Kilka tysięcy lat po tym, jak tajemnicze zjawisko zamienia całą ludzkość w kamień, niezwykle inteligentny, napędzany nauką chłopiec, Senku Ishigami, budzi się ze skamieniałości. W obliczu kamiennego świata i całkowitego upadku cywilizacji Senku postanawia wykorzystać naukę do odbudowy świata. Zaczynając od jego super silnego przyjaciela z dzieciństwa Taiju Oki, który obudził się w tym samym czasie, zaczynają odbudowywać cywilizację z niczego. Pokazując dwa miliony lat naukowej historii od epoki kamienia, do dnia dzisiejszego.

Taiju dołącza do Senkuu w kamiennym świecie i wspólnymi siłami rozpoczynają marsz ku odtworzeniu cywilizacji. Na początek postanawiają uwolnić z kamienia niedoszłą dziewczynę Wielkoluda, Yuzurihę. Jednak gdy metodą prób i błędów znajdują sposób, jak to zrobić, staje się coś nieoczekiwanego...

Postawieni pod murem Senkuu oraz Taiju ożywiają najsilniejszego licealistę wśród naczelnych, Tsukasę Sishiou, który rozprawia się z lwami i okazuje się być wielką pomocą w zdobywaniu pożywienia i ochronie kolonizatorów kamiennego świata. Sielanka nie trwa jednak długo... Gdy dobrze zbudowany chłopak wyjawia, że chce oczyścić świat ze wszystkich splugawionych ludzi, Senkuu znajduje się w szachu. A gdy na dodatek Taiju nieopacznie zdradza tajemnicę ożywiającej wody, sytuacja zaczyna wymykać się spod kontroli...

Choć Senkuu oraz Taiju udaje się ożywić Yuzurihę, pojawia się kolejny duży problem - trzeba jakoś ujarzmić mordującego skamieniałych ludzi Tsukasę. W tym celu trójka przyjaciół kieruje się do gorących źródeł w Hakone, gdzie mają zamiar z siarki wytworzyć proch strzelniczy. Jednakże potężny Tarzan depcze im po piętach...

Najsilniejszy licealista wśród naczelnych, Shishiou Tsukasa, dogania opowiadający się za szybkim przywróceniem świata do poprzedniego stanu obóz Senkuu. I gdy pragnący oczyszczenia planety ze spaczonych ludzi niesamowicie niebezpieczny wojownik bliski jest zabicia koła napędowego rozwoju cywilizacji, w ostatniej chwili zjawia się jego muskularny przyjaciel. W tym samym czasie ktoś odpowiada na sygnały dymny...

Senkuu, który nigdy nie podjąłby tak nielogicznej decyzji jak oddanie życie bez walki, zaufał przyjaciołom i powierzył im swoje życie. Czy Taiju i Yuzuriha dobrze odszyfrowali zamiary przyjaciela i zdołają go uratować? Tymczasem niczego nieświadomego Tsukasę spotyka coś zupełnie nieoczekiwanego... Jak potoczą się dalsze losy ocalałych z petryfikacji licealistów?

Senkuu, który planuje stworzyć armię rewolucjonistów, udaje się na poszukiwania nadawców sygnału dymnego. Jednak po drodze natyka się na przywaloną drzewem, błękitnooką dziewczynę, którą wybawia z opresji! Tajemnicza amazonka natychmiast zakochuje się w szlachetnym czarowniku i postanawia się mu odwdzięczyć!

Senkuu razem z Kohaku docierają do wioski Ishigami, zamieszkałej przez potomków wcześniej przebudzonych ludzi. Młody naukowiec, zwany przez długonogą Szlachetnym Czarownikiem, postanawia razem z nowo poznanym Chrome, który tak jak on ma smykałkę do eksperymentów, zbudować Królestwo Nauki. Ich pierwszym celem jest stworzenie lekarstwa na każdą chorobę i uleczenie córki wodza wioski, a siostry Bursztynka, Ruri! Mą magią nauka!

By uleczyć siostrę Kohaku - Ruri, Senkuu i reszta członków jego królestwa nauki muszą stworzyć syntetyczne antybiotyki, sulfonamidy. Jednak do tego celu czeka ich długa droga. Zaczynają od produkcji żelaza, do którego wytopu potrzebują jednak znacznej siły roboczej. Dzięki Suice opracowują plan wkupienia się w łaski mieszkańców wioski i przeciągnięcia ich na swoją stronę. Przygotowują prymitywny ramen... Magią szlachetnego czarownika nauka!

Królestwo nauki Senkuu robi kolejny krok, a może tym razem nawet skok, naprzód - przy pomocy błyskawic tworzy silne magnesy, które następnie wykorzystuje w prymitywnej, mechanicznej prądnicy do wytwarzania energii elektrycznej. Przedstawia tym samym wahającemu się szpiegowi z kraju Tsukasy ofertę nie do odrzucenia. Jednak tej samej nocy, w której wioska zostaje rozświetlona, Gen zostaje zaatakowany przez nieznanych sprawców...

Choć Senkuu, dzięki sile przekonywania nauki, udaje się przeciągnąć mentalistę, Gena Asagiriego na stronę swojego królestwa i zyskać nowego szpiega, wciąż czeka go długa i wyboista droga do zbudowania państwa, które będzie w stanie odeprzeć Imperium Tsukasy. Kolejny ważnym krokiem są szklane naczynia, dzięki którym młody naukowiec będzie mógł zsyntetyzować lekarstwo dla córki wodza wioski. Przy okazji sympatyczny por chce się odwdzięczyć Suice za jej pracę detektywa i rozwiązać problem, przez który musi nosić na głowie skórę arbuza...

