陸軍のナンシー・ジャックス中佐は、夫と2人の子供を持ち、世界でもトップレベルの危険な仕事に就いている。何層もの防護服を着て彼女が入るのは、陸軍感染症医学研究所にあるバイオセーフティーレベル4のラボ。そこで、世界有数の致死性ウイルスを扱うのである。1989年のある日、ワシントン近郊から職場に届いたサンプルを検査する。それは世界で最も致死率の高いウイルスの1つかもしれないと恐怖を抱く。

感染したサルの新しい検体をもっと渡してほしいとサルの検疫所の職員を説得したナンシー・ジャックス中佐。自らの車で何とかサルの死体をユーサムリッドへ持ち帰る。そしてジャーリングと共に検体から標本を作り、ついに顕微鏡越しにウイルスと対峙。ウイルスは致死率90%のザイールエボラの検査薬に反応を示した。ナンシーはウイルスの専門家であるウェイド・カーター博士の協力を得て、ウイルスを封じ込めることを決意する。

サルの検疫所で別の部屋にも感染が広がっていると気づいたジャックス中佐。対策を急ごうとするも、近年これほどのウイルスが現れたことがないアメリカには、手順が確立されていない。そんな中、検疫所の職員が倒れてしまう。人間に感染したのではと懸念するジャックスは、各組織の代表に封じ込め作戦の必要性を訴えるが、反対に遭う。反対派の1人、疾病対策センターのトラビス・ローズは、カーターをよく知る人物だった。

サルの検疫所からようやく許可が下り、これまで誰も経験したことのない危険な任務に挑むことになったナンシー・ジャックス中佐。プロジェクトのリーダーとしてユーサムリッドでのチーム編成に向けて動き出すが、命がけの危険な任務は、家族にも不安をもたらすことになる。家族への思いが人一倍強い夫ジェリーは、妻を守る道を選ぶ。そんな中ナンシーは、師匠のウェイド・カーター博士に、裏の狙いがあるのではないかと考える。

検査ではエボラウイルスに陽性反応が出たものの、人間の感染者にはサルに見られた恐ろしい症状が現れない。人間とサルで何かが違うのか？その原因を突き止めるべく、ナンシー・ジャックス中佐は、バイオセーフティー・レベル4で精力的に調査を行う。一方、夫ジェリーの率いるチームはウイルスの封じ込め作戦を開始。しかし検疫所で思わぬ危機に見舞われ、チームの中で最も頼りになる隊員が、命の危険にさらされることになる。

困難を極めるサルの検疫所での制圧任務。ナンシー・ジャックス中佐がチームに合流するも、メンバーの疲労はピークに達していた。危険な現場での集中力低下は命取り。彼らは次々と困難に見舞われる。さらに、記者が現場に現れ、地域住民も陸軍の存在に不安げなまなざしを向ける。危険なウイルスの存在が明るみに出れば、パニックは必至。彼らはこのまま秘密裏にウイルスを封じ込め、アメリカを救うことができるのか…？