科學少年·千空天生擁有超人的頭腦，其好友·大樹，性格直率並以其體力而自豪。一直暗戀著青梅竹馬槓的大樹，在千空打趣下終於打算向槓傳達自己的感情。但是突然間，天空被耀眼的光線覆蓋，世界上的人類在一瞬間全部「石化」的謎一般的現象發生了。此後約 3700 年後——在文明全部消失的「石之世界」中，從石化中解放出來的千空和大樹再度重逢，發誓要從零開始創造文明。

有一天，世界上的人類瞬間全部石化的謎一樣的現象發生了 ……3700 年後的世界裡醒來的千空和大樹，在文明完全消失的石之世界中反覆進行實驗終於完成瞭解除石化的「復活液」。首先，是試圖讓青梅竹馬·槓復活的倆人，但遭遇了意想不到的緊急事態，讓曾經被譽為靈長類最強高中生的男子——獅子王司復活了！

千空和大樹使用完成的復活液，解除了靈長類最強的男人·獅子王司的石化。但是，司卻對千空提出了「只讓純粹的年輕人復活，淨化人類」的極端思想，並開始破壞石化的成年人。感到危險的千空，決定復活青梅竹馬的槓。然後交由大樹和槓兩人判斷，是一起逃離這個地方，或是和自己一起阻止司的破壞。這時回來的司毫不隱藏自己的殺氣，向千空等人逼近……

千空他們三人離開司，來到了箱根。為了對抗擁有最強武力的司，必須要得到「火藥」，他們在箱根收集必要的材料，趕緊開始製造火藥。在這種情況下，千空等人發現了遠處有狼煙升起！當千空確信石之世界裡除了他們之外還有其他人時，他冒著會被司發現的風險，發出了信號……

在箱根的森林裡，千空他們發現了遠處的狼煙。但是，他們在找到狼煙發出處之前，被追上來的司發現了，槓被當作人質，千空只好告訴司復活液的配方，不過，他不能接受「為了活命而捨棄科學」的交易而被殺。將憤怒和悲傷隱藏的大樹和槓，抱著與千空一起許下的「共同戰鬥」的約定，向司發起挑戰！

人類被石化後數千年的某一天。獨自一人從石化中甦醒的千空，開始在文明消亡的世界求生。光是確保最低限度衣食住，體力就已到達極限的千空，找到了體力笨蛋的好友‧大樹的石像，嘗試復活他。而現在——抱著被司殺害的千空，大樹和槓也一樣，堅信著和千空的約定，嘗試復活千空。

與大樹和槓分別後，與神秘少女·琥珀相遇的千空，被帶到了琥珀所生活的村莊。在這個石之世界裡，千空看見了很多人生活的景象，感到很吃驚。就在這時，村裡守衛的金狼和銀狼突然出現！為了打倒司帝國而想要大量勞動力的千空，企圖把金狼等村民們全部變成自己的夥伴，然而預感到事態發展的自稱天才妖術師的男人·阿鉻也登場了，兩人之間科學 vs 妖術的對決開始了

得知琥珀的姐姐同時也是村裡巫女的琉璃被病侵的千空，向琥珀和阿鉻宣言要製作科學的萬能藥「磺胺類藥物」！他們在得到村裡的少女·西瓜的協助後，為了製成磺胺類藥物，規劃了龐大的路線圖！然而，路線圖的第一步是「煉鐵」，他們很快便由於人力資源不足而遇到困難。於是千空企圖用「科學美食」收買村民來幫助他們。

在正在製作磺胺類藥物的千空等人面前，突然出現了司帝國的間諜·淺霧幻。在他輕浮的對話語氣中，千空等人在意著看不見本性的幻的動向的同時，一邊在煉製著鐵，他們終於得到了電能。這時，村子裡發生了幻被什麼人襲擊的事件！在千空等人尋找犯人的過程中，正在治療中的幻消失了，村裡開始緊張起來……

幻向司謊稱千空已死，與千空締結了同盟，成為科學王國的一員。另一邊，琥珀等人，為了讓自己人中一員成為村長，令琉璃吃下磺胺劑，打算參加御前比武並獲得冠軍。正準備開始磺胺類藥物科學規劃圖的千空，為了幫助視物不清的西瓜，決定幫她製作「眼鏡」，拉攏了村中的手藝人·化石，開始挑戰製作「玻璃」！

千空讓手藝人化石加入之後，在科學王國中建造了科學研究室。為了取得製作磺胺類藥物最難獲得的材料「硫酸」，和銀狼一行人出發去森林深處探查。目睹硫酸湖附近積攢的毒氣之可怕的銀狼，因恐懼而退縮。下定決心的千空與阿鉻準備好手作防毒面具，在危險和不安之下，拼上性命挑戰收集硫酸！

