경사스러운 독립기념일을 앞두고 미국 전역에 때이른 독감이 유행한다. 대수롭지 않게 여긴 것도 잠시, 치사율 99%가 넘는 슈퍼 독감 바이러스 '캡틴 트립스'에 의해 70억 명이 사망하고 면역성을 가진 극소수만 살아남는다.

마더 애버게일의 계시를 따라, 해럴드와 프래니의 흔적을 따라 볼더 자유 지대에 도착한 래리와 네이딘과 조. 래리는 이곳에 오기까지의 험난한 여정을 회상한다. 한편 경찰을 죽인 혐의로 수감됐다가 캡틴 트립스 탓에 교도소에 갇힌 채 아사 위기에 몰린 로이드 앞에 신비한 남자 플래그가 나타난다.

플래그에게서 도망쳐 온 한 남자가 볼더 자유 지역에 나타나고, 마더 애버게일에게 플래그의 경고가 담긴 메시지를 전한다. 마더 애버게일은 닉 앤드로스에게 자신의 목소리가 되어 줄 것을 부탁하고, 플랑셰트로 플래그와 접촉한 네이딘 크로스에게 플래그는 애버게일과 애버게일이 선택한 다섯 명을 죽일 것을 명령한다.

위원회는 다크맨이 있는 라스베이거스에 스파이로 데이나 저건스와 패리스 판사, 톰 컬런을 보내기로 결정한다. 한편, 네이딘은 해럴드를 찾아가 자신과 함께 애버게일과 위원회 다섯을 죽일 것을 제안한다. 네이딘과 헤럴드는 창고에 있는 폭탄을 옮기다 와이잭과 마주치고, 네이딘은 와이잭에게 총을 쏜다.

프랜은 해럴드가 뭔가 나쁜 일을 꾸미고 있다고 생각해 래리에게 해럴드의 집을 몰래 살펴봐 줄 것을 부탁하고, 뉴베이거스로 간 데이나는 플래그와 만나게 된다.

네이딘은 마더 애버게일이 사라져 계획에 차질이 생기자 당황한다. 해럴드는 그런 그녀에게 마더 애버게일의 귀환을 기원하는 기도회에서 위원회뿐 아니라 모두를 처리하자며 폭탄을 보여 준다. 한편 플래그는 세 번째 스파이를 찾아내려고 혈안이 된다.

겨우 의식을 찾은 마더 애버게일은 위원회 다섯 명을 불러 모아 마지막 예언을 전한다. 음식도 물도 없이 걸어서 다크맨에게 맞서러 가는 것이 신의 뜻이라는 마더 애버게일의 유언에 스튜, 글렌, 레이, 래리 네 사람은 라스베이거스까지 대장정을 시작한다.

낙오된 스튜를 뒤로하고 뉴베이거스에 도착한 글렌, 레이, 래리는 로이드가 진행하는 법정에 서게 된다. 불순한 의도로 잠입한 혐의로 재판을 받던 중 대체 뭐가 두려운 거냐는 글렌의 도발에 로이드는 흥분을 감추지 못한다.

불의의 사고로 목숨을 잃은 이들의 추도식을 치르던 볼더 주민들 앞에 반가운 얼굴이 등장한다. 한편 출산 후 평화를 되찾은 프래니는 새로운 여정에 나서고, 그곳에서 빛과 어둠을 목격한다.