V prvním díle se setkáváme nejdříve s Adsonem, mladým německým šlechticem, kterého na rozdíl od otce nijak nelákají povinnosti ani slasti zaopatřeného života. Císařský generál ovšem odmítá ponechat svého prvorozeného klášteru a vezme ho s sebou na válečné tažení do Itálie. Zde se Adso setká s bezprostředním františkánem Vilémem z Baskervillu, přijme ho jako svého mistra a společně zamíří na teologický sněm do opatství na úpatí Alp. Už během jejich příchodu se Adso poučí o mnohých schopnostech a nadání svého mistra, který dokáže popsat a vystopovat koně, aniž by zvíře viděl nebo ho někdo zpravil o jeho útěku ze stáje. A záhy se ukáže, že Vilémův intelekt bude v opatství více než potřebný. Jeden z mnichů byl právě nalezen mrtvý a zůstává záhadou, zda z věže skočil dobrovolně, nebo byl donucen.

Pouhý den po záhadném skonu iluminátora Adelma najdou mniši mrtvé tělo dalšího ze svých řad. Tentokrát už však nemůže být pochyb o tom, že šlo o vraždu. A protože i druhá oběť má přímou vazbu na tajnosnubnou knihovnu, ve Vilému z Baskervillu (John Turturro) sílí podezření, že vrahův motiv se ukrývá právě tam. Opatův zákaz vstupu ovšem trvá a tak si Vilém s Adsonem musí vystačit jen s kusými indiciemi, aby odhalili četná tajemství mezi bratry. Zároveň se blíží zahájení sněmu mezi papežskými a císařskými vyslanci a přichází nečekaná zpráva, že debatu za Svatý stolec povede neúprosný Bernarda Gui (Rupert Everett). Navíc ho do opatství bude doprovázet početná ozbrojená stráž a vzhledem k jeho zaslepené touze očistit svět od heretiků se potřeba odhalit vraha před konáním sněmu stává ještě naléhavější.

Přes opatův zákaz se Vilémovi s Adsonem podařilo proniknout do skriptoria a prozkoumat Venantiův stůl i zapovězenou knihovnu. Nejsou však sami, kdo zná tajný vstup a samotný labyrint knih skrývá řadu pastí pro nezvané hosty. Oběma se nakonec podaří z knihovny nepozorovaně odejít, Vilém však přišel o své okuláry a bez nich ze zašifrovaného záznamu nic víc nezjistí. Po setkání se Salvatorem a jeho kusou makarónštinou v Adsonovi vzroste zájem o sektu dulcinistů. V knihovně si pak pročítá jejich historii, aniž by tušil, jakému nebezpečí se vystavuje. Na cestě do opatství nechal Bernard Gui při pouhém podezření Dulcinova vlivu vypálit celou vesnici a brzy dorazí na sněm. Ani slovutný inkvizitor však neujde střetnutí s pozůstatky svých starých hříchů. A zrovna, když se zdálo, že k vyřešení vrahova tajemství zbývá Vilémovi tak málo, ztratí se další mnich.

Vilémovi se společně s Adsonem podařilo projít skoro až do středu labyrintu knihovny, zastavilo je ale tajemné zrcadlo a také svolávání k ranním modlitbám. Znovu se sejdou až u večeře, která je zároveň oslavou v předvečer zahájení všemi očekávané disputace. A ještě téže noci se oba hlavní řečníci snaží získat informace o tajemstvích mezi zdmi opatství. Vilém se obrátí na Remigia a vyslechne jeho příběh o setkání s Dulcinem až do úplného konce. Bernard Gui si naproti tomu nechá přivést svého tajného spojence, který dění v klášteře po celou dobu sledoval. Adso naproti tomu objevuje hluboko v lese tajemství, která stránky knih zachytit nedokáží. Všichni pak následujícího dne zamíří na debatu o Kristově chudobě, ale síň plná učenců se záhy promění v ohlušující vřavu.

V opatství pokračuje druhým dnem disputace o Kristově chudobě a práva církve zasahovat do světských záležitostí. Těsně před jejím zahájením ale za Vilémem přispěchá Severin, který ve špitále našel podivnou knihu. A dřív než do ní Vilém, zaměstnaný svým projevem na debatě, stihne nahlédnout, prazvláštní kniha zmizí a nechá za sebou další krvavou stopu. Tentokrát však Vilém není jediný, kdo pátrá po viníkovi a vyšetřování se horlivě ujímá Bernard Gui se svými inkvizitorskými metodami. Mezitím se Anna vzpamatovala ze svých zranění a dorazí až k hradbám opatství, kde vyhledá Remigia. Namísto pravdy o svém otci ji však čeká další boj s Bernardovými vojáky, aby tak splatila dluh za záchranu svého života.

Se třemi vězni v kobkách se Bernard Gui připravuje na výslechy za pomoci rozžhaveného železa a na následný proces, což zcela zastíní původní teologickou rozpravu. Vzhledem k početné vojenské síle, kterou má inkvizitor k dispozici, nezbývá Vilémovi a ostatním mnichům než čekat na začátek slyšení a modlit se za spásu obviněných. Během projednávání možného kacířství za zdmi opatství vyjdou na světlo mnohé hříchy, nejenom Remigiovi, ale také hlavního knihovníka a dokonce i opata. Roztrpčenému Bernardovi se ovšem nedaří plně objasnit vraždy několika mnichů, ani přesvědčivě využít Remigiovo doznání proti františkánům. Vilém ale tuší, že ani tak není jeho řád v bezpečí.

Po předčasně ukončené teologické rozpravě se spor mezi císařem a avignonským papežem znovu rozhoří a ve středu jejich bitvy stojí františkáni. Vilém své bratry nabádá k opuštění opatství ještě téže noci, sám ale s Adsonem zůstává. Stále chová naději, že se jim podaří vyřešit děsivé vraždy a najít smrtící knihu, opat už však o žádné další odhalení nestojí a pátrání po knize Vilémovi zakáže. Kvůli smrti knihovníka i inkvizitorskému procesu je ale běžný život v opatství obrácen vzhůru nohama a Vilém se tak se svým učněm může vydat až do nejvíce utajované části knihovny, finis Africae. Tam už na ně čeká strůjce vražedné knihy i ochránce jejího tajemství.