在銀狼的捨命救援下，終於得到最難獲得的素材‧硫酸的千空一行人。湊齊了必要素材，在科學研究室開始一口氣向製作磺胺類藥物進發。就在這時千空得知，在御前比武中獲勝的人，能夠得到磺胺類藥物必要的最後一項素材·酒。於是他緊急和銀狼策劃在比賽中作弊，並報名參加。然而，純靠運氣的比武陣容，卻出現了意想不到的結果！

御前比武終於開始。為了獲得冠軍能得到的酒，千空一行人計畫作弊參加比賽，然後第一場比賽就出其不意了，變成了金狼 VS 岩漿的最強對決！但卻陷入了岩漿和地幔的卑鄙陷阱中。

激戰持續的御前比武。在半決賽中打敗強敵岩漿的是身負重傷卻仍相信科學力量而戰鬥的阿鉻。比賽是科學王國的完全勝利！由於意外的事件，千空雖然獲得了優勝，但得到了招待優勝者的酒的千空等人，一口氣推進了磺胺類藥物的製作！終於，能夠治療琉璃的疾病的萬能藥——磺胺類藥物得以完成！

在服用了磺胺類藥物後，琉璃的病情慢慢得以好轉了。因為救了女兒的命，所以被黑曜所認可，千空成為了村長。然後，巫女琉璃講述了這個村子代代相傳的百物語之一的「石神千空」。那是從距今約 3700 年前，宇航員千空的父親百夜和同伴們一起踏上宇宙的地方開始的物語——

村中巫女·琉璃講述百物語。「石神村」的創始人，就是宇航員，千空的父親‧百夜……在石化現象發生的瞬間，在宇宙空間站裡的百夜他們 6 位宇航員，為了尋找人類石化的原因，決心返回地球。但是，他們要面對的是殘酷的生存條件。跨越數千年，百夜給千空的留言到底是……

跨越數千年時光，千空終於收到百夜的留言。為了慶祝新村長的誕生，村裡開始了宴會。就在這時，千空等人從曾是司帝國間諜的幻這裡，聽到了司軍團馬上會來攻打的消息。突然，正在負責守衛的金狼和銀狼面前，出現了司軍團的戰鬥員‧冰月！在司軍團的奇襲之下，村子陷入了危機！

石神村遭到司軍團的戰鬥員·冰月等人的襲擊。面對戰鬥力超群的冰月等人，千空一行人用日本刀迎擊！然而，冰月忠實的部下·焰放火燒村，引發火災，逆轉了局勢。四散而逃的村民們，再度面對司軍團的威脅……

「我要製作人類 200 萬年的最強武器，手機！」隨著千空的宣言，全村開始了手機的製作工程。千空為了先發制人進攻司軍團，需要獲得情報站的最強武器，手機。然而，這對石之世界的村民們來說，還是未知的領域。就在這時，開始踏出手機製作規劃圖第一步的千空等人，不知為何，做出了那個甜品……

為了準備在冬天過後與司帝國進行戰鬥，千空等人開始製作手機。從阿鉻的靈感中誕生的水車中，得到水力發電站的千空，以其動力一個接一個地完善了科學設備。其中，開始製作手機核心部件・真空管的千空等人經過反覆嘗試和試錯，還是沒有找到必要的耐熱材料。化石等人也開始產生疲勞了，就在他們束手無策的時候……

由於西瓜的功勞，千空等人得到了最強的耐熱金屬·鎢。作為製造真空管需要的材料，想要大量的鎢的千空，帶著熱愛冒險的阿鉻和力氣巨大的岩漿，開始了尋找寶物的洞窟探險！但是，自從村子御前比武失利以來，對千空抱有不滿的岩漿，似乎有什麼企圖……

在洞窟探險中，通過和阿鉻、岩漿齊心協力獲得了大量鎢礦的千空。集齊了所有素材，一鼓作氣向製作手機的科學規劃圖進發！以村長千空為中心，阿鉻負責加熱小隊，化石負責製作真空管。最終，石神村全體團結一致，終於迎來手機製作的最高潮！

石神村上下一心製作的手機，終於成功！得到了現代戰爭的最強武器‧手機！在阿鉻進行聲音傳遞的測試時，琉璃口中的「話筒」一詞引起了千空的主意。以村中流傳的百物語為提示，千空找到了百夜等人留下的禮物！於是，千空一行人的科學王國，終於開始準備與司帝國的最後決戰……