인류 역사상 최악의 위기를 하루 앞두고 제니퍼 브라운 의원이 대통령과 충돌한다. 그녀의 자녀들인 요릭과 히오로는 감정의 갈림길에 다다른다. 그누도 자신들의 삶이 영원히 바뀔 것이라는 사실을 모르고 있다.

대형 재난 사로고 인해 Y 염색체를 가진 모든 생물이 멸종되고, 제니퍼 브라운 대통령은 위기에 대응한다. 요릭은 자신이 유일한 생존자일까 두려워한다. 히어로는 잘못을 바로잡고자 한다.

제니퍼와 요릭이 재회하고, 355 요원은 다음에 벌어질 일에 대한 계획을 세운다. 사망한 대통령의 딸 킴벌리는 제니퍼의 비밀을 맴돈다. 한편 노라 브래디와 그녀의 딸 맥은 집에 작별 인사를 한다.

요릭과 에이전트 355는 제니퍼의 명령에 따라 그가 어떻게 살아남았는지에 관한 미스터리를 밝힐 수 있는 유전학자를 물색한다. 한편, 히어로와 샘은 위험한 여성 집단을 맞닥뜨린다.

요릭과 355 요원은 전쟁으로 폐허가 된 보스턴에서 앨리슨 맨 박사를 찾는다. 워싱턴 D.C.에서 제니퍼는 자신의 정적들에게 요릭에 대한 진실을 숨긴다.

요릭과 요원 355, 맨 박사는 샌프란시스코에 가는 길에 문제가 생긴다. 요원 355를 찾는 도중, 제니퍼는 전 장관이자 대통령직에 눈독을 들이는 레지나 올리버를 만난다. 히어로는 카리스마 넘치는 리더인 록산에게 유혹당하고, 샘과 노라는 위험한 생존자들 사이에서 자리는 찾으려 애쓴다.

킴벌리는 비밀을 밝혀낸다. 355와 앨리슨은 합의를 한다. 요릭은 우연히 겉보기와는 다른 불가사의한 마을 발견한다.

프라이스맥스 내 긴장 상태가 걷잡을 수 없이 커지고 히어로와 샘은 돌아올 수 없는 강을 건넌다. 노라는 위험한 비밀을 파헤친다.

펜타곤 내 긴장이 절정에 달하면서 제니퍼는 깜짝 놀랄 새로운 위협에 직면한다. 한편 아마존들은 먼 길을 나선다.

아마존족이 매리스빌을 궁지에 몰아넣고, 노라는 한계점에 다다른다. 요릭은 새로운 인연을 맺은 한편, 355는 자신의 과거를 마주한다.