콜드 슬립한 츠카사를 구하기 위해 인류 석화의 배후에 도전하는 센쿠 일행. 항해에 필요한 선장 류스이를 동료로 맞아 기구를 타고 보물 탐색을 시작한다. 우선 배의 연료가 될 석유를 찾아다니며 하늘에서 얻은 정보로 과학 왕국 주변 지도를 만들어 가는 멤버들. 그러던 중 마을 주민들의 식량 문제에 직면한 센쿠는 동료들과 함께 무언가를 시작하는데…

타이주 일행의 노력으로 큰 밀밭을 손에 넣은 과학 왕국. 하지만 직접 구운 빵은 딱딱하고 검게 탄 상태. 절망한 센쿠 일행은 프로 셰프를 깨우기로 하고 석화 전 류스이를 섬기던 집사 겸 셰프 프랑수아를 부활시킨다. 센쿠에게 보존식으로 쓸 빵을 주문받은 프랑수아는 그 욕망에 응하기 위해 움직인다. 센쿠도 기자인 미나미의 욕망을 위해 어떤 과학 아이템을 만들기 시작하는데…

손에 넣은 카메라로 기구에서 항공 사진을 찍는 센쿠 일행. 하지만 사진에서도 석유를 찾지 못한 채 계절은 결실의 가을을 맞이한다. 프랑수와는 요리 식재료를 모으기 위해 스이카와 함께 멧돼지와 트뤼프를 찾아 나서고 그걸 본 센쿠도 멧돼지를 석유 찾기에 이용하기로 한다. 그런 가운데 새로운 과학 아이템을 시험하던 센쿠 일행의 통신이 누군가에 의해 방해를 받는데...

갑자기 센쿠 일행에게 섬뜩한 메시지를 보낸 와이맨. 그 정체를 밝히기 위해 센쿠를 비롯한 오지장은 전략회의를 시작한다. 보이지 않는 적에 대항하기 위해 과학의 눈 레이더&음파탐지기를 만들어 와이맨의 정체를 밝히려는 센쿠. 한편 레이더의 성질을 안 크롬은 뭔가를 계획하는데…

과학 왕국은 선박 제작에 필요한 것들을 갖췄지만 대형 기범선 제작이 기술적으로 난항을 겪으며 센쿠는 계획 변경을 피할 수 없게 된다. 그러던 중 누구보다 기범선에 애착이 강한 류스이가 어떤 제안을 하고 기범선 제작은 활기차게 진행되는데…

드디어 완성된 과학선 페르세우스. 승선 멤버는 페르세우스를 타고 드넓은 바다로 나아간다. 목표는 뱌쿠야 일행이 남긴 우주선 소유즈가 잠들어 있는 100가지 이야기가 시작된 땅. 출발 전 루리에게 대대로 전해 내려온 100가지 이야기를 들은 센쿠는 백금인 플래티나가 소유즈 안에 있다고 확신한다. 그러던 중 승선해 있던 한 사람이 지금까지 숨겨온 비밀을 털어놓는데…

플래티나가 잠들어 있는 보물섬에 도착한 센쿠 일행. 센쿠, 겐, 코하쿠는 섬 출신인 소유즈와 함께 곧바로 정찰을 시작한다. 배에 남은 대기조도 바다 밑을 조사하고 우쿄는 무인도였던 곳에 대량의 석상이 있는 것에 의문을 품는다. 그러던 중 류스이는 누군가의 시선을 느끼는데…

섬의 미소녀 아마릴리스와 동료가 된 센쿠 일행. 아마릴리스는 5년 전 두령의 부하 모즈와 키리사메가 석화 무기를 사용하는 걸 본 이후 몰래 훔칠 기회를 노리고 있었다. 그 얘길 들은 센쿠는 바로 잠입 작전에 나서지만 성공하기 위해선 배 안의 과학 라보가 필요한데…

석화 광선에서 살아남은 긴로와 스이카는 코하쿠의 메시지대로 배 안에 있는 라보를 타고 탈출하는 데 성공한다. 센쿠는 코하쿠를 후궁에 잠입시키기 위해 과학을 이용한 코하쿠 뷰티 대개조를 시작하는데

석화 무기를 빼앗기 위해 두령 일당의 근거지로 들어간 스파이팀. 코하쿠는 귀걸이 모양의 인컴으로 센쿠의 지시를 받으며 적의 근거지를 정찰한다. 한편 센쿠가 공중전에 대비해 새로운 과학 아이템을 준비하던 중 스파이팀으로부터 암호가 도착하는데…