Dzięki zwerbowaniu wiejskiego rzemieślnika, staruszka Kasekiego, Królestwu Nauki w końcu udaje się ujarzmić szkło i wyprodukować probówki oraz inne naczynia niezbędne do dalszych eksperymentów. Jednakże do zsyntetyzowania sulfonamidów, panaceum zdolnego uleczyć chorą Ruri, niezbędne są trudno dostępne składniki. By zdobyć jeden z nich, podstawę współczesnego przemysłu chemicznego, Senkuu oraz jego kompani będą musieli zaryzykować życiem...

Gdy Królestwo Nauki wchodzi w posiadanie najtrudniejszego do zdobycia ze wszystkich materiałów, kwasu siarkowego, Senkuu i spółka mogą rozpocząć drogę poprzez kolejne punkty na mapie do panaceum. Jednak by wytworzyć ostatnie z trzech niezbędnych związków chemicznych - wodorowęglan sodu, anilinę oraz bezwodnik octowy, potrzebny jest im alkohol. A ten najłatwiej zdobyć, zwyciężając w zbliżającym się wielkimi krokami turnieju walki...

Plan Królestwa Nauki, by ustawić turniej pod Kinrou, już podczas losowania pali na panewce - chłopak trafia na pełnego sił przeciwnika już w pierwszej rundzie! Mimo solidnego treningu, wróg wydaje się być zbyt silny. Promyk nadziei pojawia się jednak, gdy wraca uprowadzona Suika i przekazuje mu swoje okulary... Czy jednak zwycięstwo będzie takie proste?

Senkuu po zwycięstwie w turnieju tworzy sulfonamidy, leczy kapłankę i zostaje mianowany nowym wodzem wioski. Wtedy też po raz pierwszy słyszy prawdziwą nazwę tej małej osady, która dziwny zbiegiem okoliczności pokrywa się z jego nazwiskiem. Jednak czy to aby na pewny tylko zwykły przypadek? Czym jest wioska Ishigami i jakie są jej korzenie? Pora na opowieść o tysiącach lat historii!

Dzięki informacjom kapłanki wioski, Ruri, Senkuu w końcu udaje się dopasować do siebie wszystkie części układanki i odkryć prawdziwe pochodzenie osady nazwanej jego nazwiskiem. Jaki los spotkał jej założycieli, astronautów z międzynarodowej stacji kosmicznej, tuż po przybyciu na Ziemię? I jaką wiadomość przekazał Senkuu jego ojciec?

Senkuu odkrywa pochodzenie nazwanej od jego nazwiska wioski, a także odbiera wolę swojego ojca, jednak nie ma czasu na rozpamiętywanie! Mentalista Gen Asagiri, szpieg Królestwa Nauki donosi bowiem, że Imperium Tsukasy lada moment uderzy na wioskę! Czy osada z nowym wodzem na czele zdoła odeprzeć natarcie nieprzyjaciela? Jaką rolę odegrają w tej sytuacji Taiju i Yuzuriha?

Po pyrrusowym zwycięstwie nad Imperium Tsukasy Królestwo Nauki pod przywództwem Senkuu rozpoczyna przygotowania do wyprzedzającego ataku. Jednak bez dostępu do kwasu azotowego nie są w stanie ożywić kolejnych ludzi ani przygotować więcej prochu strzelniczego. Szlachetny Czarownik wpada jednak na pewien pomysł... chce wykorzystać wynalazek, który w przeszłości wielokrotnie odwracał losy wojen...

By zdobyć przewagę w wojnie z Imperium Tsukasy, Królestwo Nauki Senkuu rozpoczyna długą drogę do stworzenia smartfona. Choć projekt wydaje się absurdalny, wódz wioski Ishigami twierdzi, że przy odpowiednim planie i regularnych postępach można zrealizować każdy, nawet najbardziej ambitny projekt. By nieco osłodzić swoim kompanom nużący proces pokonywania kolejnych przeszkód w drodze do celu, Szlachetny Czarownik postanawia stworzyć słodycze...

Wraz ze stworzeniem przekładni oraz napędzanego siłą natury koła młyńskiego era energii wytwarzanej przy pomocy ludzkich rąk dobiega końca, a rozpoczyna się epoka energii produkowanej przez maszyny. Jednak to dopiero początek długiej drogi do zbudowania telefonu. Kolejnym krokiem jest stworzenie akumulatora, w którym można by składować energię elektryczną...

Przyjacielska grupa grotołazów w składzie Senkuu, Chrome oraz Magma rusza na poszukiwania minerału z grupy wolframinów, szelitu, bez którego niemożliwe będzie stworzenie lampy elektronowej, a w dalszej perspektywie również telefonu. Czy temu niecodziennemu trio uda się znaleźć wspólny język i zdobyć loch?

Po powrocie z jaskini skarbów Senkuu i jego Królestwo Nauki przechodzą do produkcji włókna żarowego lampy elektronowej. W tym celu muszą przetworzyć najtwardszy z metali, wolfram. Jednak to dopiero jeden z wielu kroków na mapie do telefonu komórkowego. Kolejnym jest antena emitująca fale radiowe...

Królestwo nauki opracowuje i konstruuje telefon komórkowy, dzięki czemu zyskuje najpotężniejszą broń wojenną - możliwość przekazywania głosu na odległość. Zbliża się wiosna i długo wyczekiwana ostateczna bitwa z Imperium Tsukasy... Czy Senkuu i jego przyjaciele z Wioski Ishigami zdołają przechylić szalę zwycięstwa na swoją stronę?