평범한 남고생 타이주는 5년 동안 짝사랑하던 '유즈리하'에게 드디어 오늘 고백하기로 결심한다. 마침내 자신의 마음을 털어놓으려던 순간, 알 수 없는 빛이 지구를 덮치고 모든 인류가 돌로 변해 버렸다. 타이주는 돌 속에 갇혀서도 유즈리하를 향한 마음을 잊지 않고 살아남겠다고 다짐한다. 그리고 수많은 세월이 흐르고 드디어 타이주가 돌에서 깨어나는데...

모든 인류가 돌로 변한 세상에서 깨어 있는 사람은 오직 두 명의 고등학생, 센쿠와 타이주. 두 사람은 갖은 노력 끝에 만들어낸 부활액으로 첫 번째 동료를 깨우려 한다. 타이주는 자신이 짝사랑하던 유즈리하를 제일 먼저 깨우려 했지만 갑자기 나타난 사자 무리로 인해 두 사람은 쫓기는 신세가 된다. 어쩔 수 없이 강한 무력을 지닌 '영장류 최강의 고등학생' 시시오 츠카사를 먼저 깨우는데…

센쿠는 시시오 츠카사가 위험한 인물이라는 걸 깨닫고 석화 부활액 만드는 법을 감추려 한다. 하지만 바로 그 순간, 해맑게 달려오던 타이주 때문에 기적의 물의 존재를 들키고 만다. 센쿠는 츠카사가 동굴로 간 사이에 부활액으로 유즈리하를 깨우고 셋이 함께 츠카사와 맞설 방법을 고민하기 시작한다. 하지만 곧장 돌아온 츠카사는 자신을 방해하지 말라며 유즈리하를 두고 협박을 하는데…

츠카사와 맞서기 위해 온천 지대로 온 센쿠는 온천에서 모은 유황에 목탄과 질산 칼륨을 조합해서 화약을 만들기 시작한다. 하지만 제조 과정에서 실수로 화약이 폭발하고 연기가 나자 저 멀리 어딘가에서 마치 그 연기에 화답하는 것처럼 연기가 피어오른다. 센쿠는 그 연기를 보고 우연이 아니라 인간이 만든 봉화라고 직감한다. 그리고 자신의 목숨이 위험해질 거라는 걸 알면서도 봉화가 맞는지 확인하기 위해 다시 불을 피우는데…

인질로 잡힌 유즈리하를 살리기 위해 자신의 목숨을 내어준 센쿠. 뒤늦게 달려온 타이주는 쓰러진 센쿠의 몸을 붙잡고 오열한다. 츠카사는 이성을 잃은 타이주가 자신을 공격할 것에 대비해서 긴장을 늦추지 않는다. 하지만 타이주는 츠카사가 아닌 하늘을 향해 바위를 던지고, 유즈리하와 힘을 합쳐서 센쿠를 안고 도망친다. 안전한 곳으로 피신한 타이주는 센쿠를 살리기 위해 심폐 소생술을 시도하는데…

혼자 스톤 월드에서 부활한 센쿠는 친구인 타이주를 부활시키기 위해 인류가 석화된 원인을 분석한다. 생각에 생각을 거듭한 끝에 자신이 부활하게 된 힌트를 찾은 센쿠는 끊임없는 실험과 흔들리지 않는 신념으로 결국 타이주를 깨우는 데 성공한다. 그렇게 깨어났던 타이주 역시 센쿠가 정신을 잃었을 때 센쿠가 깨어날 것이라고 굳게 믿는다. 그리고 친구의 믿음에 응답하듯이 센쿠는 서서히 정신을 차리는데…

타이주와 헤어진 센쿠는 신인류인 코하쿠와 만난다. 츠카사와 센쿠의 싸움을 지켜본 코하쿠는 센쿠를 돕겠다며 자신의 마을로 데려간다. 코하쿠의 마을 사람들은 문명이 무엇인지도 모른 채 평화롭게 살아가고 있었다. 그 모습을 본 센쿠는 그들이 부활한 현대 사람들이 아닌 것을 깨닫는다. 그리고 그들을 동료로 삼아서 츠카사와 맞서 싸울 계획을 세운다. 하지만 마을을 지키던 문지기들은 외부인이 센쿠를 보자 창을 겨누는데…