적의 본거지에 잠입 중인 코하쿠는 슈퍼 레어 아이템 플래티나가 잠들어 있는 보물 상자 소유즈를 발견한다. 하지만 플래티나는 두꺼운 콘크리트에 덮여 있어 쉽게 꺼낼 수 없고 센쿠는 코하쿠와 협력해서 보물 상자 개봉 미션에 도전하는데…

플래티나를 이용해 질산을 얻는 데 성공한 센쿠 일행은 가장 먼저 장인 카세키를 깨우기로 하지만 페르세우스에 있던 석상들이 바다에 버려지자 작전을 변경한다. 버려진 석상 조각들을 찾기 위해 바다에 능통한 류스이를 부활시키려고 했지만 이바라는 류스이 석상을 본거지로 가져가는데…

센쿠 일행은 석화에서 부활한 카세키와 함께 드론 만들기에 돌입하고 모즈에게 정체를 들킨 코하쿠는 그와 싸움을 시작한다. 한편 두령의 처소로 불려간 긴로는 그곳에서 이바라가 숨겨온 비밀을 알게 되는데...

센쿠 일행은 과학 왕국 동료들을 차례로 부활시키고 도망쳐온 아마릴리스에게 코하쿠와 긴로의 소식을 전해 듣는다. 아마릴리스가 가져온 정보의 퍼즐을 맞추던 이들 앞에 모즈가 나타나고 모두의 목숨이 위험한 가운데 겐은 모즈를 아군으로 만들기 위한 대화를 시도하는데…

모즈의 활약으로 석화 왕국은 후드 전사에 대한 경계심이 높아지고 센쿠는 드론을 이용해 석화 무기를 빼앗기 위한 작전을 세우며 필요한 장비를 만든다. 후드, 총, 드론, 와이어를 완성한 과학 왕국은 드디어 결전에 나서고 모즈와 키리사메가 이끄는 석화 왕국의 전사들과 마주하게 되는데...

센쿠 일행은 섬 전체를 석화시키는 것을 막기 위해 페르세우스에 오르지만 모즈의 등장으로 위기에 몰린다. 센쿠는 최후의 조커로 효가를 석화에서 부활시키고 이바라는 부활액의 존재를 눈치챈다. 한편 타이주 일행은 부서진 두령의 석상을 복원하는 데 성공하는데…

요우는 애써 손에 넣은 석화 무기를 다시 빼앗기고 이바라는 오오아라시를 통해 석화 무기를 섬 중앙으로 옮기려고 한다. 한편 효가는 모즈와의 대결에서 밀리면서 섬에 있는 센쿠 일행에게 향하고 센쿠는 효가의 관창을 위해 윤활유를 만드는데…

동료들의 희생으로 석화를 피한 센쿠는 라보카를 이용해 이바라를 공격하지만 준비성이 철저한 이바라에게 도리어 쫓기게 된다. 절벽으로 몰린 더는 피할 곳이 없는 센쿠에게 이바라가 석화 장치를 발동시키지만 그 순간 낯선 소리가 들려오는데…

센쿠는 크롬을 시작으로 동료를 차례로 부활시키고 페르세우스호는 활기를 되찾는다. 과학팀은 통신 장치를 고쳐 루리에게 연락하지만 다른 전파로 인해 통신이 차단되고 섬뜩한 메시지가 흘러나온다. 와이맨의 공격 의지를 확인한 과학 왕국이 여러 의문을 품던 중 소유즈가 단서 하나를 떠올리는데...

수수께끼의 통신을 반복하는 와이맨이 달에 있다고 확신한 센쿠는 와이맨의 정체를 알아내기 위해 달에 가겠다고 선언한다. 과학 왕국은 부활액을 이용해 섬 주민들을 석화에서 부활시키고 출항을 앞둔 소유즈는 왠지 복잡한 마음이 든다. 한편 센쿠는 모두에게 보물섬을 동맹국으로 삼겠단 계획을 밝히는데…

과학 왕국 본토로 무사히 돌아온 센쿠 일행. 모두의 바람대로 츠카사는 무사히 부활하고 과학 왕국의 동료가 된다. 센쿠는 우주선 제작에 필요한 소재를 모으기 위한 계획을 밝히고 세계 일주 항해 준비를 시작하는데...