan ja odottamattomaan vastustajaan. Drago ja Supertiimin bakugan tuntuvat vaipuvan uneen ja näkevän oudon näyn.

Supertiimi odottaa paljastavansa huijarin, mutta huomaa varjostajan. Myöhemmin tiimi tapaa Benton Duskin ja saa vastaansa Philomena Duskin AAAnimus-agentit.

Kuultuaan bakugan-vankilasta Supertiimi suuntaa Vestroian labyrinttimaailmaan, jossa odottaa vaara. Tiimi tekee yhteistyötä päästäkseen ulos.

Sokkelossa bakuganit huomaavat olevansa tekemisissä Supertiimin eri version kanssa. Lähdettyään Vestroiasta ryhmä on innoissaan kotiinpaluusta. Mutta ovatko he kotona?

Pimeä voima ottaa bakuganit valtaansa, ja Drago ja Supertiimi joutuvat käyttämään erikoisvoimaa tilanteen pysäyttämiseksi. Myöhemmin Tiko yrittää tärvellä ydinkennon.

Päästyään sokkelosta Supertiimi panee taistelutaitonsa koetukselle. Myöhemmin ryhmä ihmettelee, mitä karhua muistuttavan bakuganin kanssa tehdään.

Shun taistelee serkkuaan vastaan, ja Supertiimi yrittää kehittää bakuganejaan. Ensin täytyy kuitenkin selvittää, miten päästä käsiksi ydinkennoon ja pitää Shun kotona.

Lia sen kun kuvaa bakuganeja ja haluaa oppia, kuinka Pegatrix kehitetään. Dan yrittää huiputtaa Supertiimiä, ja Duran Dane haluaa taistella kehittyneen bakuganin kanssa.

Löydettyään kätketyn ydinkennon Dan ja Wynton törmäävät vanhaan viholliseen. Myöhemmin eversti Tripp hallitsee Wyntonin mieltä ja synnyttää vihanpidon.

Dan haastaa Magnuksen ja taistelijat, mutta joutuu tulivuorenpurkaukseen. Salama kaivaa esiin ydinkennon sijainnin ja taistelee Strataa vastaan.

Saatuaan tietää uudesta ydinkennosta Supertiimi huomaa, että Magnus ryhmineen suojelee jo sitä. Dan ja Magnus kisaavat eeppisessä ottelussa.

Supertiimiläiset ovat turhautuneita, koska he eivät pääse tarpeeksi lähelle ydinkennoa, ja hyväksyvät epäilyttävän työtarjouksen Philomenalta AAAnimuksen päämajasta.

Edessä on vaikea ilmataistelu, kun Supertiimi lähtee kuljettamaan ydinkennoa helikopterilla. Tutkimustyöllä on yllättävät seuraukset.

Supertiimin ja ydinkennon välisellä salaperäisellä yhteydellä on kauhistuttavat seuraukset. Totuus Philomenan suunnitelmasta luoda täydellinen maailma paljastuu.

Supertiimi haluaa tehdä Philomenan aikeet tyhjäksi ja ryhtyy kiusalliseen liittoon Bentonin kanssa. Eeppinen bakugantaistelu on raskas niin fyysisesti kuin henkisestikin.

Supertiimin uusi seikkailu alkaa trooppisella saarella, joka ei olekaan niin rauhallinen – tai autio – kuin miltä näyttää. Hälyttävä löydös muuttaa ryhmän tehtävän.

Jännittävä kutsu ja ydinkennosignaali johtavat Supertiimin Brakistanin valtioon ja sen oudon nuoren kuninkaan luokse, joka on ryhmän superfani ja haluaa taistelijaksi.

Supertiimi yrittää piileskellä Brakistanissa hullujen valeasujen avulla. Rakastunut Lordi Brakken saa Lialta kovan opetuksen rakkaudesta, elämästä ja taistelemisesta.

Danin ja Wyntonin uusi video asettaa salaisen tehtävän vaaraan. Supertiimi ja Magnus kohtaavat taas metsästäessään ydinkennoa ja törmäävät sen hurjaan suojelijaan.

Supertiimi lähtee seuraamaan outoa signaalia ja löytää kovan luokan operaation tekosaarelta. Shun tapaa etääntyneen isänsä ja joutuu tekemään vaikean päätöksen.