코하쿠의 언니인 루리를 살리기 위해 만능약을 만들기로 한 센쿠. 하지만 아무것도 없는 스톤 월드에서 만능약을 만드는 길은 멀고 험하기만 하다. 아무리 힘들어도 포기할 줄 모르는 센쿠는 우선 설파제를 만들기 위한 로드맵을 구성하고 그 첫 번째 단계로 '철'을 만들기로 한다. 센쿠와 크롬, 코하쿠가 강에서 사철을 모으고 있자, 그들 곁에 수박 껍질을 뒤집어쓴 스이카가 몰래 다가온다. 그리고 자신도 그들을 돕고 싶다고 하는데…

철 제작에 필요한 인력을 모으기 위해 라면을 만든 센쿠. 마을 주민들은 맛있는 라면 냄새에 하나, 둘씩 센쿠 곁으로 모여든다. 그런데 그때, 현대 문물인 콜라를 찾는 수수께끼의 인물이 나타난다. 그의 이름은 아사기리 겐. 웃는 얼굴로 능청스럽게 거짓말을 늘어놓는 아사기리 겐은 츠카사가 센쿠의 죽음을 확인하라고 보낸 스파이였는데...

아사기리 겐은 아무것도 없는 석기 시대에 진짜 전기를 만들어낸 센쿠를 보고 충격을 받는다. 센쿠와 과학 왕국 멤버들은 그런 겐을 자신들 쪽으로 끌어들이려 하는데 그날 밤, 겐은 괴한의 습격을 받고 쓰러진다. 겐을 습격한 건 바로 마을 주민인 마그마. 겐을 외지에서 온 요술사로 착각하고 어전 시합이 열리기 전에 제거한 것인데…

전기를 만든 센쿠는 본격적인 화학 실험을 하기 위해 유리를 만드는데 도전한다. 유리는 화학 실험 도구를 만들 때도 꼭 필요하지만 눈이 나쁜 스이카에게 선명한 세상을 찾아줄 수 있는 도구이기도 하다. 센쿠는 크롬, 코하쿠, 스이카와 함께 규사를 채취해서 유리를 만들고 스이카에게 렌즈를 선물한다. 그리고 마을의 장인인 카세키 할아버지를 데리고 와서 제대로 된 유리 세공에 들어가는데…

유리로 실험실까지 완성한 센쿠는 설파제에 필요한 가장 위험한 재료 '황산'을 얻기 위해 크롬, 코하쿠, 긴로와 함께 온천 지역으로 떠난다. 그리고 긴로의 은빛 창을 센서로 삼아 황산이 있는 곳을 찾아낸다. 하지만 황산은 잘못하면 순식간에 죽을 수도 있는 위험한 재료. 센쿠는 황산을 채취하기 위해 우선 가스 마스크를 만든다. 그리고 자신이 죽을 경우를 대비해서 크롬에게 자신의 과학 지식을 모두 넘겨주려 하는데…

드디어 황산을 손에 넣은 과학 왕국 주민들은 만능약을 만드는데 박차를 가한다. 센쿠는 준비된 재료들을 배합해서 염산, 클로로황산, 수산화나트륨, 암모니아까지 순조롭게 만들어나간다. 남은 건 술을 이용한 재료들이라 어전 시합에서 우승하면 자연히 얻을 수 있는 것들이다. 그리고 드디어 어전 시합의 날이 밝았다. 하지만 스이카가 간절히 빈 보람도 없이 어전 시합은 최악의 대진표가 만들어졌는데...

스이카의 가면으로 시력을 극복한 킨로는 마그마를 무섭게 몰아붙인다. 하지만 마그마의 비열한 작전에 휘말려서 결국 패배한다. 다음 시합은 크롬과 맨틀. 맨틀은 코하쿠를 실격시키기 위해 일부러 져 버리고, 결국 시합에 늦은 코하쿠는 실격 처리된다. 이제 과학 왕국에 남은 선수는 긴로와 크롬, 센쿠뿐. 하지만 긴로도 이전 시합에서 이미 만신창이가 된 상태라 모든 것은 크롬의 어깨에 달렸는데...

센쿠를 오래전부터 알고 있었다는 루리는 무녀에게만 전승되는 '100가지 이야기' 중 마지막 이야기를 들려준다. 그 이야기의 제목은 '이시가미 센쿠'. 센쿠의 아버지인 '이시가미 뱌쿠야'는 우주 비행사 시험에 응시했다가 보기 좋게 떨어진다. 그리고 10년이 지난 어느 날, 뱌쿠야는 드디어 우주 비행사 후보생이 되고, 몇 년간의 훈련을 거쳐 국제 우주 정거장에 들어가는데…

