超人的な頭脳を持つ根っからの科学少年・千空と体力自慢でまっすぐな性格の親友・大樹。幼馴染の杠に、長年片想いし続けている大樹は、千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとする。しかし、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる……!!それから約3700年後――。文明が全て消えた〝石の世界〟（ストーンワールド）〟で、石化から解放された千空と大樹は再会を果たし、ゼロから文明を作り出すことを誓う！

ある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる……！それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えた石の世界（ストーンワールド） で何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く〝復活液〟を完成させた。まずは、幼馴染の杠を復活させようと試みる２人だが、思わぬ非常事態に見舞われてしまい、かつて霊長類最強の高校生といわれた男・獅子王司を復活させる！

完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた、千空と大樹。しかし、司は「純粋な若者だけを復活させて、人類を浄化する」という過激な思想を千空に語り、石化した大人を破壊し始める。危険を感じた千空は、幼馴染の杠を復活させることを決断。そして大樹と杠に、２人でこの場から逃げるか、自分とともに司の破壊を止めるかの判断を委ねる。 そんな中、戻ってきた司は、自らの殺気を隠す様子もなく、千空たちに迫る……!!

司の元を離れ、箱根までやって来た千空たち３人 。最強の武力を持つ司に対抗する為、“火薬”を手に入れようと 、箱根で必要な素材を集め、急いで火薬作りを開始する。そんな中、千空たちは、遠くで狼煙が上がっているのを発見する！この石の世界（ストーンワールド） に自分たち以外の人間がいる事を確信した千空は、司に見つかるリスクを負いながらも合図を送るが……!?

箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。しかし、狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、司に復活液のレシピを教えるが、「命を助ける代わりに科学を捨てろ」という取引だけは受け入れる事が出来ずに殺される。怒りと悲しみを隠せない大樹と杠だが、「共に闘う」という千空との約束を胸に、司へと挑む！

人類が石化して数千年後のある日。たった一人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせる。最低限度の衣食住を確保のなか、体力ゲージの限界を迎えていた千空は、体力自慢の親友・大樹の石像を見つけ出し、復活させようと試みる。そして現在――。司に殺された千空を抱えた大樹と杠も、千空との約束を信じ、蘇生を試みるのだった。

大樹たちと別れ、謎の少女・コハクと出会った千空は、コハクたちが暮らす村へと案内される。この石の世界（ストーンワールド）で、沢山の人間が生活する光景を目撃し、驚く千空。そこへ、突如、門番の金狼・銀狼が立ちはだかる！司帝国を倒す為に大量のマンパワーが欲しい千空は、金狼ら村人たち全員を仲間に引き入れようと企むが、事態を嗅ぎつけた自称・天才妖術使いの男、クロムも登場し、科学vs妖術の対決が始まる！

コハクの姉で村の巫女・ルリが、病に侵されている事を知った千空は、科学の万能薬〝サルファ剤〟を作るとコハクとクロムに宣言！村の少女・スイカも協力し、早速、サルファ剤に辿り着く為の、壮大なロードマップを歩み始める！ところが、ロードマップの一歩目〝製鉄〟で、マンパワー不足という壁に早々にぶち当たってしまう。そこで千空は〝科学のグルメ〟で村人を味方につけようと企む。

ルリの病を治す為、万能薬・サルファ剤作りをスタートさせた千空たち。まずは製鉄に必要なマンパワーを集める為、科学のグルメ〝猫じゃらしラーメン〟を作り出し、村人たちの胃袋を掴む事に成功する。そんな中、千空たちの前に怪しい男・あさぎりゲンが現れる！司帝国のスパイだと明かしながらも本性の見えないゲンを警戒しつつ、サルファ剤作りを進める千空は、村に〝発電所〟を作ると言い出して……。

サルファ剤作りを進める千空たちの前に、突如現れた司帝国のスパイ・あさぎりゲン。ペラッペラの軽いトークで、本性が見えないゲンの動向を気にしつつも、千空たちは鉄を作り、遂に電気までも手に入れた。そんな中、村でゲンが何者かに襲撃されるという事件が起きる！千空たちが犯人を見つけようとする中、治療中のゲンは姿を消してしまい、村に緊張が走る……。

司に「千空は死んでいた」と嘘の報告をし、千空と同盟を結んで科学王国の一員となったゲン。一方コハクたちは、誰かが村の長(おさ)になってルリにサルファ剤を飲ませる為、村の御前試合に出場し優勝することを計画する。そんな中、サルファ剤作りのロードマップを進める千空は、目が悪いスイカの為に、〝メガネ〟を作ると約束し、村の職人・カセキを引き入れ、〝ガラス〟作りに挑戦する！