Drago näkee järkyttävän enneunen, mutta Shunin isä ei välitä varoituksista. Masaton uhkaus saa kaverukset venymään äärirajoilleen.

Oudon iloinen Benton järjestää upeat allasbileet juuri kun tiimi alkaa epäillä miehen avoimen lähdekoodin suunnitelmaa. Vanha vastustaja palaa vahvempana kuin koskaan.

Benton löytää uuden portin, joten huvipuistovierailulla ei jää aikaa hauskanpitoon. Strata ilmestyy sokkelosta mutta käyttäytyy oudosti saaden Supertiimin huolestumaan.

Supertiimi elvyttää raivoavan kultaisen bakuganin Trhynon, jolla on pelottavia uutisia. Magnus ja Dan taistelevat taas, tällä kertaa vaarallisella uudella alustalla.

Magnus joutuu maksamaan uusista voimistaan kovan hinnan. Supertiimi saa vihiä Tikon kavalasta suunnitelmasta, mutta ei osaa pysäyttää sitä. Danilla on synkkä salaisuus.

Dragon epäilykset vahvistuvat, ja Drago ja Dan taistelevat elämästä ja kuolemasta. Otellessaan Tikoa vastaan Magnus saa aivan uudenlaisia voimia.

Bentonille valkenee V-Viruksen mahti. Myöhemmin hänen käytöksensä vaikuttaa oudolta, ja nuoret taistelijat saavat tietää Vestroian ekosysteemistä.

Supertiimin suorittaessa tehtävää Brakistanissa palatsi – ja Lordi Brakken – muuttuvat yhtäkkiä entistä oudommiksi. Ystävysten on keksittävä keino päästä pois kiipelistä.

Seuraava tehtävä johtaa Supertiimin taisteluun yllättävän vastustajan kanssa. Myöhemmin käytävä keskustelu muuttaa täysin heidän käsityksensä ydinkennoista.

Supertiimi alkaa epäillä Bentonia ja tekee miehelle testin, jonka tuloksen saatuaan ryhmän on pakko pyytää neuvoa vanhalta kilpailijaltaan.

Kaikki maailman lapset menettävät bakuganinsa, joten Supertiimi ryhtyy toimeen tilanteen korjaamiseksi. Myöhemmin Wynton kohtaa eversti Trippin ja joutuu alakynteen.

Lia joutuu yllätysmittelöön uutta kilpailijaa China Riotia vastaan. Supertiimi vierailee Shunin isän luona ja saa uutta tietoa ydinkennoista.

Shunin serkku Masato ilmestyy kertomaan Supertiimille tyrmääviä uutisia, ja Shun yrittää saada isänsä tekemään oikean ratkaisun.

Joutuessaan taisteluun vihollisjoukkoja vastaan Supertiimi tekee vanhasta vastustajastaan liittolaisen, ja myöhemmin he tekevät vaarallisen pelastusoperaation yhdessä.

Supertiimi kerää voimiaan pelastustehtävän jälkeen ja keksii parannuskeinon vahingoittuneelle liittolaiselle, mutta heidän suunnitelmansa joutuu suureen vaaraan.

Ydinkennot joutuvat hyökkäyksen kohteeksi – ja Supertiimille jää vain yksi keino suojella niitä. Dan saa vihdoinkin tietää totuuden Tikosta.

Tiko valmistautuu suurimpaan hyökkäyskohteeseensa. Shunin perheenjäsen tekee yllätysvierailun, ja Supertiimi saa odottamattomia liittolaisia planeettansa puolustamiseen.

Supertiimi liittolaisineen tekee ovelan puolustussuunnitelman Tikoa ja tämän joukkoja vastaan. Keskellä taistelun temmellystä suuri sankari näyttää voimansa.

Tiko paljastaa oikean olomuotonsa hurjassa yhteenotossaan Supertiimiä vastaan. Lopullisessa mittelössä Dan turvautuu varasuunnitelmaan ja toivoo sen pelastavan maailman.

The AO plan on sneaking into AAAnimus and rescuing their Bakugan but are stopped by Benton who offers up an alternate plan.

The AO team up with Benton Dusk to recapture their stolen Bakugan and free the energy from the Mind Core Cell.