우주 정거장에 마지막 남은 6명의 인류는 석화가 시작된 지점을 찾고 그 반대 지점에 내려가기로 한다. 첫 번째 귀환자들이 바다 위에 거꾸로 떨어지자 나머지 사람들도 서둘러 내려가서 그들을 구조한다. 그리고 모든 인류가 석화됐다는 암울한 진실을 받아들이고 지구에서의 삶을 시작한다. 하지만 이토록 절망적인 순간에도 뱌쿠야는 희망을 잃지 않고 후손들과 센쿠를 위해 100가지 이야기를 남기는데…

마을에서 잔치가 벌어진 동안 겐은 센쿠에서 츠카사 제국에서 공격할 거라는 사실을 알린다. 그리고 겐의 말이 떨어지기 무섭게 츠카사의 정예군이 마을을 습격한다. 츠카사 만큼이나 엄청난 실력을 지닌 효가가 쳐들어와서 킨로를 창으로 찌르자, 킨로는 긴로에게 다리를 끊으라고 말한다. 하지만 긴로는 차마 다리를 끊지 못하고 센쿠는 아껴둔 화약으로 적에게 총을 쏜 것처럼 위장을 하는데…

센쿠와 과학 왕국 주민들은 과학의 칼날로 효가의 공격을 막아낸다. 하지만 효가는 자신의 수하인 호무라를 이용해서 마을에 불을 지른다. 불길이 바람을 타고 점점 거세지자 마을 사람들은 우왕좌왕하고, 호무라는 그 틈을 타 다리마저 끊어 버린다. 스이카는 마을 사람들을 지키기 위해 스스로 미끼가 돼서 황산이 있는 산 쪽으로 도망치는데...

센쿠는 츠카사 제국군이 봄에 쳐들어올 거라 확신하고 그 전에 휴대 전화를 만들기로 한다. 설파제만큼이나 복잡한 과정을 거쳐야 하는 휴대 전화 만들기 프로젝트에서 센쿠가 제일 먼저 만든 건 바로 '솜사탕 제조기'. 극세선을 제조하기 위해 솜사탕 기계를 만든 센쿠는 테스트 삼아 솜사탕을 만들어서 주민들에게 나눠준다. 주민들은 생전 처음 느껴보는 단맛에 황홀함을 감추지 못하는데...

크롬과 카세키 할아버지가 만든 물레방아로 마침내 '동력의 시대'가 시작됐다. 센쿠는 물레방아를 연결해서 수력 발전기를 만들고, 납판을 이용해서 전기를 저장할 배터리를 만든다. 그리고 기어를 이용해서 자동 동력기를 만든다. 하지만 휴대 전화 제작의 길은 이제 막 시작된 것에 불과하다. 센쿠는 스톤 월드의 공작팀을 데리고 스파르타 공작 클럽을 만드는데…

마을 사람들의 우려를 뒤로한 채 센쿠는 크롬과 마그마를 데리고 텅스텐을 채취하러 떠난다. 마그마가 불안한 건 크롬도 마찬가지였다. 동굴 속으로 들어간 세 사람은 자연이 만든 트랩인 운모 함정을 맞닥뜨린다. 그러자 갑자기 마그마가 센쿠 쪽으로 달려들면서 마그마와 센쿠가 함께 함정 속으로 떨어진다. 한편, 마을에 있던 아사기리 겐은 센쿠가 떠나자마자 뭔가 꿍꿍이가 있는 듯한 미소를 짓는데…

무사히 마그마와 텅스텐을 채취해 온 센쿠는 본격적인 휴대 전화 제작에 들어간다. 제일 먼저 만들 건 진공관에 들어갈 필라멘트. 센쿠는 마그마가 잘게 부순 가루로 연구실에서 텅스텐 치약을 만들고, 크롬은 그동안 텅스텐을 가열하기 위한 가열 장치를 만든다. 그리고 온 마을 사람들이 모두 힘을 합쳐서 휴대 전화 제작을 돕는다. 복잡하고 까다로운 많은 단계를 거치면서 휴대 전화 제작은 점점 완성을 향해 가는데…

진공관, 플라스틱, 마이크까지 차례로 만들면서 드디어 현대전의 최강 무기 '휴대 전화'를 완성했다. 아직 한 대뿐이지만 먼 곳까지 목소리가 전해지는 신기한 물체를 보고 마을 사람들은 모두 깜짝 놀란다. 그리고 휴대 전화를 보고 루리가 무심코 한 말에 힌트를 얻어서 센쿠는 아버지가 남긴 레코드를 발견한다. 수천 년의 시간을 넘어 아버지가 센쿠에게 남긴 선물은 과연 무엇일까?