職人のカセキを仲間に引き入れ、科学王国にラボを作った千空。サルファ剤作りの最難関素材〝硫酸〟をゲットする為、銀狼たちと一緒に森の奥地に視察へと繰り出す。しかし、硫酸の泉付近にたまった毒ガスの恐ろしさを目の当たりにした銀狼は、恐怖でビビりまくってしまう。腹をくくった千空とクロムは手作りのガスマスクを用意し、危険と不安が残る中、命懸けの硫酸採集に挑む！

ついに始まった村の御前試合。優勝者に振る舞われる酒をゲットする為、八百長試合を計画した千空たちだったが、トーナメントは第一試合から波乱の幕開け。金狼vsマグマの最強対決となってしまった！仲間を思う強い気持ちで、マグマを圧倒する金狼だが、マグマとマントルの卑怯な手口にハマってしまう。

激闘が続く御前試合。準決勝で強敵・マグマを撃破したのは、ボロボロになりながらも科学の力を信じで戦ったクロムだった。試合は科学王国の完全勝利！思わぬアクシデントで千空が優勝してしまうものの優勝者に振る舞われる酒を手に入れた千空たちは、一気にサルファ剤作りを進めていく！そして遂に、ルリの病を治すための万能薬、サルファ剤が完成を迎える！

遂に完成したサルファ剤によって、病からの復活を遂げたルリ。娘の命を救ったことでコクヨウからも認められ、千空は村の長となった。そして、巫女であるルリから、この村に代々受け継がれている百物語・其之100『石神千空』が語られる。それは、今から約3700年前、宇宙飛行士で千空の父・百夜が、仲間たちと宇宙に旅立つところから始まっていた――。

村の巫女、ルリによって語られる百物語。“石神村”の創始者は、宇宙飛行士である千空の父・百夜だった……！石化現象が起きた瞬間、宇宙ステーションにいた百夜たち6人の宇宙飛行士は、人類石化の原因を探るべく、地球へ戻る決意を固めた。しかし、そこには過酷なサバイバルが待ち受けていた。数千年の時を超えて、百夜が千空に託したメッセージとは……!?

数千年の時を超えて、百夜からのメッセージを受け取った千空。村では新しい長の誕生を祝い、宴が始まっていた。そんな中、千空たちは、かつて司帝国のスパイだったゲンから、間もなく司軍が攻め入って来る事を聞かされる。そして突如、警備をしていた金狼・銀狼の前に、司軍の戦闘員・氷月が現れる！司軍の奇襲により、村は窮地へと追い込まれてしまう！

司軍の戦闘員・氷月たちによる襲撃を受けた石神村。高い戦闘力を持つ氷月たちに対し、千空たちは日本刀で迎え撃つ！しかし、氷月の忠実な部下・ほむらが村に火を放ち、火事が起きたことで形勢は逆転。逃げ惑う村人たちに、再び司軍が迫る……！

「人類200万年最強の武器、ケータイを作る！」千空の宣言により、村での携帯電話作りがスタートした。司軍に先制攻撃を仕掛ける為、情報戦を制する最強の武器、ケータイを手に入れたい千空。しかし、石の世界（ストーンワールド）の村人たちにとっては未知の領域。そんな中、ケータイ作りロードマップの第一歩として千空が作りだしたのは、何故か、あのスイーツだった……！

冬解け直後の司帝国との戦いに備え、ケータイ作りに乗り出した千空たち。クロムの閃きによって出来た水車から、水力発電所を手に入れた千空は、その動力で次々に科学設備を整えていく。そんな中、ケータイの心臓部・真空管を作り始めた千空たちは、トライ＆エラーを繰り返し、必要な耐熱素材を見つけれずにいた。カセキたちにも疲労が見え始め、打つ手が無いように思われたが……！？

スイカのお手柄によって、最強の耐熱金属・タングステンを手に入れた千空たち。真空管作りの素材として、大量のタングステンが欲しい千空は、探索好きのクロムと怪力のマグマを連れて、お宝探しの洞窟探検へと出発する！しかし、村の御前試合で敗れて以来、千空に不満を持っているマグマは、何かを企んでいる様子で……。

洞窟探検でクロム、マグマと力を合わせ、大量のタングステンをゲットした千空。必要な素材も全て揃い、ここから一気にケータイ作りのロードマップを進めていく！長の千空を中心に、クロムが加熱チームを任され、カセキは真空管作りを任される。そして、石神村の全員が一致団結して、遂にケータイ作りはクライマックスを迎える！

石神村が一丸となって進めてきたケータイ作りも、遂にゴール！現代戦最強の武器・ケータイを手に入れた！クロムたちが実際に声が届くかテストする中、ルリから発せられた〝スピーカー〟という単語に違和感を持った千空。村に伝わる百物語をヒントに、百夜たちからの贈り物を発見する！そして、千空たち科学王国は、司帝国との最後の決戦へと動き出す……!!